[發明專利]使用修飾的核酸表達多肽的方法

有效

• 申請號: 201380020266.6
• 申請日: 2013-04-15
• 公開（公告）號: CN104245937B
• 公開（公告）日: 2021-09-21
• 發明（設計）人: S·克洛斯特曼;E·科佩茨基;U·施瓦茨
• 申請（專利權）人: 弗·哈夫曼-拉羅切有限公司
• 主分類號: C12N15/67
• 分類號: C12N15/67
• 代理公司: 北京市中咨律師事務所 11247
• 代理人: 黃革生;林柏楠

本文報道了用于在細胞中重組生產多肽的方法，包括步驟：培養包含編碼多肽的核酸的細胞，從細胞或培養基中回收多肽，其中，多肽的每個氨基酸殘基都是由至少一個密碼子編碼的，將編碼相同氨基酸殘基的不同密碼子組合在一個組中，按其在組內的具體使用頻率定義組內的每個密碼子，一組內所有密碼子的具體使用頻率之和為100％，其中多肽編碼核酸中的密碼子使用頻率與其在組內的具體使用頻率幾乎相同。

本文報道的方法所屬的領域是優化多肽編碼核酸，和改善由本文報道的方法優化的核酸所編碼的多肽的表達。

發明背景

Cannarozzi,G.等人報道了在翻譯動力學中的密碼子順序的作用(Cell 141(2010)355-367)。Plotkin,J.B.和Kudla,G.報道了密碼子偏愛的原因和后果(Nat.Rev.Gen.12(2011)32-42)。Weygand-Durasevic,I.和Ibba,M.報道了密碼子使用的新作用(Science 329(2010)1473-1474)。Itzkovitz,S.等人報道了蛋白質編碼序列中的重疊代碼(Gen.Res.20(2010)1582-1589)。

WO 97/11086中報道了高水平的蛋白質表達。WO 03/70957中報道了生產植物多肽。WO 03/85114中(報道了)用于設計在宿主細胞中優化蛋白質表達的合成核酸序列的方法。US 5,082,767中報道了密碼子配對優化。WO 2008/000632中報道了用于實現改良的多肽表達的方法。WO 2007/142954和US 8,128,938中報道了密碼子優化方法。

Watkins,N.E.等人報道了DNA二聚體中的脫氧次黃苷(deoxyinosine)對的最近鄰熱動力學(Nucl.Acids Res.33(2005)6258-6267)。

發明概述

已發現對于在細胞中表達多肽，使用具有本文報道特征的多肽編碼核酸是有利的。多肽編碼核酸的特征是每個氨基酸都是由一組密碼子編碼的，按組內的具體使用頻率相對于該密碼子在細胞基因組中的整體使用頻率，來定義密碼子組內的每個密碼子，(總)多肽編碼核酸中的密碼子使用頻率與相應組內的使用頻率幾乎相同。

本文報道的一個方面是用于在細胞中重組生產多肽的方法，包括步驟：培養包含編碼多肽的核酸的細胞，從細胞或培養基中回收多肽，

其中，多肽的每個氨基酸殘基都是由一個或多個(至少一個)密碼子編碼的，將編碼相同氨基酸殘基的(不同)密碼子組合在一個組中，按其在組內的具體使用頻率定義組內的每個密碼子，一組內所有密碼子的具體使用頻率之和為100％，

其中多肽編碼核酸中每個密碼子的整體使用頻率與其在組內的具體使用頻率幾乎相同。

在一個實施方案中，氨基酸殘基G、A、V、L、I、P、F、S、T、N、Q、Y、C、K、R、H、D和E分別由一組密碼子編碼，而氨基酸殘基M和W由單個密碼子編碼。

在一個實施方案中，氨基酸殘基G、A、V、L、I、P、F、S、T、N、Q、Y、C、K、R、H、D和E分別由包含至少兩個密碼子的一組密碼子編碼，而氨基酸殘基M和W由單個密碼子編碼。

在一個實施方案中，如果氨基酸殘基實際只由1個密碼子編碼，則密碼子的具體使用頻率是100％。