[發(fā)明專利]評價化學實體與其靶標分子之間的相互作用的全基因組方法

在審

• 申請?zhí)枺?/td>: 201380042823.4
• 申請日: 2013-06-14
• 公開（公告）號: CN104769428A
• 公開（公告）日: 2015-07-08
• 發(fā)明（設(shè)計）人: R·A·洋;J·E·布拉德納;P·B·拉爾;L·安德爾斯;J·J·馬里內(nèi)奧;祁軍;M·G·岡瑟
• 申請（專利權(quán)）人: 懷特海德生物醫(yī)學研究所;達那-法伯癌癥研究所
• 主分類號: G01N33/50
• 分類號: G01N33/50
• 代理公司: 北京市金杜律師事務(wù)所 11256
• 代理人: 陳文平;徐志明

相關(guān)申請

本申請要求2012年6月14日提交的美國臨時申請No.61/659,750和2012年7月6日提交的美國臨時申請No.61/668,718和2012年9月14日提交的美國臨時申請No.61/701,434和2013年3月15日提交的美國臨時申請No.61/800,060的利益。

將以上申請的完整教導(dǎo)按引用并入本文中。

政府支持

本發(fā)明是用來自國家衛(wèi)生研究院(National?Institutes?of?Health)的RO1-HG002688和來自美國癌癥協(xié)會的PF-11-042-01-DMC下的政府支持進行的。政府在本發(fā)明中具有一定的權(quán)利。

發(fā)明背景

最近的技術(shù)發(fā)展已經(jīng)允許通過將蛋白質(zhì)定位于特定的DNA區(qū)域或相關(guān)染色質(zhì)的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的全基因組(genome-wide)研究。與目標蛋白質(zhì)相關(guān)的DNA的深度測序，使用定向抗體的下拉(pulled-down)，提供了基因組組織的高分辨率空間圖譜。所稱的具有深度測序的染色質(zhì)免疫沉淀(ChIP-seq)，生物學家現(xiàn)在具有新的透鏡，他們可以通過其了解細胞和疾病生物學。然而，對于這個技術(shù)存在重大的限制。該程序需要驗證的、特定的免疫球蛋白的存在，并且僅單個蛋白質(zhì)/DNA復(fù)合物可以分離。這種實驗的復(fù)雜性限制了使用ChIP-seq來了解和表征染色質(zhì)定向的小分子的作用。

發(fā)明概述

本文中描述的是化學實體與其靶標分子之間的相互作用的全基因組評價，稱為Chem-seq技術(shù)。

因此，在一個方面中，本發(fā)明涉及對藥物或藥物候選物與基因組相關(guān)的一個或多個因子的相互作用進行基因組范圍的作圖的方法。所述方法包括將包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物與藥物接觸。將所述包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物維持在所述藥物或藥物候選物可以與基因組相關(guān)的一個或多個因子相互作用的條件下。將所述包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物的基因組片段化，由此產(chǎn)生包含基因組片段的混合物，其中一個或多個基因組片段與一個或多個與藥物相互作用的因子相關(guān)。測定與藥物或藥物候選物與其相互作用的一個或多個因子相關(guān)的一個或多個基因組片段的全部或部分的序列，由此對藥物或藥物候選物與基因組相關(guān)的一個或多個因子的相互作用進行基因組范圍的作圖。

在另一個方面中，本發(fā)明涉及鑒別基因組上藥物或藥物候選物與其相互作用的一個或多個位點的方法。所述方法包括將包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物接觸藥物或藥物候選物，并將所述包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物維持在所述藥物或藥物候選物可以與基因組相關(guān)的一個或多個因子相互作用的條件下。將所述包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物的基因組片段化，由此產(chǎn)生包含基因組片段的混合物，其中一個或多個基因組片段與一個或多個與藥物相互作用的因子相關(guān)。測定與藥物或藥物候選物與其相互作用的一個或多個因子相關(guān)的一個或多個基因組片段的全部或部分的序列，由此鑒別基因組上藥物或藥物候選物與其相互作用的一個或多個位點。

在另一個方面中，本發(fā)明涉及一種在基因組范圍鑒別病癥或疾病(例如，綜合征)印記的方法。所述方法包括將包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物接觸用于或可能潛在用于治療所述疾病的藥物或藥物候選物，并將所述包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物維持在所述藥物或藥物候選物可以與基因組相關(guān)的一個或多個因子相互作用的條件下。在一些方面中，所述細胞或其裂解物是獲自一個或多個患病個體的細胞或其裂解物。將所述包含染色質(zhì)的細胞、細胞裂解物或核提取物的基因組片段化，由此產(chǎn)生包含基因組片段的混合物，其中一個或多個基因組片段與一個或多個與藥物相互作用的因子相關(guān)。測定與所述藥物或藥物候選物與其相互作用的一個或多個因子相關(guān)的一個或多個基因組片段每一個的全部或部分的序列，由此在基因組范圍鑒別所述病癥或疾病的印記。