[發明專利]一種鑒定稻屬B、C基因組的SSR標記BM1

有效

• 申請號: 201410018694.1
• 申請日: 2014-01-16
• 公開（公告）號: CN103789421A
• 公開（公告）日: 2014-05-14
• 發明（設計）人: 魏興華;王彩紅;徐群;袁筱萍;馮躍;余漢勇;王一平
• 申請（專利權）人: 中國水稻研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 浙江杭州金通專利事務所有限公司 33100
• 代理人: 劉曉春

技術領域

本發明涉及一種鑒定稻屬B、C基因組的SSR標記BM1，屬于分子生物學領域。?

背景技術

在當今全球人口繼續增長而耕地面積和水資源逐漸減少的嚴峻挑戰下，只有通過提高水稻的單位面積產量才能滿足人類不斷增加的糧食需求。而這一目標的實現和未來水稻育種的重大突破將在很大程度上依賴于水稻基因庫（rice?gene?poo1），特別是對野生稻中豐富基因資源的開發和持續利用。這一對策已為育種實踐中的大量實例所證明，如：普通野生稻（O.rufipogon）雄性不育（MS）基因的發現、轉育和三系配套，為雜交水稻的育成和雜種優勢的利用做出了巨大的貢獻（Yuan，1993）；一年生普通野生稻（O.?nivara）中的草叢矮縮病毒（grassy?stunt?virus）抗性基因的發現及將其導入栽培稻，為抗草叢矮縮病水稻品種的育成提供了唯一的抗源（Khush，1977），僅上述兩項野生稻基因資源利用的成功實例所創造的價值已是以億元為單位來計算。另外，BBCC基因組的物種具有抗病、抗蟲、耐澇、耐鹽等特性，在基因資源的開發和水稻現代育種工作中，具有非常重要的意義（Brar＆Khush，1997）。其中包括小粒野生稻（O.minuta），四倍體的斑點野生稻（O.punctata）以及O.malampuzhaensis，均由B、C兩套基因組組成，與BB、CC基因組有著緊密的聯系。BB基因組僅有一種稻種，二倍體的斑點野生稻（O.punctata，2n=24）；而CC基因組中包括藥用野生稻（O.officinalis）、根莖野生稻（O.rhizomatis）和緊穗野生稻（O.eichingeri）。?

SSR標記亦稱為微衛星標記（Microsatellite?markers）或簡單序列長度多態性標記（Simple?Sequence?Length?Polymorphism，簡稱SSLP），在高等生物基因組中分布廣泛。一般是由2-4個核苷酸組成重復單位（核心序列）重復幾次至十幾次所形成的長度為幾十個核苷酸的串聯重復序列，如(GA)_n，(AC)_n，(GAA)_n等，在染色體上呈隨機分布。由于重復程度的不完全及重復次數的變化而造成每個座位豐富的多態性（Weber?等，1989），因此SSR是一種十分有價值的分子標記，目前已被廣泛應用于水稻DNA指紋圖譜的構建，群體和進化遺傳研究，遺傳多樣性分析，種質資源保護與利用等研究領域。雖然重復區的長度在不同基因型的相同位點上會有變化，但重復區兩邊的DNA序列卻是相對保守的單拷貝序列，因此當用同樣引物，通過PCR將不同基因型的簡單序列重復區擴增出來，可以顯示等位基因間的多態性。SSR這一分子標記的主要優點：首先，SSR具有極其豐富的多態性，數量豐富，覆蓋整個基因組，能夠揭示較高的多態性，在染色體同一位置上有多種等位基因，眾多不同的等位基因可作為特殊標簽標明同源染色體的不同區域；其次，SSR以高水平的雜合型存在，這對于遺傳作圖十分有價值；再次，SSR標記呈共顯性，遵循孟德爾遺傳規律，不僅非常簡單，而且通過PCR識別也較為簡單；同時，作為中性標記，在多數情況下，SSR標記沒有表型效應，不存在對個體的有害或次級效應；還有，具有等位基因的特性，能夠提供的信息量大；除些之外，具有較高的通用性。它的缺點是這種技術要給各位點設計和合成特殊引物，需要進行大量測序工作，因而需要投入大量的人力、物力。?

發明內容

本發明的目的在于提供一種鑒定稻屬B、C基因組的SSR標記BM1。為此，本發明采用以下技術方案：?

一種鑒定稻屬B、C基因組的SSR標記BM1，它由核苷酸序列如SEQ?ID?NO.1所示的上游引物和核苷酸序列如SEQ?ID?NO.2?所示的下游引物組成。

所述的SEQ?ID?NO.1和SEQ?ID?NO.2的核苷酸序列如下所示：?

SEQ?ID?NO.1：CAAGTTGCATTTGGACATGG

SEQ?ID?NO.2：ATTGCCTTCACGTTTTGTCC。

由于采用本發明的技術方案，本發明提供了一種鑒定稻屬B、C基因組的SSR標記BM1，能對B、C兩套基因組進行鑒定，其檢測的準確性高，操作簡單。?

附圖說明

圖1為本發明的分子標記BM1對22份具有稻屬B和C兩套基因組種質資源的擴增圖譜；?