[發(fā)明專利]基于質(zhì)荷比誤差識別能力的蛋白質(zhì)二級質(zhì)譜鑒定方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410298404.3
• 申請日: 2014-06-26
• 公開（公告）號: CN104034792B
• 公開（公告）日: 2017-01-18
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 陳曉舟;肖傳樂;朱思敏;李華梅;鄭凱;李慧敏
• 申請（專利權(quán)）人: 云南民族大學(xué)
• 主分類號: G01N27/62
• 分類號: G01N27/62
• 代理公司: 廣州華進(jìn)聯(lián)合專利商標(biāo)代理有限公司44224
• 代理人: 曾鳳云,萬志香

1.一種基于質(zhì)荷比誤差識別能力的蛋白質(zhì)二級質(zhì)譜鑒定方法，其特征在于，包括如下步驟：

(1)虛擬酶解蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫序列，并根據(jù)肽段的質(zhì)量數(shù)對酶解后的肽段建立肽段數(shù)據(jù)庫和肽段數(shù)據(jù)庫索引；

(2)根據(jù)待分析實(shí)驗(yàn)圖譜中母離子去電荷后的質(zhì)量數(shù)在步驟(1)所述的肽段數(shù)據(jù)庫中找出符合要求的候選肽段；

(3)對待分析實(shí)驗(yàn)圖譜進(jìn)行去同位素峰和選取有效峰處理；

(4)產(chǎn)生符合候選肽段理論圖譜的實(shí)驗(yàn)標(biāo)記圖譜；

(5)統(tǒng)計(jì)不同離子的質(zhì)量誤差信息，并計(jì)算出不同離子類型在不同區(qū)間內(nèi)的質(zhì)荷比誤差識別能力；

(6)對每個(gè)候選肽段基于質(zhì)荷比誤差識別能力進(jìn)行打分，選擇得分最高的肽段作為此實(shí)驗(yàn)圖譜的鑒定結(jié)果，并對鑒定結(jié)果進(jìn)行整體質(zhì)量控制。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于質(zhì)荷比誤差識別能力的蛋白質(zhì)二級質(zhì)譜鑒定方法，其特征在于，步驟(4)具體包括如下步驟：

1)產(chǎn)生候選肽段可能產(chǎn)生的理論碎片b、y離子；

2)若步驟1)產(chǎn)生b、y離子中包含S、T、E和D四種氨基酸中的一種則產(chǎn)生對應(yīng)的丟水碎片離子b-H₂O和y-H₂O；

3)若步驟1)產(chǎn)生b、y離子中包含R、K、Q和N四種氨基酸中的一種則產(chǎn)生對應(yīng)的丟氨碎片離子b-NH₃和y-NH₃；

4)若待分析二級質(zhì)譜母離子價(jià)態(tài)是1價(jià)，則考慮產(chǎn)生一價(jià)碎片離子；

5)若待分析二級質(zhì)譜母離子價(jià)態(tài)大于等于2，并且對應(yīng)的碎片離子中包含R，K和H三種氨基酸其中一種時(shí)，則考慮二價(jià)碎片離子峰；

根據(jù)步驟1)～5)產(chǎn)生所有理論碎片離子的方法，得到候選肽段的理論圖譜。

3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的基于質(zhì)荷比誤差識別能力的蛋白質(zhì)二級質(zhì)譜鑒定方法，其特征在于，步驟(5)具體包括如下步驟：

1)統(tǒng)計(jì)實(shí)驗(yàn)峰質(zhì)量誤差信息以及實(shí)驗(yàn)峰與理論峰正確匹配與錯(cuò)誤匹配峰數(shù)目，并將質(zhì)量誤差等劃分為10個(gè)區(qū)間：[0,0.05],[0.05,0.1],[0.1,0.15],[0.15,0.2],[0.2,0.25],[0.25,0.3],[0.3,0.35],[0.35,0.4],[0.4,0.45],[0.45,0.5]

2)定義質(zhì)荷比誤差識別能力，并計(jì)算出不同離子類型在不同區(qū)間內(nèi)的質(zhì)荷比誤差識別能力；

理論碎片離子與實(shí)驗(yàn)圖譜質(zhì)量誤差識別能力的計(jì)算：

T_ij＝N(r_ij)/N(e_ij)(j＝1,2,...,10)

其中，j為第j個(gè)區(qū)間(j∈[1,10],j∈Z⁺)；i為第i種離子類型(i∈b/b-H₂O/b-NH₃/y/y-H₂O/y-NH₃)；N(r_ij)為離子類型i在區(qū)間j中正確匹配峰的數(shù)目；N(e_ij)為離子類型i在區(qū)間j中錯(cuò)誤匹配峰的數(shù)目；T_ij為離子類型i在區(qū)間j中的質(zhì)荷比誤差識別能力。