[發明專利]用于肝樣本的分類和局灶性結節不典型增生、肝細胞腺瘤和肝細胞癌的診斷的新方法

在審

• 申請號: 201380048859.3
• 申請日: 2013-09-23
• 公開（公告）號: CN104755627A
• 公開（公告）日: 2015-07-01
• 發明（設計）人: A·德雷尼斯;P·洛朗-普伊赫;J·楚克曼-羅西;J-C·諾
• 申請（專利權）人: 英特蓋根公司;國家健康科學研究所;巴黎笛卡爾大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 北京戈程知識產權代理有限公司 11314
• 代理人: 程偉;周玉梅

1.一種用于在體外分類作為非肝細胞樣本、肝細胞癌(HCC)樣本、局灶性結節不典型增生(FNH)樣本、肝細胞腺瘤(HCA)樣本或其它良性肝樣本的肝樣本的方法，所述方法包括：

a)在體外確定來自所述肝樣本的包括或由以下38個基因組成的表達譜：EPCAM，HNF4A，CYP3A7，FABP1，HAL，AFP，GNMT，TFRC，C8A，CAP2，LCAT，ANGPT2，AURKA，CDC20，DHRS2，LYVE1，ADM，ANGPTL7，GLUL，ANGPT1，HMGB3，GMNN，RAMP3，RHBG，UGT2B7，LGR5，RARRES2，RBM47，GIMAP5，AKR1B10，GLS2，KRT19，ESR1，SDS，MERTK，EPHA1，CCL5和CYP2C9，和任選地一個或多個內部對照基因；

b)根據對包含或由以下9個基因組成的表達譜測得的表達水平：EPCAM,HNF4A,CYP3A7,FABP1,HAL,AFP,GNMT,TFRC和C8A，和任選地一個或多個內部對照基因，使用至少一種用至少一個參照肝樣本校準的算法，確定所述肝樣本是肝細胞或是非肝細胞樣本；

c)如果所述肝樣本是肝細胞樣本，則根據對包含或由以下9個基因組成的表達譜測得的表達水平：AFP,CAP2,LCAT,ANGPT2,AURKA,CDC20,DHRS2,LYVE1和ADM，和任選地一個或多個內部對照基因，使用至少一種用至少一個參照肝樣本校準的算法，確定所述肝細胞樣本是HCC樣本或是良性肝細胞樣本；

d)如果所述肝樣本是良性肝細胞樣本，則根據對包含或由以下13個基因組成的表達譜測得的表達水平：HAL,ANGPTL7,GLUL,ANGPT1,HMGB3,GMNN,RAMP3,RHBG,UGT2B7,LGR5,RARRES2,RBM47和GIMAP5，和任選地一個或多個內部對照基因，使用至少一種用至少一個參照肝樣本校準的算法，確定所述良性肝細胞樣本是否是FNH樣本；

e)如果所述肝樣本是良性肝細胞樣本，則根據對包含或由以下13個基因組成的表達譜測得的表達水平：HAL,CYP3A7,LCAT,LYVE1,AKR1B10,GLS2,KRT19,ESR1,SDS,MERTK,EPHA1,CCL5和CYP2C9，和任選地一個或多個內部對照基因，使用至少一種用至少一個參照肝樣本校準的算法，確定所述良性肝細胞樣本是否是HCA樣本；

f)如果所述良性肝細胞樣本既不是FNH樣本也不是HCA樣本，則其被分類為其它良性肝樣本。

2.根據權利要求1所述的方法，所述方法進一步包括：如果肝樣本被診斷為HCA樣本，則通過以下步驟將所述HCA樣本分類為以下HCA亞組之一：HNF1A突變的HCA，炎性HCA，β連環蛋白突變的HCA或其它HCA：

a)進一步體外確定來自所述HCA樣本的包含或由以下8個額外的基因組成的表達譜：HAMP，SAA2，NRCAM，REG3A，AMACR，TAF9，LAPTM4B和IGF2BP3；

b)根據對包含或由以下4個基因組成的表達譜測得的表達水平：FABP1,ANGPT2,DHRS2和UGT2B7，和任選地一個或多個內部對照基因，使用至少一種用至少一個參照肝樣本校準的算法，確定所述HCA樣本是否是HNF1A突變的HCA樣本；

c)根據對包含或由以下7個基因組成的表達譜測得的表達水平：ANGPT2,GLS2,EPHA1,CCl5,HAMP,SAA2和NRCAM，和任選地一個或多個內部對照基因，使用至少一種用至少一個參照肝樣本校準的算法，確定所述HCA樣本是否是炎性HCA樣本；

d)根據對包含或由以下13個基因組成的表達譜測得的表達水平：TFRC,HAL,CAP2,GLUL,HMGB3,LGR5,GIMAP5,AKR1B10,REG3A,AMACR,TAF9,LAPTM4B和IGF2BP3，和任選地一個或多個內部對照基因，使用至少一種用至少一個參照肝樣本校準的算法，確定所述HCA樣本是否是β連環蛋白突變的HCA樣本；

e)如果所述HCA樣本既不是HNF1A突變的HCA樣本，炎性HCA樣本，也不是β連環蛋白突變的HCA樣本，則其被分類為其它HCA樣本。