[發明專利]用于選擇基因滲入標志組的方法

有效

• 申請號: 201380043360.3
• 申請日: 2013-06-13
• 公開（公告）號: CN104838263B
• 公開（公告）日: 2017-12-05
• 發明（設計）人: K·R·羅賓斯;J·E·巴克倫
• 申請（專利權）人: 農業基因遺傳學有限公司
• 主分類號: G01N33/48
• 分類號: G01N33/48;A01H1/00;C12Q1/68
• 代理公司: 北京市嘉元知識產權代理事務所(特殊普通合伙)11484
• 代理人: 張永新

1.一種確定用于鑒定可能包含感興趣性狀的植物的生物標志集合的方法，所述方法包括下述步驟：

a)獲得多個輪回植物親本和多個供體植物親本；

b)對于該多個輪回植物親本和多個供體植物親本中的每一個，鑒定多個標志中每一個的基因型；

c)將蟻群優化系統應用于所述多個標志來鑒定可預測所述感興趣性狀的具有多個遺傳標志的優化子集，其中所述具有多個遺傳標志的優化子集是用于鑒定可能包含感興趣性狀的植物的生物標志集合，

其中利用蟻群優化系統包括：

定義問題空間，其包含所述多個遺傳標志的離散的鄰接子集，以及多個媒介，其中所述媒介在連續的時間步驟中根據概率密度函數在各離散鄰接子集之間進行選擇，在所述連續的時間步驟過程中用由被選取的離散鄰接子集所提供的感興趣性狀的基因組(GA)和連鎖累贅(LD)覆蓋率確定的值來更新所述概率密度函數；以及

容許所述媒介在預定數目的連續時間步驟過程中選擇所述多個遺傳標志的離散鄰接子集。

2.根據權利要求1所述的方法，其進一步包括：

提供不包含所述感興趣性狀的近交植物，其中所述近交植物包含關于所述多個遺傳標志的基因型；

將包含關于所述多個遺傳標志的第一基因型的第一供體植物與所述近交植物雜交來產生子代植物，其中子代植物包含關于所述多個遺傳標志的子代基因型，并確定該子代植物是否包含所述感興趣的性狀；以及

提供包含關于所述多個遺傳標志的多種子代基因型的數據庫，其中每一種子代基因型是通過將所述近交植物與另一不同的供體植物雜交產生的子代植物的基因型。

3.根據權利要求2所述的方法，其進一步包括：

提供來自所述第一供體植物的遺傳樣品，以及

對所述第一供體植物進行關于所述多個遺傳標志的基因分型。

4.根據權利要求3所述的方法，其中在所述預定數目的連續時間步驟的最后一步中被選取的離散鄰接子集是用于鑒定可能包含感興趣性狀的植物的生物標志集合。

5.根據權利要求2所述的方法，其中通過基因分型確定所述近交植物關于所述多個遺傳標志的基因型。

6.根據權利要求2所述的方法，其中通過基因分型確定所述子代植物關于所述多個遺傳標志的基因型。

7.根據權利要求1所述的方法，其中通過基因分型確定另外的不同供體植物的基因型。

8.根據權利要求1所述的方法，其中所述多個遺傳標志包括SNP標志。

9.根據權利要求8所述的方法，其中所述多個遺傳標志由SNP標志組成。

10.根據權利要求1所述的方法，其中所述植物選自下組：玉米、大豆、煙草、胡蘿卜、蕓苔、油菜、棉花、棕櫚、花生、稻屬、擬南芥屬、蓖麻屬和甘蔗。

11.根據權利要求1所述的方法，其中所述多個遺傳標志包括至少1000個標志。

12.根據權利要求1所述的方法確定的具有多個遺傳標志的優化子集。

13.權利要求12所述的標志的優化子集，其中所述子集包括少于300個標志。

14.一種鑒定可能包含感興趣性狀的植物的方法，所述方法包括：

提供權利要求12所述的標志集合；

提供包含來自植物的核酸的遺傳樣品；以及

使所述核酸接觸能與所述標志集合中的標志特異性雜交的探針，其中該探針對所述核酸的特異性雜交指示該植物中感興趣性狀的存在。

15.根據權利要求14所述的方法，其中所述標志包括SNP標志。

16.根據權利要求14所述的方法，其中所述植物選自下組：玉米、大豆、煙草、胡蘿卜、蕓苔、油菜、棉花、棕櫚、花生、稻屬、擬南芥屬、蓖麻屬和甘蔗。