[發明專利]黑素細胞病變中的分子惡性腫瘤

有效

• 申請號: 201380045664.3
• 申請日: 2013-06-24
• 公開（公告）號: CN104603291B
• 公開（公告）日: 2018-04-06
• 發明（設計）人: 王慧;C·羅伯茨;K·馬杜拉;陸振強;J·布朗;T·瓦西塞克;B·J·科恩斯;B·塞利格曼;D·S·B·胡恩
• 申請（專利權）人: HTG分子診斷有限公司;約翰韋恩癌癥研究所
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 北京北翔知識產權代理有限公司11285
• 代理人: 孫占華,張廣育

1.用于確定生物標記物的表達水平的試劑用于制備用于表征含黑素細胞的樣品的試劑的用途，其中所述用于確定生物標記物的表達水平的試劑用于確定以下的表達水平：

(i)包括MAGEA2、PRAME、PDIA4、NR4A15、PDLIM7、B4GALT1、SAT1、RUNX1和SOCS3的生物標記物，和

(ii)在獲取自受試者的含黑素細胞的樣品中的至少一種標準化生物標記物，從而產生所述生物標記物中的每一種和所述至少一種標準化生物標記物的原始表達值，其中所述至少一種標準化生物標記物包括表3中的生物標記物中的1種、2種、3種、4種、5種、6種、7種、8種或全部9種；

包括：

將所述生物標記物中的每一種的原始表達值標準化為所述至少一種標準化生物標記物的原始表達值，以產生所述生物標記物中的每一種的標準化表達值；

將所述標準化的表達值用于回歸或機械學習算法以產生輸出值；

將所得輸出值與截斷值比較，其中所述截斷值來源自事先已知為良性或惡性的多個含黑素細胞的樣品中所述生物標記物的標準化表達值；

和

如果所述輸出值與所述多個已知良性樣品的截斷值在同一側，則將所述樣品表征為良性的，或者如果所述輸出值與所述多個已知惡性樣品的截斷值在同一側，則將所述樣品表征為惡性的。

2.權利要求1的用途，還包括：

在所述含黑素細胞的樣品中測量多種生物標記物的基因表達值；其中所述多種生物標記物的表達范圍代表所述樣品轉錄組中的生物標記物表達的整個范圍；

計算所述多種生物標記物的集中趨勢表達值；和

使用所述集中趨勢表達值以對所述生物標記物中的每一種的原始表達值進行標準化。

3.權利要求1的用途，還包括：

在所述含黑素細胞的樣品中測量多種生物標記物的基因表達值；其中所述多種生物標記物的表達范圍代表所述樣品轉錄組中的生物標記物表達的整個范圍；

計算所述多種生物標記物的集中趨勢表達值；

去除離群值并計算經重新計算的不含所述離群表達值的多數集中趨勢表達值；和

使用所述經重新計算的多數集中趨勢表達值，以對所述生物標記物中的每一種的原始表達值進行標準化。

4.用于確定樣品中基因表達的試劑用于制備將樣品表征為痣或黑素瘤的試劑的用途，其中所述用于確定樣品中基因表達的試劑用于確定包括生物標記物MAGEA2、PRAME、PDIA4、NR4A1、PDLIM7、B4GALT1、SAT1、RUNX1和SOCS3的多種基因的表達水平，

包括：

從受試者中獲得含黑素細胞的樣品；

在所述樣品中確定所述多種基因的表達水平；和

提供所述樣品中的多種基因表達水平的報告或基于所述多種基因的表達水平將所述樣品表征為痣或黑素瘤。

5.權利要求1到3中任一項的用途，其中所述生物標記物還包括表4中的至少兩種生物標記物，并且其中所述輸出值是通過邏輯回歸算法產生。

6.權利要求1到3中任一項的用途，其中所述算法是

輸出值＝β0+β1X1+β2X2+β3X3...βnXn

其中Xn是所述至少兩種(最高達n種)表4的生物標記物的對數表達值，其中β0大于-200并小于200，其中所有n>0的β大于-1,000并小于1,000。

7.權利要求5的用途，其中所述算法是

輸出值＝β0+β1X1+β2X2+β3X3...βnXn

其中Xn是所述至少兩種(最高達n種)表4的生物標記物的對數表達值，其中β0大于-200并小于200，其中所有n>0的β大于-1,000并小于1,000。

8.權利要求1到3中任一項的用途，其中所述生物標記物還包括表11和13中的至少兩種生物標記物，并且其中所述輸出值是通過由機械學習算法產生。

9.權利要求8的用途，其中所述生物標記物還包括產生表11中的至少兩種生物標記物或表13中的至少兩種生物標記物。