[發明專利]DNA標簽、PCR引物及其應用

有效

• 申請號: 201410378319.8
• 申請日: 2014-08-01
• 公開（公告）號: CN105296471B
• 公開（公告）日: 2020-02-21
• 發明（設計）人: 張俊青;程秀;陳祖煜;呂艷春;劉濤;吳仁花;易鑫;楊玲
• 申請（專利權）人: 天津華大基因科技有限公司;深圳華大基因股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/6883
• 分類號: C12Q1/6883;C12Q1/6869;C12Q1/6858;C12N15/11;C40B50/06;C12M1/34
• 代理公司: 北京清亦華知識產權代理事務所(普通合伙) 11201
• 代理人: 李志東

本發明公開了DNA標簽、PCR引物及其應用，其中一組DNA標簽，其選自SEQ ID NO：1?95所示的核苷酸，能夠用于構建核酸測序文庫，以精確地對核酸測序文庫進行區分。利用本發明的DNA標簽和PCR引物構建標簽PCR引物，進而利用該標簽PCR引物，根據本發明的確定多種DNA樣品耳聾基因是否存在突變的方法，一次性最多能夠實現95種DNA樣品的耳聾基因突變檢測。

技術領域

本發明涉及核酸測序及分型技術領域，具體地，涉及DNA標簽、PCR引物及其應用，更具體地，涉及一組DNA標簽、一組PCR引物、構建核酸測序文庫的方法、確定DNA樣品耳聾基因是否存在突變的方法、用于確定DNA樣品耳聾基因是否存在突變的試劑盒以及確定DNA樣品耳聾基因是否存在突變的系統。

背景技術

耳聾是一種嚴重影響生活質量和交流的常見疾病。根據2006年第二次全國殘疾人抽樣調查，我國殘疾人群8296萬，其中聽力殘疾人群2780萬，7歲以下的聾啞兒童高達80萬，并以每年新生3萬聾兒的速度增長。嬰幼兒聾病發生60％-70％是由遺傳因素導致的。迄今為止，與非綜合征型耳聾相關的40個常染色體隱性遺傳基因，27個常染色體顯性遺傳基因，3個X連鎖遺傳基因，2個線粒體遺傳基因已經被克隆。而每個基因中又有數目眾多的耳聾致病突變位點，其中以GJB2、SLC26A4和12S rRNA的突變最為常見，其它基因所占比例較小。

國內研究人員也針對中國人群耳聾的突變類型進行了大規模的流行病學調查。根據近幾年的分子流行病學調查，上述3個基因和GJB3的突變比例高達40％。

耳聾早期檢測的意義：第一時間發現聾病易感基因攜帶者及遲發型聽力損失高危兒，做到早發現早干預；輔助耳聾病因診斷；檢測出藥物性耳聾基因攜帶者，指導抗生素的應用，避免藥物性耳聾的發生；進行流行病學調查。因此耳聾突變基因的早發現對于聾病的預防和治療具有重要意義。

目前傳統的耳聾基因檢測方法包括單鏈構象多態性(PCR-SSCP)，限制性片段長度多態(PCR-RFLP)，變性高效液相色譜分析(DHPLC)，直接測序，基因芯片、飛行時間質譜檢測技術等方法。這些檢測方法存在較多局限性，或者檢測能力低、或者通量低耗時費力、所需設備和耗材昂貴，更重要的是，這些方法除基因芯片的方法，難以同時將不同基因的多個突變位點進行高通量的檢測，然而基因芯片的平臺價錢昂貴，對儀器和人員的素質要求較高，難以在我國廣大醫療機構中普及。

并且上文描述的那些檢測方法，通量都較低。當對大規模的樣品進行耳聾基因檢測時，應用上述方法是耗時耗力的，并且成本高昂。因此，本領域迫切需要新的高通量、低成本的耳聾基因檢測方法，以實現快速檢測和規?；巳簷z測。

發明內容

本發明旨在至少解決現有技術中存在的技術問題之一。為此，本發明的一個目的在于提出一種能夠高通量、低成本、快速高效地對DNA樣品尤其是多個DNA樣品進行耳聾基因突變檢測的方法。

因而，根據本發明的一個方面，本發明提供了一組DNA標簽。根據本發明實施例的一組DNA標簽，其選自SEQ ID NO：1-95所示的核苷酸。本發明的一組DNA標簽能夠用于構建核酸測序文庫，以精確地對核酸測序文庫進行區分。利用上述DNA標簽(在本文中有時也稱為“核酸標簽”)，通過將DNA標簽與DNA或其等同物相連，可以精確地表征DNA的樣品來源。由此，利用上述DNA標簽，可以同時構建多種DNA樣品的用于測序的核酸測序文庫(在本文中，有時也稱為DNA標簽文庫)，從而可以通過將來源于不同樣品的核酸測序文庫進行混合，同時進行測序，基于DNA標簽對獲得的測序序列進行分類，獲得多種DNA樣品的序列信息。從而可以充分利用高通量的測序技術，例如利用Solexa測序技術，同時對多種DNA進行測序，從而提高DNA測序的效率和通量。