[發明專利]預測腎細胞癌的預后的方法

有效

• 申請號: 201380036415.8
• 申請日: 2013-04-30
• 公開（公告）號: CN105408494B
• 公開（公告）日: 2018-10-16
• 發明（設計）人: 金井彌榮;新井惠吏;田迎
• 申請（專利權）人: 獨立行政法人國立癌癥研究中心
• 主分類號: C12Q1/6886
• 分類號: C12Q1/6886
• 代理公司: 北京市中咨律師事務所 11247
• 代理人: 胡志君;段承恩

1.基因用于制造檢測腎細胞癌的預后不良風險的試劑盒的用途，

所述基因選自以下基因組成的基因群：FAM150A、GRM6、ZNF540、ZFP42、ZNF154、RIMS4、ASCL2、PRAC、WNT3A、TRH、ZNF671和SLC13A5，

所述檢測包括以下(1)～(3)的步驟:

(1)制備來自受試者腎臟組織的基因組DNA的步驟，

(2)對于步驟(1)制備的基因組DNA，檢測所述基因群中的至少一個CpG位點的DNA甲基化水平的步驟，所述CpG位點選自以下CpG位點組成的CpG位點群：

序列號4所記載的堿基序列中的第8、9、10、13、14、15、18、19、21、22、26、27、28、29、30、31、37、38、39、41和42位的CpG位點，

序列號5所記載的堿基序列中的第1、2、4和5位的CpG位點，

序列號10所記載的堿基序列中的第3、4、6、9、10、11、12、13、15、24、25和26位的CpG位點，

序列號6所記載的堿基序列中的第3、4、5、7和8位的CpG位點，

序列號7所記載的堿基序列中的第1、4、5、6、8、11和12位的CpG位點，

序列號8所記載的堿基序列中的第15和17位的CpG位點，

序列號16所記載的堿基序列中的第9和10位的CpG位點，

序列號12所記載的堿基序列中的第2、3、4、7和8位的CpG位點，

序列號14所記載的堿基序列中的第7、8和9位的CpG位點，

序列號9所記載的堿基序列中的第2、3、4、5、11、12、13、25、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、39、40和41位的CpG位點，

序列號13所記載的堿基序列中的第4、10、14、20、26、28、29、31和33位的CpG位點，

序列號1所記載的堿基序列中的第3、4、5、9、10、11、12、13、14、15、21、22、23、24、25、26、30、31、34、35、40、41、42、43和44位的CpG位點，

序列號2所記載的堿基序列中的第1、2、15、16、17、18、19、20、26、32、33、35、36和37位的CpG位點，和

序列號3所記載的堿基序列中的第3、5、6、7、8、9、10、13、14、20和21位的CpG位點，

(3)根據步驟(2)檢測到的DNA甲基化水平，確定所述受試者是否分類為預后不良組的步驟。

2.根據權利要求1所述的用途，其中步驟(2)是通過亞硫酸氫鹽處理步驟(1)制備的基因組DNA、檢測所述CpG位點的DNA甲基化水平的步驟。

3.寡核苷酸用于制造檢測腎細胞癌的預后不良風險的試劑盒的用途，所述寡核苷酸具有至少12個堿基的鏈長度，且是下述(a)～(b)中記載的任一個，

(a)寡核苷酸，所述寡核苷酸是設計成夾著選自FAM150A、GRM6、ZNF540、ZFP42、ZNF154、RIMS4、ASCL2、PRAC、WNT3A、TRH、ZNF671和SLC13A5組成的基因群中的至少一個CpG位點的一對引物，

所述CpG位點選自以下CpG位點組成的CpG位點群：

序列號4所記載的堿基序列中的第8、9、10、13、14、15、18、19、21、22、26、27、28、29、30、31、37、38、39、41和42位的CpG位點，

序列號5所記載的堿基序列中的第1、2、4和5位的CpG位點，

序列號10所記載的堿基序列中的第3、4、6、9、10、11、12、13、15、24、25和26位的CpG位點，

序列號6所記載的堿基序列中的第3、4、5、7和8位的CpG位點，

序列號7所記載的堿基序列中的第1、4、5、6、8、11和12位的CpG位點，

序列號8所記載的堿基序列中的第15和17位的CpG位點，

序列號16所記載的堿基序列中的第9和10位的CpG位點，

序列號12所記載的堿基序列中的第2、3、4、7和8位的CpG位點，

序列號14所記載的堿基序列中的第7、8和9位的CpG位點，

序列號9所記載的堿基序列中的第2、3、4、5、11、12、13、25、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、39、40和41位的CpG位點，

序列號13所記載的堿基序列中的第4、10、14、20、26、28、29、31和33位的CpG位點，

序列號1所記載的堿基序列中的第3、4、5、9、10、11、12、13、14、15、21、22、23、24、25、26、30、31、34、35、40、41、42、43和44位的CpG位點，

序列號2所記載的堿基序列中的第1、2、15、16、17、18、19、20、26、32、33、35、36和37位的CpG位點，和

序列號3所記載的堿基序列中的第3、5、6、7、8、9、10、13、14、20和21位的CpG位點，

(b)寡核苷酸，所述寡核苷酸是與含有選自所述CpG位點群的至少一個CpG位點的核苷酸雜交的引物或探針，

所述檢測包括以下(1)～(3)的步驟:

(1)制備來自受試者腎臟組織的基因組DNA的步驟，

(2)對于步驟(1)制備的基因組DNA，檢測選自所述CpG位點群的至少一個CpG位點的DNA甲基化水平的步驟，

(3)根據步驟(2)檢測到的DNA甲基化水平，確定所述受試者是否分類為預后不良組的步驟。