[發明專利]一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法和系統

有效

• 申請號: 201410361064.4
• 申請日: 2014-07-25
• 公開（公告）號: CN104212886A
• 公開（公告）日: 2014-12-17
• 發明（設計）人: 李彩霞;魏以梁;葉健
• 申請（專利權）人: 公安部物證鑒定中心
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 北京同立鈞成知識產權代理有限公司 11205
• 代理人: 劉芳

技術領域

本發明涉及一種推斷未知個體來源的方法和系統，尤其涉及一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法和系統。

背景技術

伴隨經濟全球化，不同國家、區域間的人員流動加大，涉外、反恐、跨區域流動作案等復雜案件不斷增多，案件偵查的難度日益加大。例如，北京、上海、廣東等大城市經常出現涉外案件。目前國際人種主要分為歐洲、非洲、東亞三大人種及由這些人種形成的混合人種，我國境內的混合人群主要包括新疆的維吾爾族、哈薩克族、柯爾克孜族等歐洲和東亞的混合人群。

通常，從案件現場生物檢材中提取到的DNA會進行STR檢測，分型結果錄入數據庫比對查找，或者直接與目標嫌疑人的STR分型進行比對。而在比對不中的情況下，我們還可以利用DNA中蘊含的祖先信息(例如群體遺傳主成分析)來推測供者的群體來源，這對案件的偵破能起到指導性作用。在基因組DNA中，有一部分常染色體SNPs等位基因在不同人群中會存在較大的頻率分布差異，差值δ>0.3，這部分位點被定義為AIMs。

國際上針對洲際層面非、歐、東亞這3大最主要人群的分類劃分已經研究的較為深入，形成了很多不同的AIMs位點組合，并構建了少數幾套復合擴增檢測體系用于實踐檢驗。目前，由于已有的AIMs位點組合包含的位點數目較多，不易于構建復合擴增檢測體系，且由于受到SNP檢測平臺的限制，這些已經構建的檢測體系也很難推廣使用。

因此，如何提供一種能有效的對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法和系統，并具有廣泛的適用性成為有待解決的問題。

發明內容

本發明提供了一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法，通過獲得未知來源個體的DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，結合STRUCTURE軟件對未知來源個體的非、歐、東亞群體遺傳主成分析，從而為進行未知來源個體的非、歐、東亞群體來源推斷提供數據支持。

本發明還提供了一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的系統，利用該系統中的復合擴增檢測體系能快速獲得未知來源個體的DNA27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，進而與現有軟件結合，實現對未知來源個體的非、歐、東亞群體遺傳主成分析。

本發明還提供了一種復合擴增檢測體系，能快速獲得未知來源個體的DNA27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，為獲得未知來源個體的非、歐、東亞群體遺傳主成分分析結果提供數據支持。

本發明還提供了一種檢測試劑盒，含有所述復合擴增檢測體系。該試劑盒能快速獲得未知來源個體的DNA?27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型。

本發明提供的一種對未知來源個體進行非、歐、東亞群體遺傳主成分析的方法，該方法包括：

1)提取未知來源個體的DNA；

2)獲得所述DNA的27個非、歐、東亞群體特異性位點的基因型，所述27個非、歐、東亞群體特異性位點為：rs595961,rs2710684,rs260690,rs10496971,rs10497191,rs6444724,rs1586861,rs28777,rs13182883,rs1366220,rs159606,rs7752055,rs321198,rs366178,rs3780962,rs4244304,rs1498553,rs3825663,rs728404,rs1448485,rs7170869,rs1453858,rs2342747,rs4787040,rs881929,rs1197062和rs4789193；

3)將所述各特異性位點的基因型利用STRUCTURE軟件獲得群體遺傳主成分分析結果。

進一步的，上述2)包括采用與所述27個特異性位點一一對應的27對擴增引物對其進行擴增以獲得擴增產物的步驟；以及使用與所述27個特異性位點一一對應的27條延伸引物對所述擴增產物進行延伸以獲得延伸產物的步驟。

更進一步的，所述擴增引物為序列表中SEQ?ID?No.1至SEQ?ID?No.54的核苷酸序列；所述延伸引物為序列表中SEQ?ID?No.55至SEQ?ID?No.81的核苷酸序列。