[發明專利]一種用于檢測小鼠膽固醇代謝基因表達的實時定量PCR芯片

無效

• 申請號: 201410067737.5
• 申請日: 2014-02-26
• 公開（公告）號: CN103820552A
• 公開（公告）日: 2014-05-28
• 發明（設計）人: 朱長保;肖君華;李凱;周宇荀
• 申請（專利權）人: 東華大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 上海泰能知識產權代理事務所 31233
• 代理人: 黃志達

技術領域

本發明屬于檢測膽固醇基因的表達領域，特別涉及一種用于檢測小鼠膽固醇代謝基因表達的實時定量PCR芯片（qPCR?array）。

背景技術

目前，研究基因表達差異的技術主要有表達譜芯片，RNA測序以及qPCR?array等。表達譜芯片是采用cDNA或寡核苷酸片段作探針，固化在芯片上；將待測樣品（處理組）與對照樣品的mRNA以兩種不同的熒光分子進行標記，然后同時與芯片進行雜交，通過分析兩種樣品與探針雜交的熒光強度的比值，來檢測基因表達水平的變化。RNA測序，也稱轉錄組測序。轉錄組是指某個物種的特定組織或細胞在某一生理功能狀態下所有轉錄的mRNA產物的集合，是基因組遺傳信息傳遞和表達的重要步驟和過程。其基本原理：提取樣本總RNA后，分離純化RNA。mRNA片段化處理，反轉錄反應合成雙鏈cDNA，反轉錄后連接測序接頭。DNA成簇擴增，使其達到一定豐度，獲得足夠的序列；高通量測序，獲得序列信息；數據分析，通過與參考基因組比對或從頭組裝形成全基因組范圍的轉錄譜。高通量轉錄組測序可以獲得大量轉錄本序列信息，定量基因轉錄表達水平。qPCR?array技術結合了實時定量PCR以及基因芯片特點，每張qPCR芯片如同上百個qPCR微反應池的集成，每個微反應池都固定有基因特異性引物，當加入含有模板和熒光基團的qPCR反應體系后，在相同的反應條件下，不同的基因都能同時進行特異性擴增，每個微反應池的位置信息就代表了某個特定基因，利用熒光信號的積累實時監測每個微反應池中PCR反應的過程，最后通過標準曲線就能同時對上百個基因的mRNA水平進行準確定量分析。它是一種高度靈敏和可靠的功能基因組研究方法。

現有的關于研究膽固醇代謝基因表達的方法，大都是基于表達譜芯片，RNA測序。但是這兩種方法具有以下缺點：表達譜芯片中并沒有準確的定量信息，結果需要大量的實驗驗證；表達譜芯片是一種廣譜的篩選方法，其并沒有針對性研究基因，許多與研究對象無關的基因會產生大量無用或錯誤的信息，干擾結果分析；RNA-Seq能夠檢測樣品中的所有RNA，而細胞中很大一部分RNA都來自核糖體和線粒體，限制了其他RNA的讀取數量以及這些RNA表達水平的準確性。同時這兩種方法，科研花費高，并且只能在專業實驗中心完成。不具備在普通實驗室完成的條件。而qPCR?array技術具有實時定量PCR的精確定量以及基因芯片的高通量檢測技術與功能分類的優點，能夠同時準確定量分析上百個基因；實驗周期短，數據處理簡單；花費少，且不需要專門的實驗機構檢測，只要擁有一臺定量PCR儀，其可以在任何一間普通的分子生物學實驗室完成。所以，其是一種高度靈敏和可靠的功能基因組研究方法。

隨著功能基因組研究的逐步深入，qPCR芯片越來越受到重視，使用量逐年上升，成為了功能基因組研究的重要工具。

發明內容

本發明所要解決的技術問題是提供一種用于檢測小鼠膽固醇代謝基因表達的實時定量PCR芯片，該芯片能對小鼠膽固醇代謝相關基因進行針對性分析，具有擴增效率高、重復性好、特異性強的優點。

本發明的一種用于檢測小鼠膽固醇代謝基因表達的實時定量PCR芯片，該實時定量PCR芯片以與膽固醇代謝密切相關的88基因作為檢測位點，并選取了4個看家基因，所述的與膽固醇代謝密切相關的88基因、4個看家基因以及其對應的引物如下：

與膽固醇代謝密切相關的88基因及其對應的引物：

所述的4個看家基因及其對應的引物如下：

所述的與膽固醇代謝密切相關的88基因和4個看家基因，共92個基因的上游引物和下游引物分別放置在96孔PCR板中。

所述的實時定量PCR芯片中還設有基因組DNA污染質控和陰性對照，所述的實時定量PCR芯片中基因的排列方式如下：

其中E12和F12孔含有基因組DNA污染質控，G12和H12則為陰性對照。