[發(fā)明專(zhuān)利]錨定前清洗

無(wú)效

• 申請(qǐng)?zhí)枺?/td>: 201380033351.6
• 申請(qǐng)日: 2013-04-23
• 公開(kāi)（公告）號(hào): CN104508145A
• 公開(kāi)（公告）日: 2015-04-08
• 發(fā)明（設(shè)計(jì)）人: 馬修·卡洛;陳林蘇;丹尼斯·G·巴林格
• 申請(qǐng)（專(zhuān)利權(quán)）人: 考利達(dá)基因組股份有限公司
• 主分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 分類(lèi)號(hào): C12Q1/68
• 代理公司: 上海勝康律師事務(wù)所31263
• 代理人: 樊英如;李獻(xiàn)忠

1.一種對(duì)核酸分子的靶序列進(jìn)行測(cè)序的方法，所述方法包括：

(a)提供包含所述核酸分子的表面，所述核酸分子包含：(i)包括第一錨位點(diǎn)的第一銜接物、和(ii)所述靶序列；

(b)將包含有效量的酸、陽(yáng)離子表面活性劑、或者酸和陽(yáng)離子表面活性劑兩者的水洗溶液涂覆于所述表面上；

(c)將錨定雜交到所述第一錨位點(diǎn)；

(d)延伸所述錨定以產(chǎn)生錨定延伸產(chǎn)物；

(e)檢測(cè)所述延伸產(chǎn)物，由此鑒定所述靶序列的堿基；和

(f)重復(fù)步驟(b)至(e)直到所述靶序列的序列被確定。

2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中包含所述核酸分子的所述表面是包含表面和連接到所述表面的多個(gè)所述核酸分子的核酸陣列。

3.如權(quán)利要求1或權(quán)利要求2所述的方法，其中所述核酸分子是包含多個(gè)單體單元的多聯(lián)體，各單體單元包括所述第一銜接物和所述靶序列。

4.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其包括：通過(guò)將核苷酸添加到所述錨定或者先前的所述錨定的延伸的產(chǎn)物中，而延伸所述錨定。

5.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其包括：通過(guò)將測(cè)序探針連接到所述錨定或者先前的所述錨定的延伸的產(chǎn)物，而延伸所述錨定。

6.如權(quán)利要求5所述的方法，其包括：通過(guò)(i)將一個(gè)或多個(gè)延伸錨定連接到所述錨定和(ii)將所述序列探針連接到所述的一個(gè)或多個(gè)延伸錨定，而延伸所述錨定。

7.如權(quán)利要求5所述的方法，其包括：在重復(fù)步驟(b)至(e)之前，從所述核酸分子中除去所述延伸產(chǎn)物。

8.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述水洗溶液包含檸檬酸。

9.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述水洗溶液包含溴化十六烷基三甲銨(CTAB)。

10.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述水洗溶液包含一定量的弱酸或陽(yáng)離子表面活性劑，與合適的對(duì)照品相比所述弱酸或陽(yáng)離子表面活性劑有效地降低不一致性達(dá)5％或5％以上或者提高可映射率達(dá)0.5％或0.5％以上或有效地降低不一致性達(dá)5％或5％以上且提高可映射率達(dá)0.5％或0.5％以上。

11.如前述權(quán)利要求中任一項(xiàng)所述的方法，其包括：在將所述錨定雜交到所述第一錨位點(diǎn)之前，將水洗溶液涂覆于所述表面。

12.一種用于對(duì)連接到表面的核酸分子進(jìn)行測(cè)序的水洗溶液，所述水洗溶液包含酸、陽(yáng)離子表面活性劑或者兩者，其中與合適的對(duì)照品相比所述水洗溶液有效地可檢測(cè)地降低不一致性或者提高可映射率達(dá)0.5％或0.5％以上或有效地可檢測(cè)地降低不一致性且提高可映射率達(dá)0.5％或0.5％以上。

13.如權(quán)利要求12所述的水洗溶液，其中與合適的對(duì)照品相比，所述水洗溶液有效地降低不一致性達(dá)5％或5％以上。

14.如權(quán)利要求12或權(quán)利要求13所述的水洗溶液，其中與合適的對(duì)照品相比，所述水洗溶液有效地提高可映射率達(dá)0.5％或0.5％以上。

15.如權(quán)利要求1至9中任一項(xiàng)所述的方法，其中在步驟(b)中涂覆的水洗溶液是如權(quán)利要求12至14所述的清洗溶液。