[發明專利]用于結直腸癌預后的基因片段及其應用

在審

• 申請號: 201410268474.4
• 申請日: 2014-06-17
• 公開（公告）號: CN104031915A
• 公開（公告）日: 2014-09-10
• 發明（設計）人: 杜祥;周曉燕;王志敏;王麗莎;沈曉涵;危平;徐清華
• 申請（專利權）人: 復旦大學附屬腫瘤醫院;上海人類基因組研究中心
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 上海浦一知識產權代理有限公司 31211
• 代理人: 王函

技術領域

本發明涉及結直腸癌的預后領域，主要是Ⅱ/Ⅲ期(局部進展期)結直腸癌術后復發的預測。更具體而言，涉及一組用于結直腸癌預后的基因片段及其應用。

背景技術

結直腸癌是最常見的惡性腫瘤之一，嚴重威脅著人類健康。迄今為止，結直腸癌在全球的發病率和死亡率仍成上升趨勢，其發病率約占所有惡性腫瘤的9.4％，是導致腫瘤相關死亡的第四大疾病(Brenner?H,Kloor?M,Pox?CP.Colorectal?cancer[J].Lancet,2013,Epub.)。2013年中國腫瘤登記年報公布的最新數據顯示，結直腸癌在我國男性的腫瘤構成中占第五位，在我國女性的腫瘤構成中占第三位。傳統的臨床病理因素包括腸梗阻/穿孔、T4腫瘤、淋巴血管侵犯、組織學分級3-4級、切緣陽性等，可以為結直腸癌患者提供一定的預后信息，但這些風險因素所含的信息有限，并且每個因素對結直腸癌預后影響的程度不能很好地被量化和整合。目前，組織病理學分型和分期是腫瘤診斷和預后的“金標準”，但正面臨著兩方面的挑戰：(1)形態相同和分期相同的腫瘤，其治療反應和預后可能不同；(2)形態不同和分期不同的腫瘤，其治療反應和預后有可能相同。現在普遍接受的觀點是，這種不確定性是由腫瘤分子表達差異(DNA、RNA或蛋白)所導致的。

結直腸癌是一類多因素參與、多步驟發展的復雜疾病，近年來對其發生發展機制、治療及預后的研究在世界范圍內已得到廣泛的重視，尤其是分子水平的研究對認識結直腸癌的本質方面有很大的幫助。新的治療方法和靶向藥物不斷涌現，使結直腸癌患者的預后得到明顯改善，但實現個體化醫療仍處于起步階段(Pritchard?CC,Grady?WM.Colorectal?cancer?molecular?biology?moves?into?clinical?practice[J].Gut,2011,60(1):116-29.)。結直腸癌是一類在分子水平上具有高度異質性的腫瘤，對其進行分子分型和預后預測是個體化診療的必然要求，具有十分重要的意義。

NanoString?nCounter?system數字式單分子基因表達譜分析是繼生物芯片技術和新一代測序技術(NGS)后在基因表達譜分析上展示出強大應用前景的一項新技術。nCounter?Analysis?System是直接對基因表達進行多重計數的全新數字式技術，利用分子條形碼和單分子成像來檢測及統計每一個反應體系中特定轉錄本的數量，表現出極高的靈敏度、精確度和重復性。該技術整個系統包括全自動的樣品處理工作站、數字化成像分析儀、CodeSet(分子條形碼)和相關試劑，可以使研究人員用少量的實驗材料進行特定或一組基因的表達特征研究。該技術上無需使用酶，無需反轉錄，也不需要做PCR擴增，從而可進一步減少誤差的產生，因此nCounter在表達譜定量分析領域具有無可比擬的優勢。NanoString?nCounter?system數字式單分子基因表達譜分析系統在分析石蠟樣本表達譜分析領域非常有優勢。

發明內容

本發明要解決的技術問題是提供一組用于結直腸癌預后的基因片段及其應用，能對結直腸癌患者術后的復發生存進行預測，有助于提高結直腸癌患者術后的生存率。

為解決上述技術問題，本發明采用如下技術方案：

在本發明的一方面，提供一組用于結直腸癌預后的基因片段，包括SEQ?ID?No.38～SEQ?ID?No.74所示核苷酸序列。

在本發明的另一方面，提供一組用于結直腸癌預后的基因片段在制備用于結直腸癌預后的NanoString?nCounter分析系統中的應用，所述NanoString?nCounter分析系統包括固相載體和探針，所述探針與待測SEQ?ID?No.38～SEQ?ID?No.74所示核苷酸序列和/或其互補序列進行雜交。優選地，所述NanoString?nCounter分析系統為NanoString?nCounter?system數字式單分子基因表達譜分析系統。

所述探針包括下列三組核苷酸序列之一：

(1)SEQ?ID?No.1～SEQ?ID?No.37所示序列；

(2)SEQ?ID?No.1～SEQ?ID?No.37所示序列中每條序列的互補鏈；

(3)與SEQ?ID?No.1～SEQ?ID?No.37所示的序列中每條序列有至少70％同源性的序列。