[發明專利]一種與仔豬腹瀉相關的SNP標記及其應用

在審

• 申請號: 201410429232.9
• 申請日: 2014-08-28
• 公開（公告）號: CN104152453A
• 公開（公告）日: 2014-11-19
• 發明（設計）人: 蔣雋;劉定發;周紅麗;何俊;馬海明
• 申請（專利權）人: 湖南農業大學;汕尾寶山豬場有限公司;蔣雋;劉定發
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 長沙市融智專利事務所 43114
• 代理人: 袁靖

技術領域：

本發明屬于豬的分子生物學技術及育種領域，具體是涉及一種與仔豬腹瀉率相關特征的SNP遺傳標記及其應用方法。

背景技術：

我國是世界第一養豬大國，年出欄豬約占全球一半左右。與此同時，我國的豬病多而泛濫，每年給養豬業造成巨大損失，嚴重影響著養豬業的發展。仔豬腹瀉是豬病中最常見的疾病之一，豬的死亡率主要發生于初生階段，若能降低仔豬腹瀉率，無疑具有重大的經濟效益。

本申請人在前期多個科研項目的資助下，在豬的全基因組范圍內初步篩選影響仔豬腹瀉的候選基因，豬鼠色信號蛋白(ASIP)就是其中之一。眾所周知，ASIP基因對于有機體色素從深的真黑素轉化為淺的表黑素具有重要作用。據報道，ASIP及其神經肽同類物與鼠色相關的蛋白還參與能量平衡，paracrine信號分子的黑素受體的亞單位具有明顯的反興奮作用。ASIP在小鼠中廣泛分布和表達，可導致動物的表現包括相同的黃皮、肥大、超重以及類似于人II型糖尿病的代謝紊亂等。這些報道表明ASIP基因對于機體有著廣泛、復雜的影響，當然也有可能與腹瀉有關。

目前沒有關于豬ASIP基因與仔豬腹瀉相關性的研究報道。

發明內容：

本發明的目的是針對上述現有技術的不足，提供一種與仔豬腹瀉率相關特征的SNP遺傳標記及其應用方法。

一種與仔豬腹瀉相關的SNP標記，DNA序列如SEQ?ID?NO.1所示；所述序列中的第98個堿基呈現T或G的多態性。所述的多態性導致所編碼的氨基酸為亮氨酸或纈氨酸。

擴增所述的與仔豬腹瀉相關的SNP標記的引物對的序列如下：

正向引物：5'-ctcgcctcctcttagctacc-3'，

反向引物：5'-ctgtgccaccttcttcatcg-3'。

所述的與仔豬腹瀉相關的SNP標記用于篩選或者選育仔豬腹瀉率低的品種。

本發明確定的SNP標記序列即ASIP基因序列，其DNA的核苷酸序列如SEQ?ID?NO.1所示。該序列的第98堿基處有一個堿基突變T98-G98。該突變導致所編碼的氨基酸發生改變，而且仔豬腹瀉率高的為亮氨酸(L)，仔豬腹瀉率低的為纈氨酸(V)。DNA所編碼的氨基酸序列圖如SEQ?ID?NO.2所示。

利用本發明的SNP標記進行篩選檢測，具體包括如下步驟：

(1)根據GenBank中豬ASIP基因的mRNA序列，用Primer5.0設計引物，覆蓋該基因部分編碼序列；

(2)獲取豬基因組DNA，并以此為模板，PCR擴增，產物純化，克隆，獲得如序列表SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列；

(3)鑒定該基因序列的第98堿基處是否存在多態性。

所述引物為：正向引物：5'-ctcgcctcctcttagctacc-3'，

反向引物：5'-ctgtgccaccttcttcatcg-3'。

上述步驟(3)中ASIP基因序列第98堿基處的多態性是指一個堿基突變為T或G。

將上述序列翻譯為氨基酸序列，結果表明該突變導致所編碼的氨基酸發生改變，亮氨酸(L)突變為纈氨酸(V)。且該突變與仔豬腹瀉率存在相關，仔豬腹瀉率高的為亮氨酸(L)，仔豬腹瀉率低的為纈氨酸(V)。

本發明采用PCR與DNA測序結合的方法首先篩選出ASIP基因為仔豬腹瀉的相關基因，繼而從豬ASIP基因上篩選到與性狀相關的SNP，并且通過生產實踐驗證確定ASIP基因為仔豬腹瀉相關基因，篩選的SNP為與之相關的SNP。本發明篩選的豬ASIP基因的SNP可作為低腹瀉率仔豬品種輔助選擇的遺傳標記，從而培育出腹瀉率更低的豬，具有極其重大的應用價值和經濟效益。

附圖說明：

圖1為豬ASIP基因部分序列的PCR-SSCP電泳圖。

具體實施方式：

下面結合具體實施例對本發明作進一步地解釋，但具體實施例并不對本發明做任何限定。

實施例1豬相關基因SNP篩選

選擇相同日齡的健康商品仔豬300只進行試驗，所有初生仔豬打上耳標后，用腸毒素大腸桿菌感染，觀察3天內仔豬腹瀉情況，并記錄每頭豬的腹瀉情況。分別提取其基因組DNA。對每頭豬采集血樣，提取DNA后進行擴增、測序；確定每頭豬的SNP類型。