[發(fā)明專利]基因表達的定量方法及裝置

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201410108121.8
• 申請日: 2014-03-21
• 公開（公告）號: CN103902852B
• 公開（公告）日: 2017-03-22
• 發(fā)明（設計）人: 黃文潘;盧志遠;龔梅花;章文蔚;席鳳;韓鴻雁
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司44281
• 代理人: 彭愿潔,彭家恩

1.一種基因表達的定量方法，其特征在于，包括：

獲取含有核酸序列信息的讀段序列；

將所述讀段序列與所有參考基因進行比對，獲取比對上的讀段序列；?

對所述比對上的讀段序列進行過濾，舍去軟剪切比例超過第一預設值，序列長度小于第二預設值，以及比對得分小于第三預設值的讀段序列，所述軟剪切比例是指沒有比對上的堿基數目占該讀段序列總堿基數目的比例；所述比對得分是按照每個讀段序列與參考基因的匹配程度以及讀段序列的長度而確定的數值；

對于已過濾的讀段序列，使用每百萬讀段序列中來自目標基因每千堿基長度的讀段序列數目RPKM對所述目標基因表達進行定量，定義為RPKM=（比對到目標基因對應的參考基因的讀段序列的數目）*10⁹/（比對到所有參考基因的讀段序列的數目*目標基因的長度）。

2.如權利要求1中所述的方法，其特征在于，所述第一預設值為[10%，30%]，所述第二預設值為[15，25]；其中，第一預設值優(yōu)選為20%，第二預設值優(yōu)選為20。

3.如權利要求1中所述的方法，其特征在于，所述比對到目標基因對應的參考基因的讀段序列的數目是指只能比對到目標基因對應的參考基因上，而且能夠比對到所述參考基因的至少一個轉錄本的讀段序列的數目。

4.如權利要求3中所述的方法，其特征在于，所述目標基因的長度是指目標基因的所有轉錄本中最長的轉錄本的長度。

5.如權利要求1中所述的方法，其特征在于，所述讀段序列與參考基因進行比對的步驟之前還包括：

對讀段序列進行修剪，去除接頭、低質量的讀段序列和3’端位置相同的讀段序列，所述低質量的讀段序列是指測序準確度低于第四預設值的堿基的數目超過該讀段序列總堿基數目的第五預設值的讀段序列。

6.如權利要求5中所述的方法，其特征在于，所述第四預設值取值范圍為[10%，30%]，所述第五預設值取值范圍為[15%，25%]；

優(yōu)選地，當讀段序列獲自Ion?Torrent測序平臺，所述第四預設值為17%，所述第五預設值取值范圍為20%。

7.如權利要求5中所述的方法，其特征在于，所述讀段序列的長短不一。

8.如權利要求5中所述的方法，其特征在于，所述讀段序列長度均一，所述第四預設值為20%，所述第五預設值取值范圍為20%。

9.如權利要求1中所述的方法，其特征在于，所述核酸序列信息來源于核糖核酸。

10.一種基因定量表達裝置，其特征在于，包括：

數據輸入單元，用于輸入數據；

數據輸出單元，用于輸出數據；

存儲單元，用于存儲數據，其中包括可執(zhí)行的程序；

處理器，與所述數據輸入單元、數據輸出單元及存儲單元數據連接，用于執(zhí)行所述可執(zhí)行的程序，所述程序的執(zhí)行包括完成如權利要求1-9任意一項所述的方法。