[發明專利]稻瘟病抗病基因Pi-ta輔助育種的InDel分子標記、標記方法、引物與用途

有效

• 申請號: 201410112643.5
• 申請日: 2014-03-25
• 公開（公告）號: CN103834648A
• 公開（公告）日: 2014-06-04
• 發明（設計）人: 溫以斌;劉輝;查日揚;孟德龍;潘啟民
• 申請（專利權）人: 江蘇金萬禾農業科技有限公司;江蘇勝田農業科技發展有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 連云港潤知專利代理事務所 32255
• 代理人: 劉喜蓮

技術領域

本發明涉及稻瘟病抗病基因Pi-ta的功能標記、標記方法、擴增引物與用途，屬于作物分子育種領域。?

背景技術

水稻稻瘟病由子囊菌Magnaporthe?grisea(Hebert)Barr引起，是世界水稻生產中最嚴重的病害之一，每年因稻瘟病導致的損失，約占總產量的10-15%（Zheng?et?al.,2009）。目前，控制稻瘟病的主要手段是噴灑農藥和應用抗病品種，前者會對環境造成一定的污染，不利于農業的可持續發展；后者雖是安全有效的途徑，但由于稻瘟菌生理小種的易變性，往往會導致單個抗病位點的水稻品種在種植3-5年后將會喪失抗性。實踐證明聚合多個抗病基因可有效持久抵御稻瘟病的侵染，因此，挖掘并合理利用抗病種質資源是解決這一病害的最佳舉措。截至2013年8月，已至少報道了68個抗稻瘟病位點共83個主效基因(http://www.ricedata.cn/gene/gene_pi.htm)，據此，前人已開發了一批與這些基因緊密連鎖的分子標記或基因序列本身的功能標記(Qu?et?al.,2006,Liu??et?al.,2008,Zhang?et?al.,2013)，它們為水稻抗病基因分型及抗病聚合育種奠定了基礎。?

Pi-ta是一個具廣譜抗性的顯性稻瘟病抗性基因，該基因編碼產物能與稻瘟病菌的無毒基因AVR-Pita互作，引起抗病反應（Byran?et?al.,2000）。因此，挖掘并有效利用該基因將有助于水稻稻瘟病的抗性育種研究。前人利用該基因抗性位點與感病基因有一個堿基的差異，開發出三引物或四引物的SNP標記，但其中或存在檢測過程較為復雜，或對試驗條件要求較高，不利于規模化對Pi-ta抗性位點分型及標記輔助育種（Jia?et?al.,2004,Hayashi?et?al.,2006,Wang?et?al.,?2007，Zhang?et?al.,2013)。?

發明內容

本發明所要解決的技術問題是針對現有技術的不足，提供一種稻瘟病抗性基因Pi-ta輔助育種的InDel（insertion-deletion)分子標記，其能用于Pi-ta基因的輔助選擇育種，同時有助于Pi-ta抗性位點的快速、系統地分型。?

本發明所要解決的另一個技術問題是提供了前述稻瘟病抗病基因Pi-ta輔助育種的InDel分子標記的標記方法、擴增引物與用途。?

本發明所要解決的技術問題是通過以下的技術方案來實現的。本發明是一種稻瘟病抗性基因Pi-ta輔助育種的InDel分子標記，該分子標記的核苷酸序列為SEQ?ID?NO.1。?

?本發明的稻瘟病抗性基因Pi-ta輔助育種的InDel分子標記，是基于PCR技術，PCR擴增引物為下列引物對，核苷酸序列為5’→3’，?

正向引物：GTACATGTTTCATACCC（SEQ?ID?NO.2），

反向引物：TAGTTTAGTCGCCTAA?（SEQ?ID?NO.3）

本發明還提供了稻瘟病抗性基因Pi-ta輔助育種的InDel分子標記的具體用途：用于對Pi-ta抗性位點的基因分型，或用于Pi-ta基因的輔助選擇育種。

發明人在發明過程中，?

首先，根據目前含有Pi-ta抗病基因品種的序列，與感病品種“日本晴”序列比對，在Pi-ta抗病基因的2373位置，找到一個感病品種“日本晴”在該位置的一個“T”堿基的插入。

然后，本發明在插入的兩側開發了一對引物，利用該標記我們已對46份重要品種進行Pi-ta抗性位點的基因分型，并與四引物擴增受阻突變體系PCR相互比較，分型結果完全一致。?