[發明專利]玉米低磷脅迫響應基因內含子長度多態性標記

有效

• 申請號: 201310723277.2
• 申請日: 2013-12-25
• 公開（公告）號: CN103695418A
• 公開（公告）日: 2014-04-02
• 發明（設計）人: 高世斌;吳玲;劉丹;何春萌;榮廷昭;劉海嵐;蘇順宗;盧艷麗;曹墨菊;張素芝;周樹峰;聶治;柳雅珍;閆冰
• 申請（專利權）人: 四川農業大學
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11
• 代理公司: 四川君士達律師事務所 51216
• 代理人: 芶忠義

技術領域

本發明涉及分子生物學和遺傳育種領域，尤其涉及的是玉米低磷脅迫響應基因內含子長度多態性標記。??

背景技術

玉米作為飼料、糧食、工業原料等多用途的第一大農作物，對我國工業的發展和人民的生活發揮著巨大的推動作用。其中自交系178是典型的耐低磷的材料，9782、Zheng58、Chang7-2等是典型的低磷敏感型材料，其他多為中間型材料。?

在對磷利用分子遺傳方面的研究深度與其在作物中的重要地位極不相稱，遠遠落后于水稻等模式植物以及番茄和大豆等。植物低磷脅迫響應（Phosphate?Starvation?Responses，PSR）的遺傳機制非常復雜，在長期的進化過程中形成了一個缺磷的分子應答反應網絡調控。且磷脅迫特異性表達基因（如SQD2，PLDζ1等基因）在低磷脅迫分子應答網絡調控中起著重要作用。內含子是結構基因中可轉錄但在mRNA成熟之前又被剪切的氨基酸非編碼序列，廣泛分布于真核生物基因組中。外顯子位于氨基酸編碼區，為保證編碼的蛋白質能夠行使正常的功能受到的選擇壓較大，進化過程中相對保守。而內含子位于非編碼區，在進化過程中產生的突變、插入、缺失等變異由于受到的選擇壓力較小，在不同地域不同自交系材料中被保留下來的幾率較大，表現出核苷酸多態性或長度多態性。其中內含子長度多態性（Intron?Length?Polymorphism，ILP）是最容易被鑒別的一種，因此可以在跨內含子的兩側外顯子區域設計引物將ILP開發為分子標記。由于ILP標記位于基因內部，是一種基因標記，因而它是一種功能性標記。目前已在十幾個物種中開發有ILP標記，且水稻中已利用ILP構建了首張連鎖圖譜，但迄今為止PSR-ILP標記的開發和應用尚無報道。?

分子標記是進行標記輔助選擇和分子設計育種所必需的基本工具，其中RFLP標記由于技術上比較繁瑣，現在已很少使用。基于PCR擴增技術的隨機標記RAPD和AFLP，因其擴增片段是隨機的，這些標記構建的遺傳圖譜難以相互比較，這大大限制了其應用價值。微衛星SSR標記數量豐富、多態性高、檢測方便，并且擴增產物具有特異性，克服了隨機標記的缺點，因此成為目前植物遺傳育種研究中最受歡迎的一種分子標記。但是，大多數SSR標記位于基因間區域。近年來由于基因組研究的發展，大量的InDel和SNP開發成分子標記，但這類標記的檢測主要通過直接測序、Taqman探針、SNaPshot、DNA芯片技術等方法進行，成本高。目前適合于比較基因組學研究和適用于作物育種輔助選擇等要求低成本、操作簡便的分子標記還比較少。因此，開發基于功能基因并具有操作簡單、成本低、功能性強的基因內分子標記顯得十分必要。?

發明內容

本發明所要解決的技術問題是針對現有分子標記的不足，提供了玉米低磷脅迫響應基因內含子長度多態性標記。?

本發明的技術方案如下：?

玉米低磷脅迫響應基因內含子長度多態性標記，其序列為：

ZmCRE1-ILP-F:5’CCTTTTGACCTGCGTTCTCT3’，ZmCRE1-ILP-R:5’TCCCGACCAAATTTGTCAAT3’；

ZmAMYB5-ILP-F:?5’TCTTCTACACCAACCGGAGTG?3’，

ZmAMYB5-ILP-R:?5’AGTCCCACCTCAATGTCCAC?3’；

ZmMGD2-ILP-F:?5’CTGGACCAGGTACCATTGCT?3’，

ZmMGD2-ILP-R:?5’CGGGCAACAAGACTAGCAG?3’；

ZmMYB62-ILP-F:?5’ACGGTAGACGAGGACCTCAC?3’，

ZmMYB62-ILP-R:?5’TGAAGTTGCCACGCTTCAC??3’；

ZmPHT2;1-ILP-F:?5’CGTTCCAAGGGAAGGACTCT?3’，

ZmPHT2;1-ILP-R:?5’ATCCACCCCTCCATACACC?3’；

ZmPLDζ1-ILP-F:?5’TTCACTTTCAGGTTAGCCATATCA?3’，

ZmPLDζ1-ILP-R:?5’ACACAAAATGCAACCCCAAT?3’；

ZmSQD2-ILP-F:?5’CACGTCAGTTGCACCTTTTG?3’，

ZmSQD2-ILP-R:?5’ATGGATTATGTCCGGCTTGA?3’；

ZmSUS1-ILP-F:?5’CTCGTGGACTTCTTCGACAA?3’，