[發(fā)明專利]鑒別棉花D genome和D sub-genome全套染色體的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410594840.5
• 申請日: 2014-10-30
• 公開（公告）號: CN104313164A
• 公開（公告）日: 2015-01-28
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 崔興雷;劉方;劉玉玲;孟菲;王春英;周忠麗;蔡小彥;王星星;王玉紅;彭仁海;王坤波
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院棉花研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京法思騰知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11318
• 代理人: 高宇

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子細(xì)胞遺傳學(xué)領(lǐng)域，具體涉及鑒別棉花D?genome和D?sub-genome全套染色體的方法。

背景技術(shù)

棉屬被劃為52個棉種，包括A、B、C、D、E、F、G和K8個染色體組。如今，世界范圍內(nèi)棉花的主要的栽培種是四倍體棉種陸地棉(AD)和海島棉(AD)，分別占栽培面積的95％和5％左右。目前，A組棉種亞洲棉和D組棉種雷蒙德氏棉的基因組測序已經(jīng)完成(Wang?et?al.,2013；Li?et?al.,2014)。對棉花A、D基因組的對比研究將會對四倍體棉的進(jìn)化研究以及對棉花育種都會有很大的幫助。熒光原位雜交技術(shù)誕生于上世紀(jì)60年代，它的出現(xiàn)開啟了細(xì)胞分子生物學(xué)的新時代。隨后熒光原位雜交技術(shù)得到了不斷的完善和創(chuàng)新，如今該技術(shù)已經(jīng)在靈敏度和精確度上有了很大的突破。

對棉花染色體的識別與鑒定，在經(jīng)典細(xì)胞遺傳學(xué)中主要是通過分析染色體的相對長度、臂比和隨體等特征來進(jìn)行的?？稍趯嶋H實驗中常常會因為所用試劑類型不同、濃度的不同以及處理時間的差異而導(dǎo)致染色體的縮短程度不同，再加上棉花的染色體體型較小、染色體之間相差不大、著絲粒不易分辨等因素，使得依靠染色體形態(tài)特征來鑒別染色體的這種方法很難得到理想可靠的結(jié)果。對棉花不同組間的染色體鑒別亦然，棉花不同組之間的染色體大小相差不大，比如棉花A組的染色體總體比D組的染色體大，可是D組最長的染色體卻比A組最短的染色體長，因此很難在四倍體棉種中鑒別出A、D組染色體。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是提供一種鑒別棉花D?genome和D?sub-genome全套染色體的方法。

本發(fā)明首先獲得了一段大約2kb的序列(序列信息SEQ?ID?No.1)，該序列在棉花D組基因組中有較高的重復(fù)次數(shù)，且彌散的分布在D基因組全套染色體上，而在棉花A基因組中的重復(fù)次數(shù)較低。

利用該段序列做探針，在不同棉種有絲分裂中期的染色體上進(jìn)行雜交試驗，結(jié)果表明：在四倍體棉種陸地棉的D亞組全套染色體及在D組棉種雷蒙德氏棉的染色體上均表現(xiàn)出信號，且信號分布在所有的染色體上，而A亞基因組染色體及A組棉種亞洲棉的染色體上無信號。

SEQ?ID?No.1：

TCTTTTATTCTTATTATCCTTGATAATTTATTCATTTTGAGCTATGCTCTCAAAT

CAATTCTATTTTATCCATCGTTATGATCTTTTTGCAAGCATGTTGCATTAGAAT

AATGATTAATGGACTAATAAAACTTTCACAAAGGAAGTTTTGCATATTACTCT

AGAAGTTTCTAAATAATATAGGAACCTGAAACAGGACTATTGTTTAGAAAAC

ACCAAGTTTAAAGGTGAAAAATCTAAGAAGGAAAAGTCTAAATTAAGACTAT

CCTTTCAGATTTTGTTGTCAAAACATTGATTGAACAAAATGACAAGATGTCGT

GTTGGTGACAAAGCTTCAATGAACAAACAAGCAATGATCACCAAGCAATAAG

AAAAGGTTTTCTTGGAGAAAAAAATTCTTCATTTGTGCATGAGCATTTGGTAT

GACACCCTGGGAATGGTGTAAAGGACCAAAGAGTTTCACATTCTGTATCCTTG

AATTGCGATAGGAGAGGATTGAGAAAAAGCCAAATTTTTCTACCCTTGGGTTA

CAGTGGGAGAAAGATGGTACAAATTTTGCGTCCCAGTGGATTAAACTTTGAAG

TTTACAGTGGGGGGCAATCTGATTAAGTGTTTCTTTGGAGATGCCAGCCGAGC

AAGAAGGCGTTGTAACACATCAGTGATAAAACCTTAATAAACTTTGAGTAATA

AAAACACAAACAAAAAAGTATCATTATAATGACATTCTGCATTCATTCAAATA

TCATTCATACACATCTAGTTAGGAGCATTTGATTCATTCTGATCATGACATCCT

AATCACTAGGCATAATTAGGTTCATAAAATGGATTATACAGGTCATGTTCCCC

AGAGAACAGATCAGTGAAGATACAAATCTTGCCTCCCTGAACTGACAGTGGA