[發(fā)明專利]診斷傳染病病原體及其藥物敏感性的方法

無效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201410415201.8
• 申請(qǐng)日: 2011-02-24
• 公開（公告）號(hào): CN104212890A
• 公開（公告）日: 2014-12-17
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: D.洪;J.戈麥斯;L.科西米;R.尼科爾;M.博羅夫斯基;A.巴查克;A.B.安德東克
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 布羅德研究所有限公司;綜合醫(yī)院公司;布里格姆婦女醫(yī)院
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C12Q1/14;C12Q1/10;C12Q1/04;C12R1/19;C12R1/385;C12R1/22;C12R1/445;C12R1/01
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 梁謀

1.一種確定病原體的藥物敏感性的方法，所述方法包括：

提供包含病原體的樣品；

使所述樣品與一種或多種試驗(yàn)化合物接觸以提供試樣；

在將信使核糖核酸(mRNA)自病原體釋放進(jìn)入試樣的條件下處理所述試樣；

將所述試樣暴露給包含多個(gè)探針子集的多種核酸探針，其中各子集包含與靶mRNA特異性結(jié)合的一種或多種探針，與抗藥性生物相比，所述靶mRNA在對(duì)試驗(yàn)化合物敏感的生物中差異表達(dá)，其中所述暴露在使探針和靶mRNA之間的結(jié)合可發(fā)生的時(shí)間內(nèi)和條件下進(jìn)行；

確定探針與靶mRNA之間的結(jié)合水平，從而確定靶mRNA水平；和

將存在試驗(yàn)化合物時(shí)的靶mRNA水平與參考水平進(jìn)行比較，其中所述靶mRNA水平相對(duì)于靶mRNA參考水平的差異表明所述病原體對(duì)試驗(yàn)化合物是敏感的還是抗性的。

2.權(quán)利要求1的方法，其中所述試驗(yàn)化合物為針對(duì)病原體的已知或潛在治療。

3.權(quán)利要求1的方法，其中所述方法包括使樣品與兩種或更多種試驗(yàn)化合物接觸。

4.權(quán)利要求1的方法，其中使所述樣品與一種或多種試驗(yàn)化合物接觸達(dá)少于4小時(shí)。

5.一種鑒定傳染病病原體的方法，所述方法包括：

提供來自疑似被病原體感染的受試者的試樣；

在釋放信使核糖核酸(mRNA)的條件下處理所述試樣；

將試樣暴露給包含多個(gè)探針子集的多種核酸探針，其中各子集包含與靶mRNA特異性結(jié)合的一種或多種探針，所述靶mRNA唯一地鑒定病原體，其中所述暴露在使探針和靶mRNA之間的結(jié)合可發(fā)生的時(shí)間內(nèi)和條件下進(jìn)行；和

確定探針與靶mRNA之間的結(jié)合水平，從而確定靶mRNA水平；

其中試樣相對(duì)于參考樣品在靶mRNA方面的增加，表明試樣中病原體的身份。

6.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述試樣選自痰、血、尿、糞便、關(guān)節(jié)液、腦脊液和子宮頸/陰道拭子。

7.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述試樣包含多種不同的傳染病病原體或非致病生物。

8.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述一種或多種核酸探針選自表2。

9.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述病原體為細(xì)菌、真菌、病毒或寄生蟲。

10.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述病原體為結(jié)核分枝桿菌。

11.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述mRNA在與探針接觸之前為粗制的。

12.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述方法不包括擴(kuò)增mRNA。

13.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述方法包括以酶法、化學(xué)法或機(jī)械法裂解細(xì)胞。

14.權(quán)利要求1或5的方法，其中所述方法包括微流體裝置的使用。

15.權(quán)利要求1或5的方法，其中將所述方法用于監(jiān)測(cè)病原體感染。

16.權(quán)利要求1的方法，其中所述病原體在來自受試者的樣品中。

17.權(quán)利要求5或16的方法，其中所述受試者為人。

18.權(quán)利要求5或16的方法，其中所述方法進(jìn)一步包括確定或選擇用于受試者的治療，以及任選給予受試者所述治療。

19.一種選擇用于受試者的治療的方法，所述方法包括：

任選用以下方法鑒定來自受試者的樣品中的病原體，所述方法包括：

提供來自疑似被病原體感染的受試者的試樣；

在釋放信使核糖核酸(mRNA)的條件下處理所述試樣；

將試樣暴露給包含多個(gè)探針子集的多種核酸探針，其中各子集包含與靶mRNA特異性結(jié)合的一種或多種探針，所述靶mRNA唯一地鑒定病原體，其中所述暴露在使探針和靶mRNA之間的結(jié)合可發(fā)生的時(shí)間內(nèi)和條件下進(jìn)行；和

確定探針與靶mRNA之間的結(jié)合水平，從而確定靶mRNA水平；

其中試樣相對(duì)于參考樣品在靶mRNA方面的增加，表明試樣中病原體的身份；

利用權(quán)利要求1的方法確定病原體的藥物敏感性；

以及選擇所述病原體對(duì)其敏感的藥物用于治療受試者。