[發(fā)明專利]一種玉米基因定位方法在審
| 申請?zhí)枺?/td> | 201410581001.X | 申請日： | 2014-10-27 |
| 公開（公告）號： | CN105631241A | 公開（公告）日： | 2016-06-01 |
| 發(fā)明（設計）人： | 申茂軍 | 申請（專利權(quán)）人： | 申茂軍 |
| 主分類號： | G06F19/18 | 分類號： | G06F19/18 |
| 代理公司： | 暫無信息 | 代理人： | 暫無信息 |
| 地址： | 110179 遼寧省*** | 國省代碼： | 遼寧;21 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 一種 玉米 基因 定位 方法 | ||
1.一種玉米基因定位方法，其特征在于包括以下步驟：
（1）同源序列咨詢，將該序列貼入查詢框，各項參數(shù)按默認值，進行Blast咨詢；ResultsSummary表格顯示水稻數(shù)據(jù)庫中一條與咨詢序列同源的水稻序列，按照同源程度從高到低在Sequence項中排序，選擇Score值高、E-value值低的序列；Alignment提供了兩條序列具體的比對情況，點擊匹配序列鏈接，進入到該序列的詳細注釋頁面；
（2）展示水稻序列的注釋；即點擊Chromosome、Overview、DetailedView和BasepairView，逐步獲得更為詳細的信息；在DetailedView的Zoom梯狀圖中選擇200kb，表示顯示以匹配序列為中心的200kb范圍內(nèi)的序列；DetailedView隨后顯示對該序列的注釋信息，包括Ricemarkers、RiceEST、Maizemarkers、MaizeEST；Markers項中的標記有C944、C51151S、R1538和R1770，選擇與匹配序列連鎖最近的C51151S，點擊進入C51151S標記的信息界面；
（3）標記在水稻遺傳圖譜中位置的確定；選擇MapPositions中Rice-GRTIGRAssmIRGSPSeq2005，點擊viewonmap，顯示C51151S在所選圖譜中的位置；同時通過OptionsMenu中的FeatureTypes調(diào)節(jié)圖譜中所要顯示的標記；
（4）比較圖譜的繪制；在Comparativemap的下拉菜單中選擇玉米遺傳圖譜IBM2neighbors2004的所有染色體，再點擊Redrawmap，顯示水稻chr3和玉米染色體的對應關系比較圖；由于共線性過于密集，可以返回上一界面，通過ComparisonMenu中的MapStart和MapEnd縮小顯示范圍。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述一種玉米基因定位方法，其特征在于利用玉米ESTs與水稻基因組序列進行BLASTn，在E-value〈10-5、配對長度至少50bp的條件下，96條玉米ESTs在水稻染色體上找同源序列。
3.根據(jù)權(quán)利要求2所述一種玉米基因定位方法，其特征在于在96條與水稻序列具有同源性的ESTs中，77條ESTs在同源序列兩側(cè)各100kb區(qū)間內(nèi)，進行共線性標記，在玉米的第1至第10條染色體上的分布設置為17、7、17、8、17、10、8、15、5和8條。
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G06F 電數(shù)字數(shù)據(jù)處理
G06F19-00 專門適用于特定應用的數(shù)字計算或數(shù)據(jù)處理的設備或方法
G06F19-10 .生物信息學，即計算分子生物學中的遺傳或蛋白質(zhì)相關的數(shù)據(jù)處理方法或系統(tǒng)
G06F19-12 ..用于系統(tǒng)生物學的建?；蚍抡妫纾焊怕誓Ｐ突騽討B(tài)模型，遺傳基因管理網(wǎng)絡，蛋白質(zhì)交互作用網(wǎng)絡或新陳代謝作用網(wǎng)絡
G06F19-14 ..用于發(fā)展或進化的，例如：進化的保存區(qū)域決定或進化樹結(jié)構(gòu)
G06F19-16 ..用于分子結(jié)構(gòu)的，例如：結(jié)構(gòu)排序，結(jié)構(gòu)或功能關系，蛋白質(zhì)折疊，結(jié)構(gòu)域拓撲，用結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)的藥靶，涉及二維或三維結(jié)構(gòu)的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質(zhì)組學的，例如：基因型–表型關聯(lián)，不均衡連接，種群遺傳學，結(jié)合位置鑒定，變異發(fā)生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質(zhì)相互作用或蛋白質(zhì)核酸的相互作用
