[發(fā)明專利]基于陸地棉轉(zhuǎn)錄組序列開發(fā)的EST-SSR標(biāo)記引物與應(yīng)用

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201410284580.1
• 申請(qǐng)日: 2014-06-23
• 公開（公告）號(hào): CN104017896A
• 公開（公告）日: 2014-09-03
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 張軍;高陽;王芙蓉;劉國棟;張傳云;張景霞;周娟
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 山東棉花研究中心
• 主分類號(hào): C12Q1/68
• 分類號(hào): C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 濟(jì)南金迪知識(shí)產(chǎn)權(quán)代理有限公司 37219
• 代理人: 朱家富

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及基于陸地棉轉(zhuǎn)錄組序列開發(fā)的EST-SSR標(biāo)記引物與應(yīng)用，特別涉及基于陸地棉Coker312莖尖轉(zhuǎn)錄組序列開發(fā)的EST-SSR引物及其應(yīng)用，屬于分子標(biāo)記技術(shù)領(lǐng)域。

背景技術(shù)

棉花是重要的經(jīng)濟(jì)作物之一，也是最重要的紡織纖維作物。其栽培種有4個(gè),包括2個(gè)二倍體棉種,即草棉(Gossypium.herbaceum)和亞洲棉(G.arboreum)以及2個(gè)四倍體棉種,即陸地棉(G.hirsutum)和海島棉(G.barbadense)。由于陸地棉的產(chǎn)量高,適應(yīng)性的特點(diǎn)，使之成為栽培種中的重要品種。但目前育成的陸地棉品種多樣性水平降低，遺傳基礎(chǔ)狹窄，導(dǎo)致在生產(chǎn)上難以區(qū)分和識(shí)別，從而制約著產(chǎn)量和品質(zhì)的進(jìn)一步提高。

隨著基因組學(xué)的發(fā)展，分子標(biāo)記成為改善這一問題的首選方法。簡單重復(fù)序列(SSR)是一種高度多態(tài)和共顯性標(biāo)記，因而被廣泛用于分子標(biāo)記遺傳分析。隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,許多物種中已開發(fā)出大量的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),這些數(shù)據(jù)在新標(biāo)記的開發(fā)和應(yīng)用過程中具有重要意義。蘿卜(Raphanus?sativus?L.),辣椒(Capsicum?annuum?L.),芝麻(Sesamum?indicum?L.)等作物中轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的挖掘，為其識(shí)別和開發(fā)新的EST-SSR標(biāo)記提供可靠性。目前利用轉(zhuǎn)錄組序列開發(fā)新的分子標(biāo)記在棉花中已有應(yīng)用，來德勇等利用陸地棉花發(fā)育相關(guān)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)發(fā)掘了670個(gè)新的EST-SSR標(biāo)記；陳浩東等從達(dá)爾文氏棉轉(zhuǎn)錄組序列中開發(fā)了780對(duì)EST-SSR引物，并詳細(xì)分析了EST-SSR位點(diǎn)的特征，引物的多態(tài)性及可轉(zhuǎn)移性；呂遠(yuǎn)大等基于海島棉纖維發(fā)育EST序列開發(fā)出380對(duì)SSR引物；Jena等在草棉轉(zhuǎn)錄組99780個(gè)Uni_gene中，查找出12471個(gè)SSR位點(diǎn)，分布于8900條EST中。

目前，棉花中開發(fā)的EST-SSR主要與纖維發(fā)育基因相關(guān)，與棉花早期形態(tài)建成相關(guān)的基因SSR標(biāo)記開發(fā)尚未見報(bào)道。莖端組織與植物葉原基、芽原基的發(fā)生以及植物頂端生長優(yōu)勢密切相關(guān)，開發(fā)與此相關(guān)的EST-SSR既能增加棉花EST-SSR標(biāo)記的數(shù)量，又能深入探究EST-SSR標(biāo)記基因的功能。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明針對(duì)現(xiàn)有技術(shù)的不足，提供一種基于陸地棉轉(zhuǎn)錄組序列開發(fā)的EST-SSR標(biāo)記引物與應(yīng)用。基于陸地棉莖尖轉(zhuǎn)錄組序列開發(fā)出的EST-SSR引物具有擴(kuò)增穩(wěn)定、電泳條帶清晰、多態(tài)性豐富等優(yōu)點(diǎn)，可有效用于棉花種質(zhì)資源遺傳多樣性分析、高密度圖譜的構(gòu)建、品種純度和真實(shí)性鑒定、分子標(biāo)記輔助育種等研究領(lǐng)域。

本發(fā)明的技術(shù)方案如下：

一種陸地棉Coker312的EST-SSR標(biāo)記SCRC056的引物，該引物為一對(duì)，核苷酸序列分別為SEQ?ID?NO.1和SEQ?ID?NO.2。

上述EST-SSR標(biāo)記SCRC056的引物在遺傳多樣性分析和高密度遺傳圖譜構(gòu)建方面的應(yīng)用，標(biāo)記SCRC056定位于chr.16(D7)上20.4cM處，位于chr.16(D7)上15.4cM的標(biāo)記BNL2734與chr.16(D7)上24.4cM的標(biāo)記CGR6280之間，與標(biāo)記BNL2734相距5cM，與標(biāo)記CGR6280相距4cM。

一種陸地棉Coker312的EST-SSR標(biāo)記SCRC371的引物，該引物為一對(duì)，核苷酸序列分別為SEQ?ID?NO.3和SEQ?ID?NO.4。

上述EST-SSR標(biāo)記SCRC371的引物在棉花遺傳多樣性分析和高密度遺傳圖譜構(gòu)建方面的應(yīng)用，標(biāo)記SCRC371定位于chr.18(D13)上63.2cM處，位于chr.18(D13)上52.7cM的標(biāo)記SHIN1403與chr.18(D13)上78.4cM的標(biāo)記CGR5021之間，與標(biāo)記SHIN1403相距10.5cM。

一種陸地棉Coker312的EST-SSR標(biāo)記SCRC878的引物，該引物為一對(duì)，核苷酸序列分別為SEQ?ID?NO.5和SEQ?ID?NO.6。

上述EST-SSR標(biāo)記SCRC878的引物在棉花遺傳多樣性分析和高密度遺傳圖譜構(gòu)建方面的應(yīng)用，標(biāo)記SCRC878定位于chr.2(A2)上42.5cM處，位于連鎖群末端,與位于chr.2(A2)上35.5cM的標(biāo)記HAU880距離最近，相距7.0cM。

一種陸地棉Coker312的EST-SSR標(biāo)記SCRC1022的引物，該引物為一對(duì)，核苷酸序列分別為SEQ?ID?NO.7和SEQ?ID?NO.8。