[發明專利]癌癥體細胞突變基因測序數據分析工作流整合算法在審
| 申請號： | 201410571652.0 | 申請日： | 2014-10-24 |
| 公開（公告）號： | CN104408284A | 公開（公告）日： | 2015-03-11 |
| 發明（設計）人： | 吳翀;王瑜;閆威 | 申請（專利權）人： | 北京微旋基因技術有限公司 |
| 主分類號： | G06F19/00 | 分類號： | G06F19/00 |
| 代理公司： | 暫無信息 | 代理人： | 暫無信息 |
| 地址： | 100083*** | 國省代碼： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索關鍵詞： | 癌癥 體細胞 突變 基因 序數 分析 工作流 整合 算法 | ||
【權利要求書】：
1.癌癥體細胞突變基因測序分析數據工作流整合算法，其特征在于，包括如下步驟：
(1)將測序數據比對到參考基因組序列，使用bwa算法，使用科學運算流處理器加速后，數據比對速度提高至其他軟件的10-100倍；
(2)SNP鑒定，使用samtools算法，兼容多種數據格式，準確度高，定位快速；
(3)癌癥體細胞突變鑒定，使用VarScan算法，兼容數據種類多，準確度高，輸入輸出符合公開標準。
2.根據權利要求1所述癌癥體細胞突變基因測序分析數據工作流整合算法，其特征在于，所述的工作流整合算法為GPU算法，利用GPU的高速浮點計算和并行特性達到硬件加速的效果。
3.根據權利要求1所述癌癥體細胞突變基因測序分析數據工作流整合算法，其特征在于，所述的工作流整合算法中，進一步包含使用GPU加速的軟件。
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G06 計算；推算；計數
G06F 電數字數據處理
G06F19-00 專門適用于特定應用的數字計算或數據處理的設備或方法
G06F19-10 .生物信息學，即計算分子生物學中的遺傳或蛋白質相關的數據處理方法或系統
G06F19-12 ..用于系統生物學的建模或仿真，例如：概率模型或動態模型，遺傳基因管理網絡，蛋白質交互作用網絡或新陳代謝作用網絡
G06F19-14 ..用于發展或進化的，例如：進化的保存區域決定或進化樹結構
G06F19-16 ..用于分子結構的，例如：結構排序，結構或功能關系，蛋白質折疊，結構域拓撲，用結構數據的藥靶，涉及二維或三維結構的
G06F19-18 ..用于功能性基因組學或蛋白質組學的，例如：基因型–表型關聯，不均衡連接，種群遺傳學，結合位置鑒定，變異發生，基因型或染色體組的注釋，蛋白質相互作用或蛋白質核酸的相互作用
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