[發明專利]基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法

在審

• 申請號: 201410606032.6
• 申請日: 2014-10-30
• 公開（公告）號: CN104328183A
• 公開（公告）日: 2015-02-04
• 發明（設計）人: 涂景;陸祖宏;姚貝;李俊吉;郭靖;高珅
• 申請（專利權）人: 東南大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 南京蘇高專利商標事務所(普通合伙) 32204
• 代理人: 柏尚春

1.基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，對亞硫酸氫鹽轉化后的基因組DNA進行稀釋、分隔、擴增后構建一組轉化文庫并測序獲得基因組單倍型甲基化信息，具體步驟為：對提取的基因組DNA進行亞硫酸氫鹽轉化后構建一組轉化片段文庫并對每個文庫進行擴增，每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，測序結果首先在每個轉化片段文庫內進行序列比對或拼接，獲得長轉化核酸序列后進行跨轉化片段文庫的序列比對和拼接獲得轉化基因組單倍型信息，通過與未轉化的序列信息進行比較實現利用高通量測序獲得基因組單倍型甲基化信息。

2.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的亞硫酸氫鹽轉化是指利用亞硫酸氫鹽將核酸鏈上未甲基化的胞嘧啶去氨基變成尿嘧啶，而不改變甲基化的胞嘧啶。

3.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的基因組DNA是由一個完整基因組構成，或者一個完整基因組的一部分構成，基因組DNA的含量是1個拷貝或者是多個拷貝。

4.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的擴增是指在基因組水平進行的非特異性擴增，采用聚合酶鏈式反應擴增或采用聚合酶等溫擴增。

5.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的轉化片段文庫，每個轉化片段文庫中核酸片段的總長度小于單倍體基因組DNA全長，每個片段文庫中一半以上的核酸片段彼此之間不包含等位區域。

6.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的每個轉化片段文庫獨立構建高通量DNA測序文庫并進行測序，是每個轉化片段庫獨立構建完全獨立的文庫并分別進行測序，或者使用條碼技術基于多個轉化片段庫構建編碼文庫進行高通量測序。

7.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的高通量測序是指通過核酸鏈的合成反應、核酸的連接反應、核酸的降解反應或核酸鏈通過納米孔道大規模并行測定核酸序列信息。

8.根據權利要求1所述的基于高通量測序的基因組單倍型甲基化檢測方法，其特征在于，所述的單倍型甲基化信息是一條完整的染色體或核酸鏈的單倍型甲基化信息，或者是一段較長的核酸鏈的單倍型甲基化信息。