[發(fā)明專利]用于在肝細胞癌中預(yù)后整體存活和無復(fù)發(fā)存活的方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201380049095.X
• 申請日: 2013-09-23
• 公開（公告）號: CN104769131A
• 公開（公告）日: 2015-07-08
• 發(fā)明（設(shè)計）人: A·德雷尼;P·勞倫-普奇;J·楚克曼-羅斯;J-C·納爾特
• 申請（專利權(quán)）人: 英特蓋根公司;國家健康科學研究所;巴黎笛卡爾大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京戈程知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司 11314
• 代理人: 程偉;韓文華

1.一種從患有HCC的受試者肝臟樣本體外預(yù)后所述受試者的整體存活和/或無復(fù)發(fā)存活的方法，包括：

a)從所述肝臟樣本體外測定表達譜，所述表達譜包含或由下列5個基因組成：TAF9、RAMP3、HN1、KRT19和RAN；以及

b)使用用至少一個參考HCC肝臟樣本校準的算法，基于所述表達譜預(yù)后整體存活和/或無復(fù)發(fā)存活。

2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的方法，其中所述表達譜還包括一種或多種內(nèi)參基因。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的方法，其中用于校準用來預(yù)后整體存活和無復(fù)發(fā)存活的算法的參考樣本是下列：

i)對于預(yù)后整體存活：至少一個(優(yōu)選幾個)來自在腫瘤切除后存活至少5年的患者的HCC樣本，以及至少一個(優(yōu)選幾個)來自在腫瘤切除后在3年內(nèi)死亡的患者的HCC樣本；

ii)對于無復(fù)發(fā)預(yù)后存活：至少一個(優(yōu)選幾個)來自在腫瘤切除后在至少4年期間沒有復(fù)發(fā)的患者的HCC樣本，以及至少一個(優(yōu)選幾個)來自在腫瘤切除后在2年內(nèi)復(fù)發(fā)的患者的HCC樣本。

4.根據(jù)權(quán)利要求1至3中任一項所述的方法，其中所述肝臟樣本是肝臟活檢或部分或整個肝臟腫瘤手術(shù)切除樣本。

5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任一項所述的方法，其中所述表達譜在核酸水平測定。

6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的方法，其中所述表達譜使用定量PCR測定。

7.根據(jù)權(quán)利要求1至6中任一項所述的方法，其中用于預(yù)后整體存活和/或無復(fù)發(fā)存活的算法選自PLS(偏最小二乘)回歸、支持向量機(SVM)、線性回歸或其衍生的算法(如縮寫為GLM的廣義線性模型，包括邏輯回歸)、線性判別分析(LDA，包括對角線線性判別分析(DLDA))、對角二次判別分析(DQDA)、隨機森林、k-NN(最近鄰)以及PAM(微陣列的預(yù)測分析)算法。

8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中用于預(yù)后整體存活和/或無復(fù)發(fā)存活的算法是線性回歸，其使用下列式：

其中：

·N表示表達譜的基因數(shù)目，

·X_i，l≤i≤N，表示包括在表達譜的N個基因的體外測量表達值,

·m_i和w_i，1≤i≤N，是用至少一個參考樣本校準的固定參數(shù)，以及

·如果評分(樣本X)為低于閾值T，則樣本X視為是具有良好整體存活和/或無復(fù)發(fā)存活的預(yù)后，以及如果評分(樣本X)大于閾值T，則樣本視為具有不良整體存活和/或無復(fù)發(fā)存活預(yù)后，其中T已經(jīng)用至少一個參考樣本進行校準。

9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其中所述表達譜是使用定量PCR來測定，所述表達值是ΔΔCt值，N為5，閾值T是零以及m_i和w_i，1≤i<5，具有下列值：

10.根據(jù)權(quán)利要求1至9中任一項所述的方法，其還包括：

a)測定至少一個與預(yù)后相關(guān)的其它變量，以及

b)使用用至少一個參考HCC肝臟樣本校準的算法，基于所述表達譜和其它變量預(yù)后整體存活和/或無復(fù)發(fā)存活。

11.根據(jù)權(quán)利要求10所述的方法，其中所述變量選自G1-G6分類，BCLC(巴薩羅那臨床肝癌)、CLIP(肝癌意大利項目)、JIS(日本綜合分期)、TNM(腫瘤-結(jié)節(jié)-轉(zhuǎn)移)臨床分期、米蘭和地鐵票計算器標準、肝硬化的存在、術(shù)前AFP(甲胎蛋白)血漿水平、Edmonson分級和微血管侵潤，優(yōu)選所述其它變量是BCLC臨床分期和肝臟樣本的微血管侵潤。

12.一種用于測定含有至多65個不同基因的表達譜的試劑的試劑盒，其中所述表達譜包含或由以下5個基因組成：TAF9、RAMP3、HN1、KRT19和RAN。

13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的試劑盒，其中所述表達譜還包括一種或多種內(nèi)參基因。

14.根據(jù)權(quán)利要求12或權(quán)利要求13所述的試劑盒，包括

a)特異性擴增引物和/或探針，或者

b)核酸微陣列。