[發(fā)明專利]檢測TET2突變的引物、試劑和方法有效
| 申請?zhí)枺?/td> | 201410188779.4 | 申請日： | 2014-05-06 |
| 公開（公告）號： | CN104141002A | 公開（公告）日： | 2014-11-12 |
| 發(fā)明（設(shè)計）人： | 孫翠蓮;黎洪奮;陳奕磊 | 申請（專利權(quán)）人： | 鄭州艾迪康醫(yī)學檢驗所（普通合伙） |
| 主分類號： | C12Q1/68 | 分類號： | C12Q1/68;C12N15/11 |
| 代理公司： | 浙江杭州金通專利事務所有限公司 33100 | 代理人： | 黎雙華;徐關(guān)壽 |
| 地址： | 450001 河南省鄭州市經(jīng)濟技術(shù)開發(fā)區(qū)*** | 國省代碼： | 河南;41 |
| 權(quán)利要求書： | 查看更多 | 說明書： | 查看更多 |
| 摘要： | |||
| 搜索關(guān)鍵詞： | 檢測 tet2 突變 引物 試劑 方法 | ||
技術(shù)領(lǐng)域
本發(fā)明屬生命科學和生物技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種檢測TET2突變的寡核苷酸和方法。
背景技術(shù)
TET2(the?Ten-Eleven-Translocation?oncogene?family?member2)被認為是一種潛在的抑癌基因，TET2基因位于染色體4q24上，由于剪切位點的不同，分為三種亞型。其中亞型1在造血組織，尤其是在粒細胞上高度表達。TET2亞型1全長約133kb，包含11個外顯子，大部分TET2突變都發(fā)生在亞型1的編碼區(qū)上，廣泛分布于TET2各個外顯子區(qū)域的不同位點上，盡管不存在明確的突變熱點，突變還是以第3號及11號外顯子上為多。TET2位于染色體4q24的斷裂點，而這個斷裂點也同時包括許多其他AML相關(guān)的染色體改變，如t(3；4)(q26；q24)，t(4；5)(q24；p16)，t(4；7)(q24；q21)和del(4)(q23q24)，因此可以推斷TET2突變與AML的發(fā)生具有一定的相關(guān)性。利用包括細胞遺傳學、比較基因組雜交(CGH)及單核苷酸多態(tài)性(SNP)序列分析等方法已確定TET2基因作為MDS、AML及MPN等髓系腫瘤的候選腫瘤抑制基因。Delhommeau等已有測序分析表明MDS病例中有19％的TET2基因突變，繼發(fā)性AML(s-AML)中發(fā)生率為24％，在慢性粒單核細胞性白血病(CMML)中也有22％的表達，在MPN中發(fā)現(xiàn)12％的突變發(fā)生率。由此，TET2基因成為與多種髓系腫瘤的高度相關(guān)的一種新型分子學標志。TET2的缺失或突變，目前已成為髓系腫瘤分子學異常研究方面的熱點。TET2基因突變頻繁的出現(xiàn)在各種髓系腫瘤中，與疾病的發(fā)生和預后相關(guān)。TET2突變是MDS的一個獨立的有利預后指標，對于CMML患者則為預后不良的指標，在有CEBPA突變和(或)NPM1突變但無FLT3-ITD的CN-AML患者提示著不良預后。TET2突變對SM的表型有相對獨立的影響，但對SM預后影響仍有待研究。
目前，可用基因突變檢測的方法有限制性片段長度多態(tài)性(ssCp)、基因測序和熒光定量PCR等。ssCp技術(shù)相對簡單，但酶切位點易受基因變異影響，影響結(jié)果判斷，由于方法本身的技術(shù)限制，檢測靈敏度低。采用熒光定量PCR法檢測TET2基因外顯子突變，由于檢測的外顯子序列較長且沒有明確的突變熱點，需要設(shè)計多對引物及探針，這樣檢測成本高，且存在漏檢的可能性。
Rocquain等報道了檢測TET2的方法，但該方法檢測價格昂貴。在其他的方法中，都不能在相同的反應程序中一次性將TET2多個突變位點擴增出來，需要針對不同的突變位點設(shè)置不同的反應條件，這增加了檢測時間和操作步驟，甚至會發(fā)生條件設(shè)置錯誤等操作失誤，影響最終結(jié)果。
發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的在于，提供一種檢測TET2突變第3-11外顯子突變位點的PCR擴增引物，包括：
TET2?exon?3-1F???ATTAGCTGGTAATTTTGATC；
TET2?exon?3-1R???CTTAAAAACAAGGCAGTGCTAATG；
TET2?exon?3-2F???GAAATTGAAACAAGACCAAAAGG；
TET2?exon?3-2R???TGAGCTTTGCTTGAAGTAAGCAC；
TET2?exon?3-3F???GTGATGCTGATGATGCTGATAA；
TET2?exon?3-3R???GATGGGATTCCGCTTGGTGAAAAC；
TET2?exon?3-4F???ATAACCCACCAATTTTTGGTAG；
TET2?exon?3-4R???CATTATGAGTCTCGAACTCGCTTG；
TET2?exon?3-5F???TGAGCCATTTTCAAACTCACACC；
TET2?exon?3-5R???CTGAGTCTTGCCATAGTCAGATGCA；
TET2?exon?3-6F???GCAAAGGTACTTGATACATAAC；
TET2?exon?3-6R???AGAATTAGCAAATTTATCTTCAGATAT；
TET2?exon?4F?????TTAGAGCCCTTAATGTGTAGTTGG；
TET2?exon?4R?????GTAGTGTTGGCAACCCTAGAATAG；
TET2?exon?5F?????TTTGCTTGGCGTAGACCTGTT；
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