[發明專利]單核苷酸多態性的檢測方法及裝置

有效

• 申請號: 201410048518.2
• 申請日: 2014-02-12
• 公開（公告）號: CN104834833B
• 公開（公告）日: 2017-12-05
• 發明（設計）人: 朱鵬遠;黃文潘;李雅喬;賀玲瑜;盧志遠;章文蔚;席鳳;龔梅花;韓鴻雁
• 申請（專利權）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18;G06F19/20
• 代理公司: 深圳鼎合誠知識產權代理有限公司44281
• 代理人: 彭家恩,羅瑤

技術領域

本發明涉及基因組學及生物信息學技術領域，具體涉及一種單核苷酸多態性的檢測方法及裝置。

背景技術

隨著測序技術的發展，高通量測序技術被廣泛的應用到生命科學的各個領域，高通量測序技術(High-throughput sequencing)又稱“下一代”測序技術("Next-generation"sequencing technology)，能一次并行對幾十萬到幾百萬條脫氧核糖核酸(DNA，Deoxyribonucleic acid)分子進行序列測定和一般讀長(reads)較短等為標志，亦能用于核糖核酸(RNA，Ribonucleic Acid)測序(RNA-seq，RNA sequencing)。目前高通量測序平臺有多種，包括Illumina Solexa/Hiseq、Roche 454、Life Technologies ABI SOLiD/Ion Torren，PacBio、Helicos單分子測序平臺以及納米孔測序平臺等。不同測序平臺的測序原理有所不同，但步驟基本包括文庫制備，測序等。

對測序數據的處理分析包括變異的識別檢測，根據結構的大小，變異可分為單核苷酸多態性(single nucleotide polymorphism，SNP)、插入缺失(indel)、拷貝數變異(cope number variants，CNVs)、重復、倒置、平衡/非平衡易位和染色體非整倍性等多種類型。SNP是指單個核苷酸變異，是人類可遺傳變異中最常見的一種，包括置換、顛換、缺失和插入，理論上每一個SNP位點都可以有4種不同的變異形式，但實際發生的只有轉換和顛換。SNP在基因組中分布相當廣泛，譬如在人類基因組中約每1000堿基就出現一次。研究表明，SNP可能與個體表型差異、對藥物或疾病的易感性等等相關。目前的高通量測序中，在連續相同堿基處容易發生測序錯誤。譬如Ion Proton測序平臺，其測序原理是當DNA聚合酶把核苷酸聚合到延伸的DNA鏈上時，會釋放出一個氫離子導致反應池中的pH發生改變，位于池下的離子感受器感受到信號，再把化學信號直接轉化為數字信號，從而讀出DNA序列；對于連續n個相同堿基，則DNA聚合酶將連續n核苷酸結合的時候，釋放出來的H⁺離子信號強度并不是結合單個核苷酸的釋放出來的完整的n倍，在測讀連續堿基時易發生錯誤，對后續變異檢測的準確性造成影響。

發明內容

本發明提供一種SNP的檢測方法及裝置，以提高測序分析結果的準確率。

依據本發明的一方面提供一種SNP的檢測方法,其特征在于，

獲取含有核酸序列信息的讀段序列；

將讀段序列與參考序列進行比對，獲取比對上的讀段序列；

將比對上的讀段序列按照5’端比對位置劃分為不同的冗余讀段序列組；

對不同冗余讀段序列組中的每個冗余讀段序列組中的每個讀段序列進行計分，依據讀段序列的得分從一個冗余讀段序列組中得到一個代表讀段序列組；

判斷代表讀段序列組是否存在支持假陰性單核苷酸多態性SNP的讀段序列，

若判斷結果為是，則從代表讀段序列組中去除支持假陰性SNP的代表讀段序列，獲得不支持假陰性SNP的代表讀段序列組；若判斷結果為否，則代表讀段序列組為不支持假陰性SNP的代表讀段序列組；

依據不支持假陰性SNP的代表讀段序列組進行SNP檢測。

依據本發明的另一方面提供一種SNP的檢測裝置，包括：數據輸入單元，用于輸入數據；數據輸出單元，用于輸出數據；存儲單元，用于存儲數據，其中包括可執行的程序；處理器，與數據輸入單元、數據輸出單元及存儲單元數據連接，用于執行存儲單元中存儲的可執行的程序，該程序的執行包括完成上述SNP的檢測方法。

本發明的有益效果是：通過判斷代表讀段序列組是否存在支持假陰性單核苷酸多態性SNP的讀段序列，若判斷結果為是，則從代表讀段序列組中去除支持假陰性SNP的代表讀段序列，從而提高測序分析結果準確率。

附圖說明

圖1為本發明實施例一的高通量測序流程圖；

圖2為本發明實施例一的流程圖；

圖3為本發明實施例二的流程圖。

具體實施方式

下面通過具體實施方式結合附圖對本發明作進一步詳細說明。