[發明專利]檢測染色體異常的方法

在審

• 申請號: 201380056824.4
• 申請日: 2013-08-29
• 公開（公告）號: CN104968800A
• 公開（公告）日: 2015-10-07
• 發明（設計）人: C.E.S.羅伯茨;R.奧爾德;F.克雷亞
• 申請（專利權）人: 普萊梅沙有限公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 中國專利代理(香港)有限公司 72001
• 代理人: 初明明;黃希貴

1.?在得自女性受試者的生物樣品中檢測胎兒染色體異常的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)?獲得在所述生物樣品內的核酸分子的序列數據；

(b)?在所述序列數據內的每個核酸序列和對應于參考基因組的獨特部分的序列之間進行匹配分析，使得每個匹配的核酸被指定到所述參考基因組內的特定染色體或所述染色體的一部分，其中所述匹配分析對于對應于所述參考基因組中的堿基的每個核酸內的每個堿基產生準確率分值并對于任何插入、缺失、模糊和/或取代產生罰分，使得如果每個核酸的總分值達到預定分值閾值，則匹配被指定；和

(c)?測定指定到靶染色體的匹配的核酸總數相對于指定到一個或多個參考染色體的每個的匹配的核酸總數的比例；

其中相對于正常懷孕中的比例，所測比例中的統計顯著差異，表明靶染色體中的胎兒異常。

2.?權利要求1的方法，其中所述靶染色體是染色體13、染色體18、染色體21、X染色體或Y染色體。

3.?權利要求1或2的方法，其中所述胎兒染色體異常是胎兒染色體非整倍性。

4.?權利要求3的方法，其中所述胎兒染色體非整倍性是三體性13、三體性18或三體性21。

5.?權利要求4的方法，其中所述胎兒染色體非整倍性是三體性21?(唐氏綜合征)。

6.?在懷孕的女性受試者中預測胎兒性別的方法，所述方法包括以下步驟：

(a)?自所述懷孕的女性受試者中獲得生物樣品；

(b)?獲得在所述生物樣品內的核酸分子的序列數據；

(c)?在所述序列數據內的每個核酸序列和對應于參考基因組的獨特部分的序列之間進行匹配分析，使得每個匹配的核酸被指定到所述參考基因組內的特定染色體或所述染色體的一部分，其中所述匹配分析對于對應于所述參考基因組中的堿基的每個核酸內的每個堿基產生準確率分值并對于任何插入、缺失、模糊和/或取代產生罰分，使得如果每個核酸的總分值達到預定分值閾值，則匹配被指定；和

(d)?測定指定到Y染色體的匹配的核酸總數相對于指定到一個或多個參考染色體的每個的匹配的核酸總數的比例；

其中高于預定比例的匹配的Y染色體序列的存在表明存在男性胎兒，而低于預定比例的匹配的Y染色體序列的存在表明存在女性胎兒。

7.?權利要求1-6中任一項的方法，其中通過Bowtie2或BWA-SW軟件或使用最大準確匹配技術的軟件例如BWA-MEM或CUSHAW2軟件，進行所述匹配分析。

8.?權利要求1-7中任一項的方法，其中所述匹配分析包括將核酸匹配到所述參考基因組內的所述染色體的預定部分的步驟。

9.?權利要求1-8中任一項的方法，其中所述準確率分值是正分。

10.?權利要求9的方法，其中對于對應于所述參考基因組中的堿基的核酸內的每個堿基，所述正分為+2。

11.?權利要求1-10中任一項的方法，其中對于任何插入、缺失、模糊和/或取代的罰分是減少的分值，例如負分。

12.?權利要求11的方法，其中對于取代的負分是-6，對于模糊的負分是-1，對于插入或缺失的負分是-5加上對于插入或缺失內的每個殘基的-3。

13.?權利要求1-12中任一項的方法，其中最小分值閾值是由下式定義：

a+b*ln?(L)

其中a和b是指確定用于優化匹配準確率的評分參數，ln是指閱讀長度(L)的自然對數。

14.?權利要求13的方法，其中a代表20，b代表8.0。

15.?權利要求1-14中任一項的方法，其中所分析的核酸序列包含大約25bp至大約250bp。

16.?權利要求1-15中任一項的方法，其中所述生物樣品是母體的血液、血漿、血清、尿或唾液。

17.?權利要求16的方法，其中所述生物樣品是母體血漿。

18.?權利要求1-17中任一項的方法，其額外地包括在匹配分析步驟之前從所得的序列數據中消除重復閱讀的步驟。