[發明專利]用于核酸測序分析的標記的寡核苷酸探針

有效

• 申請號: 201380066880.6
• 申請日: 2013-12-18
• 公開（公告）號: CN104854121A
• 公開（公告）日: 2015-08-19
• 發明（設計）人: C.阿納克萊托;T.布加萬;N.肖恩布倫納
• 申請（專利權）人: 霍夫曼－拉羅奇有限公司
• 主分類號: C07H21/00
• 分類號: C07H21/00;C12Q1/68
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 杜艷玲;黃希貴

1.一種制備用作PCR反應中的雜交探針的標記的寡核苷酸的方法，其包括：

（a）提供羅丹明衍生物熒光染料，其中所述熒光染料附著有雙功能接頭分子；

（b）經由雙功能接頭分子使反應基團與熒光染料鍵合，用于將所述熒光染料摻入寡核苷酸內；

（c）將所述熒光染料摻入所述寡核苷酸的兩個內部核苷酸之間，前提是所述熒光染料不摻入所述寡核苷酸的5'末端處。

2.權利要求1的方法，其中所述熒光染料是具有通式的化合物：

其中Ca、Cb、Cc和Cd各自指示C原子，Ca和Cb通過單鍵或雙鍵連接在一起，并且Cc和Cd通過單鍵或雙鍵連接在一起；

X1、X2、X3、X4、X7和X10是氫，并且X5、X6、X8、X9、X10、X11和X12是甲基；

R1和R2是相同的或不同的，并且選自氫和具有1-20個C原子的烷基，其中烷基殘基任選由至少一個羥基、鹵素、磺酸、氨基、羧基或烷氧基羰基基團取代，并且至少R1含有可活化基團；

A1、A2、A3、B1是氯或氟，并且B2是氯、氟或氫。

3.權利要求2的方法，其中所述熒光染料是：

。

4.權利要求1的方法，其中所述雙功能接頭分子包含L-蘇糖醇。

5.權利要求1的方法，其中所述標記的寡核苷酸進一步包含在所述標記的寡核苷酸的5'末端處附著的猝滅劑分子。

6.一種用于檢測測試樣品中的靶核酸或核酸的靶等位基因的存在或不存在的方法，其包括：

使用與靶核酸雜交的標記的探針寡核苷酸執行PCR反應，其中所述標記的探針寡核苷酸的特征在于具有：

羅丹明衍生物熒光染料，所述羅丹明衍生物附著有雙功能接頭分子；和

與所述雙功能接頭分子鍵合的反應基團，用于將所述熒光染料摻入所述寡核苷酸的兩個內部核苷酸之間，前提是所述熒光染料不摻入所述寡核苷酸的5'末端處；

檢測來自所述熒光染料的信號，其中所述信號的強度代表所述靶核酸的存在或不存在。

7.權利要求6的方法，其中所述熒光染料是具有通式的化合物：

其中Ca、Cb、Cc和Cd各自指示C原子，Ca和Cb通過單鍵或雙鍵連接在一起，并且Cc和Cd通過單鍵或雙鍵連接在一起；

X1、X2、X3、X4、X7和X10是氫，并且X5、X6、X8、X9、X10、X11和X12是甲基；

R1和R2是相同的或不同的，并且選自氫和具有1-20個C原子的烷基，其中烷基殘基任選由至少一個羥基、鹵素、磺酸、氨基、羧基或烷氧基羰基基團取代，并且至少R1含有可活化基團；

A1、A2、A3、B1是氯或氟，并且B2是氯、氟或氫。

8.權利要求7的方法，其中所述熒光染料是：

。

9.權利要求6的方法，其中所述雙功能接頭分子包含L-蘇糖醇。

10.權利要求6的方法，其中所述標記的寡核苷酸進一步包含在所述標記的寡核苷酸的5'末端處附著的猝滅劑分子。

11.權利要求6的方法，其中所述靶核酸是載脂蛋白E基因。

12.權利要求6的方法，其中核酸的靶等位基因是載脂蛋白E基因的334T/C等位基因或472?T/C等位基因。