[發明專利]一種基于串聯質譜鑒定蛋白質乙酰化修飾位點的方法

在審

• 申請號: 201310710562.0
• 申請日: 2013-12-20
• 公開（公告）號: CN103646190A
• 公開（公告）日: 2014-03-19
• 發明（設計）人: 楊明坤;張珈;葛峰;熊倩;莫然;王炎
• 申請（專利權）人: 中國科學院水生生物研究所
• 主分類號: G06F19/10
• 分類號: G06F19/10
• 代理公司: 武漢宇晨專利事務所 42001
• 代理人: 王敏鋒

1.一種基于串聯質譜鑒定蛋白質乙酰化修飾位點的方法，步驟如下：

1)乙酰化修飾肽段的數據庫檢索：

步驟1、利用開源軟件ProteoWizard將質譜采集的原始數據轉化為可視化的mgf格式的數據；

步驟2、利用MASCOT以及pFind檢索程序進行數據庫檢索，篩選假陽性概率FDR值小于1%的乙酰化修飾肽段；

2)蛋白質乙酰化修飾位點重新定位及評估：

步驟1、質譜峰選擇：使用perl語言程序編寫的程序，處理質譜標準數據格式文件，選擇質譜有效峰，過濾噪音基線；在二級質譜數據中，采取每100個質荷比區間，選取四個最高的二級質譜峰策略，過濾數據；

步驟2、蛋白質乙酰化修飾位點重新定位及評估：使用perl語言程序編寫的蛋白質乙酰化修飾位點重新定位與評估程序，處理MASCOT以及pFind數據庫檢索結果文件，通過解析MASCOT以及pFind數據庫檢索結果文件，獲取所有乙酰化肽段信息，包括乙酰化肽段譜圖名稱，乙酰化肽段序列及分子量，乙酰化修飾位點數，乙酰化肽段價態，根據文獻中報道的評估乙酰化修飾位點方法，結合上一步過濾的數據以及乙酰化肽段信息，重新計算匹配的b或y系列離子，采用以下公式對修飾位點進行新的打分計算：

p_value=?(k!/(n!(n-k)!)?*?p^k*?(1-p)^(n-k)?=?(k!/(n!(n-k)!)?*?0.04^k?*?0.96^(n-k)

Score?=?-10*Log₁₀(p)

其中n為乙酰化肽段所有匹配的b或y系列離子數，k為所有匹配的有乙酰化修飾的b或y系列離子數；p_value為重新定位后的乙酰化修飾位點可信度值，Score為重新定位后乙酰化修飾位點對應的得分；對數據庫鑒定到的蛋白質乙酰化修飾位點進行重新定位和評估；

3)蛋白質乙酰化修飾位點對應譜圖的提取：

步驟1、采用上述步驟2）中相同方法選擇有效質譜峰，使用perl語言程序編寫程序，處理質譜標準數據格式文件，選擇質譜有效峰，過濾噪音基線；在二級質譜數據中，采取每100個質荷比區間，選取四個最高的二級質譜峰策略，過濾數據；

步驟2、蛋白質乙酰化修飾位點對應譜圖的提取：使用perl語言程序編寫的蛋白質乙酰化修飾位點譜圖提取程序，利用乙酰化修飾位點定位方法，將重新匹配的b或y系列離子以及重新定位的乙酰化修飾位點注釋譜圖，并自動提取重新定位的蛋白質乙酰化修飾位點對應的譜圖，最終獲得到高分辨率的質譜圖。