[發明專利]豬6號染色體上一個與產仔數相關的SNP位點及其引物

有效

• 申請號: 201310727928.5
• 申請日: 2013-12-26
• 公開（公告）號: CN103757006A
• 公開（公告）日: 2014-04-30
• 發明（設計）人: 張亞平;黃路生;謝海兵;任軍;艾華水;徐丹
• 申請（專利權）人: 中國科學院昆明動物研究所;江西農業大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 昆明今威專利商標代理有限公司 53115
• 代理人: 楊宏珍

技術領域：

本發明涉及與豬產仔數性狀相關的分子標記，具體涉及豬6號染色體上一個與產仔數相關的SNP位點及其引物，屬生物技術領域。

背景技術：

豬的產仔數性狀是豬繁殖性狀的主要組成部分，提高豬產仔數對提高養豬業的總體經濟效益意義重大。但產仔數屬于遺傳力很低的數量性狀，難以用常規育種技術進行遺傳改良。我國的太湖豬以高產而聞名，窩產仔數比大多數其它中國地方豬種以及國外豬種的窩產仔數多4-5頭（《中國豬品種志》張仲葛主編，上海科技出版社，1986）。二花臉豬是太湖豬的一種，是世界上繁殖力最高的豬種。太湖豬中與高產仔數相關的多態位點，能夠作為遺傳標記用于提高母豬的產仔數。

國內外研究人員采用全基因組掃描和候選基因的方法對產仔數性狀進行QTL定位及候選基因的研究。Li等人(Li,K.,J.Ren,et?al.Anim?Genet.2009.40(6):963-966)利用覆蓋了豬19條染色體的183個微衛星標記對與豬產仔數相關的總產仔數，產活仔數，產死仔數進行QTL（Quantitative?Trait?Locus,數量性狀基因座）定位。他們研究了299個杜洛克豬與中國二花臉豬雜交的F₂代，在6，7，8和15號染色體上定位了與總產仔數，產活仔數和產死仔數相關的QTL。

Rothschild等(Rothischild,M.,Jacobson,D.et?al.Proc?Natl?Acad?Sci?U?S?A.1996.93(1):201-205)通過候選基因法，利用包括中國梅山系太湖豬在內的兩個極端品種雜交，發現1號染色體上雌激素受體座位的一個基因(ESR)與高產仔數主效基因連鎖。通過雌激素受體基因座位的RFLPs分析，認為具有3.7kb條帶的純合型母豬(BB型)比具有4.3kb條帶的純合型母豬(AA型)初產時要多2.3頭(P<0.01)，每胎平均多產1.5頭(P<0.01)。目前已報道與產仔數相關的基因還有OPN(US6410227B1)，PRLR(Tomas,A.,J.Casellas,et?al.J?Anim?Sci.2006.84(8):1991-1998)，FSHβ(Zhao,Y.Li?N,et?al.Sci?China?C?Life?Sci.1998.41(6):664-668)和RBP4(Spotter,A.,S.Muller,et?al.Reprod?Domest?Anim.2009.44(1):100-105)等。

應用QTL定位方法能夠定位與性狀緊密連鎖的區域，但是需要研究幾代家系的很多個體，周期長，費時費力，在一般的實驗室無法完成，而且有些QTL定位很寬泛。利用候選基因法對性狀進行研究，相對來說簡單直接，但是利用候選基因法主要研究的是外顯子區域的突變，而很多發揮重要功能的突變很可能在內含子或者其它功能區域；有些復雜性狀是受到多基因調控的；不能檢出所有的QTL，而且有些用候選基因法研究的基因并沒有找到QTL的定位。

隨著技術的發展和成熟，基因組及基因注釋越來越完善。由于測序技術的快速發展，測序成本的降低，能夠利用全基因組測序或者轉錄組測序對性狀相關基因或突變位點進行批量篩選。本發明選擇二花臉豬（太湖豬的一種），藏豬，巴馬香豬，萊蕪豬，滇南小耳豬等5個中國地方豬種以及野豬進行了全基因組重測序。希望從中篩選出與高產仔數相關的SNPs（single?nucleotide?polymorphisms,單核苷酸多態性）位點作為遺傳標記用于豬的遺傳育種，以提高母豬的產仔數。

發明內容：

本發明的目的是提供豬6號染色體上一個與產仔數相關的SNP位點及其引物。

本發明選擇了二花臉豬（太湖豬的一種），藏豬，巴馬香豬，萊蕪豬，及滇南小耳豬5個中國地方豬種以及野豬進行了全基因組重測序。6個豬種的重測序個體數分別為11個，11個，9個，10個，10個和10個。重測序數據跟參考基因組（NCBI?Build?Sscrofa?10.2）進行比對，利用SAMTools軟件進行SNPs位點的提取。發明人比較了二花臉豬與其它5個豬種，在6號染色體上發現一個SNP位點（基因組版本NCBI?Build?Sscrofa10.2的Chr6:64826013）可能與豬的產仔數相關。該位點的等位基因為T和C，有C/C、T/C和T/T三種基因型。該位點及其側翼序列（SEQ?ID?NO:1）為：