[發(fā)明專利]一種建立蛋白樣品SWATH離子庫(kù)的方法

有效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201410121349.0
• 申請(qǐng)日: 2014-03-28
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN103995042A
• 公開(kāi)（公告）日: 2014-08-20
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 訾金;林梁;劉斯奇;章申燕
• 申請(qǐng)（專利權(quán)）人: 深圳華大基因研究院
• 主分類號(hào): G01N27/62
• 分類號(hào): G01N27/62
• 代理公司: 北京品源專利代理有限公司 11332
• 代理人: 鞏克棟;侯桂麗

1.一種建立蛋白樣品SWATH離子庫(kù)的方法，其特征在于，所述方法包括：

（a）獲取所述蛋白樣品的SWATH?RT和所述蛋白樣品的n個(gè)DDA數(shù)據(jù)；

（b）將所述n個(gè)DDA數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索以獲取n種來(lái)源的DDA數(shù)據(jù)的保留時(shí)間（DDA?RT-n）；

（c）將所述SWATH?RT與每個(gè)所述DDA?RT-n進(jìn)行回歸分析，得到n個(gè)不同的回歸公式y(tǒng)1=f(x1)，……,yn=f(xn)，其中y代表DDA?RT-n，x代表SWATH?RT，并獲得矯正后的DDA?RT，記錄為DDA?RT-C-1，……，DDA?RT-C-n；

（d）用所述DDA?RT-C構(gòu)建得到n個(gè)矯正后的離子庫(kù)：離子庫(kù)-1，……，離子庫(kù)-n；和

（e）將所獲得n個(gè)矯正后的離子庫(kù)合并，并且用鑒定得分標(biāo)準(zhǔn)優(yōu)化擴(kuò)容后離子庫(kù)，得到不同容量的子庫(kù)；

其中n為大于等于1的整數(shù)，

其中任選地，步驟（b）中的檢索獲得碎片離子質(zhì)荷比、保留時(shí)間、可信度和或相對(duì)強(qiáng)度信息，并且將這些信息包含在所述步驟（d）中所獲得的矯正后的離子庫(kù)中。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其特征在于，所述步驟（e）中將離子庫(kù)合并后優(yōu)化擴(kuò)容前對(duì)合并后的離子庫(kù)進(jìn)行去冗余處理。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的方法，其特征在于，其中通過(guò)對(duì)所述蛋白樣品進(jìn)行n次DDA分析來(lái)獲取所述蛋白樣品的n個(gè)DDA數(shù)據(jù)。

4.根據(jù)權(quán)利要求1至3中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，其中n在1-100之間。

5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，其中用于獲取SWATH?RT和每一個(gè)DDA數(shù)據(jù)的所述蛋白樣品是相同或不同來(lái)源的蛋白樣品。

6.根據(jù)權(quán)利要求1至5中任一項(xiàng)所述的方法，其特征在于，其中所述回歸分析為線性回歸分析或非線性回歸分析。

7.根據(jù)權(quán)利要求2所述的方法，其特征在于，其中所述去冗余處理包括對(duì)于具有m行記錄肽段計(jì)算m行記錄中所述肽段保留時(shí)間的中位數(shù)作為最終保留的肽段保留時(shí)間，并刪除其余記錄，以使得最終得到離子庫(kù)中每條肽段只有一行記錄，其中0<m≤n。

8.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法，其中步驟（e）中通過(guò)去除離子庫(kù)-expanded中搜索引擎鑒定的可信度小于X分的所有肽段來(lái)過(guò)濾擴(kuò)容后離子庫(kù)，其中X為90、80、70、60或50。

9.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法在蛋白質(zhì)組學(xué)相關(guān)研究中的定量應(yīng)用。

10.一種蛋白樣品離子庫(kù)，其特征在于采用如權(quán)利要求1至7中任一項(xiàng)所述的方法建立。

11.一種校對(duì)蛋白樣品SWATH離子庫(kù)的方法，其特征在于，所述方法包括：

（a）建立待測(cè)蛋白樣品的SWATH?RT；

（b）將步驟（a）所述SWATH?RT與已有SWATH離子庫(kù)的每個(gè)DDA?RT-n進(jìn)行回歸分析，得到n個(gè)不同的回歸公式y(tǒng)1=f(x1)，……,yn=f(xn)，其中y代表DDA?RT-n，x代表SWATH?RT，并獲得矯正后的DDA?RT，記錄為)DDA?RT-C-1，……,DDA?RT-C-n；

（c）將所述SWATH?RT與每個(gè)所述DDA?RT-n進(jìn)行回歸分析，得到n個(gè)不同的回歸公式y(tǒng)1=f(x1)，……,yn=f(xn)，其中y代表DDA?RT-n，x代表SWATH?RT，并獲得矯正后的DDA?RT，記錄為DDA?RT-C-1，……，DDA?RT-C-n；

（d）用所述DDA?RT-C構(gòu)建得到n個(gè)矯正后的離子庫(kù)：離子庫(kù)-1，……，離子庫(kù)-n；和

（e）將所獲得n個(gè)矯正后的離子庫(kù)合并，并且用鑒定得分標(biāo)準(zhǔn)優(yōu)化擴(kuò)容后離子庫(kù)，得到不同容量的子庫(kù)；

其中n為大于等于1的整數(shù)，

其中任選地，步驟（b）中的檢索獲得碎片離子質(zhì)荷比、保留時(shí)間、可信度和或相對(duì)強(qiáng)度信息，并且將這些信息包含在所述步驟（d）中所獲得的矯正后的離子庫(kù)中。