[發明專利]一種藥物代謝酶檢測基因芯片探針的智能設計方法

在審

• 申請號: 201410346282.0
• 申請日: 2014-07-21
• 公開（公告）號: CN104156632A
• 公開（公告）日: 2014-11-19
• 發明（設計）人: 徐瑞龍;伯曉晨;楊寧敏
• 申請（專利權）人: 金華市中心醫院
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18;G06F19/28
• 代理公司: 金華科源專利事務所有限公司 33103
• 代理人: 胡杰平

1.一種藥物代謝酶檢測基因芯片探針的智能設計方法，其特征在于：結合RDP核糖體數據庫，通過計算機系統定量分析藥物代謝酶基因序列各位點的特異性和保守性，以評估該位點作為設計探針的可能性，通過對探針組的優化選擇和對其分類精度的評價，給出最優化層級分類的探針組設計組合。

2.根據權利要求1所述的一種藥物代謝酶檢測基因芯片探針的智能設計方法，其特征在于：所述的RDP核糖體數據庫包含多種生物分子16S?rRNA基因序列數據，這些數據通過計算機系統進化樹分析，每一類別數據具有相似的類型。

3.根據權利要求2所述的一種藥物代謝酶檢測基因芯片探針的智能設計方法，其特征在于，所述的16S?rRNA基因序列各位點的特異性和保守性定量分析包括下列步驟：

1)接收來自計算機終端輸入的16SrRNA基因序列數據，進行多序列比對，確保比對后的序列長度保持一致；

2)采用相對熵方法計算評估待分析序列位點的保守性；

3)采用最近鄰方法估計探針的雜交反應的熱力學性質計算熔化溫度以評估探針序列的特異性。

4.根據權利要求1所述的一種藥物代謝酶檢測基因芯片探針的智能設計方法，其特征在于，所述的探針組的分類精度評價計算包括下列步驟：

1)計算觀察個體P_g,d中所有探針和S集合靶序列的匹配程度，可以獲得兩組集合S_PM和S'_PM；

2)計算S_PM集合的基數及S'_PM集合的基數；

3)根據上述計算通過分類準確率計算公式，獲得一個分類準確率的評分值。

5.根據權利要求1所述的一種藥物代謝酶檢測基因芯片探針的智能設計方法，其特征在于，所述的探針組的優化選擇的計算包括下列步驟：

1)接收來自計算機終端輸入的比對后序列數據，并計算相關的輸入參數；

2)初始種群，根據所建立的適應度函數，計算個體適應值，根據個體的適應值大小，優先選擇適應值較大的個體進入交叉、變異過程，以一定的概率進行交叉、變異操作，反復迭代以上過程，當個體適應度函數若干代后不再變化，停止循環，獲得最優探針集合。