[發明專利]用于預測年齡和鑒別誘發或者抑制早衰試劑的方法

在審

• 申請號: 201380070066.1
• 申請日: 2013-11-12
• 公開（公告）號: CN105745333A
• 公開（公告）日: 2016-07-06
• 發明（設計）人: 康·張;格里高利·漢恩;崔伊·伊德克;賈斯廷·吉尼;史蒂芬·H·弗蘭德
• 申請（專利權）人: 加利福尼亞大學董事會;賽智生物網絡
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11;G01N33/48;G01N33/53
• 代理公司: 北京中恒高博知識產權代理有限公司 11249
• 代理人: 夏晏平

1.一種基于受試者表觀基因組預測受試者年齡的方法，該方法包括：

(a)獲得受試者的生物樣品；

(b)確定如圖9、表S3、S4和/或S5任一所示的在受試者表觀基因組中與年齡相關的一套表觀遺傳標記的甲基化狀態；及

(c)對比受試者與年齡相關的一套表觀遺傳標記的甲基化狀態和年齡相關的參考人群的相同標記的甲基化狀態，以獲得用于預測受試者年齡的一個值或者一個值的范圍，從而基于受試者的表觀基因組預測受試者的年齡。

2.權利要求1的方法，其中在(b)中，確定甲基化狀態包括：

(a)從樣品中分離基因組DNA或核DNA；

(b)使分離的基因組DNA或核DNA與一種或多種的探針反應，所述探針與未修飾的胞嘧啶的做出不同的反應，以便胞嘧啶轉化為尿嘧啶；

(c)通過檢測胞嘧啶或尿嘧啶的存在，分析在樣品分離的基因組DNA或核DNA中的CpG二核苷酸胞嘧啶位置上的甲基化狀態，胞嘧啶或尿嘧啶的存在表明在原CpG二核苷酸中分別存在5-甲基胞嘧啶或未經修飾的胞嘧啶；及

(d)從(c)中確定5-甲基胞嘧啶或未經修飾的胞嘧啶最初呈現在各自與年齡相關的表觀遺傳標記的比例，或者，可選擇地，從(c)中確定最初呈現在各自與年齡相關的表觀遺傳標記5-甲基胞嘧啶與未經修飾的胞嘧啶的比或者未經修飾的胞嘧啶與5-甲基胞嘧啶的比。

3.權利要求1的方法，其中在(b)中，確定甲基化狀態包括：

(a)從樣品中分離基因組DNA或核DNA；

(b)用一種或多種限制性內切酶培育分離的基因組DNA或核DNA，所述的限制性內切酶(i)可識別特定DNA序列；(ii)受到CpG二核苷酸的影響，在內部或接近限制性內切酶的鑒別點或者分裂位點，及(iii)基于在所述CpG二核苷酸的胞嘧啶的C-5位位置上存在或不存在甲基基團DNA裂解方式的不同；

(c)在樣品中分離的基因組DNA或核DNA中，通過表明在內部或接近限制性內切酶的鑒別點或者分裂位點的原CpG二核苷酸中存在5-甲基胞嘧啶的限制性內切酶在潛在的分裂位點的抗分裂，分析CpG二核苷酸C位的甲基化狀態，限制性內切酶的分裂敏感性可以表明存在未修飾的胞嘧啶；

(d)從(c)中確定5-甲基胞嘧啶或未修飾的胞嘧啶最初呈現在各自與年齡相關的表觀遺傳標記的比例，或者，可選擇地，從(c)中確定最初呈現在各自與年齡相關的表觀遺傳標記5-甲基胞嘧啶與未經修飾的胞嘧啶的比或者未經修飾的胞嘧啶與5-甲基胞嘧啶的比。

4.權利要求1的方法，在(b)中，由選自于圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的5個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的10個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的15個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的20個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的25個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的30個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的35個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的40個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的45個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的50個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的55個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的60個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的65個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記；選自圖9，表格S3、S4和/或S5受試者表觀基因組的70個或以上的與年齡相關的表觀遺傳標記，可確定甲基化狀態。