[發(fā)明專利]一種利用EST-SSR分子標(biāo)記構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)的方法

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310636792.7
• 申請日: 2013-12-02
• 公開（公告）號: CN103642913A
• 公開（公告）日: 2014-03-19
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 欒明寶;陳建華;王曉飛;許英;孫志民;鄒自征
• 申請（專利權(quán)）人: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院麻類研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 長沙市融智專利事務(wù)所 43114
• 代理人: 袁靖

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于植物種質(zhì)資源評價技術(shù)領(lǐng)域，具體涉及一種利用EST-SSR分子標(biāo)記構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)的方法。?

背景技術(shù)

苧麻(Boehmeria?nivea?L.Gaud)，又叫“中國草”，起源于中國，為蕁麻科苧麻屬的多年生宿根性草本植物，是中國特色的天然紡織原料[1]。除傳統(tǒng)的纖維價值外，苧麻的藥用價值、飼料用途、水土保持、工業(yè)原料、生物能源等多功能用途已開始受到關(guān)注^[2-5]。迄今為止，我國是收集、保存苧麻屬種質(zhì)資源最多的國家，僅國家種質(zhì)長沙苧麻圃就擁有2000多份材料，其中的栽培資源已廣泛為育種和生產(chǎn)所利用^[6]。植物遺傳資源是新品種選育的基礎(chǔ)，種質(zhì)資源的收集、保存、評價和利用非常重要，然而龐大的種質(zhì)資源不利于優(yōu)良種質(zhì)的保存和利用。為解決這一難題，F(xiàn)rankel等^[7]和Brown^[8]提出了核心種質(zhì)的概念。核心種質(zhì)是指以一定的方法選擇整個種質(zhì)資源的一部分，以最小的資源數(shù)量和遺傳重復(fù)最大程度地代表整個種質(zhì)資源的多樣性。目前，核心種質(zhì)的構(gòu)建不僅成功的運用在小麥^[9]、玉米^[10]、水稻^[11]等一年生作物上，在梅花^[12]、、咖啡^[13]、桃^[14]、茶樹^[15]、白樺^[16]等多年生作物上也獲得了成功。本課題組對苧麻核心種質(zhì)構(gòu)建方法進行了多年研究，并于2010年發(fā)表了國際第一篇關(guān)于苧麻核心種質(zhì)構(gòu)建方面的報道^[17]。但是，我們發(fā)表的構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)的方法，主要基于田間農(nóng)藝性狀。采用田間調(diào)查品種農(nóng)藝性狀的方法，時間長，費用高；且苧麻為宿根性多年生植物，生命周期長，種質(zhì)資源間的形態(tài)差異性狀少。因此，利用田間農(nóng)藝性狀構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)有很多不足。?

分子標(biāo)記是直接在DNA水平上對基因組進行多態(tài)性檢測，DNA水平的多態(tài)性主要表現(xiàn)核苷酸序列的差異，對于任何類型的核苷酸序列的差異都可用分子標(biāo)記技術(shù)對其進行檢測。簡單重復(fù)序列（Simple?Sequence?Repeat，SSR），又稱微衛(wèi)星序列（Microsatellite），是目前應(yīng)用比較廣泛、發(fā)展迅速的，基于PCR技術(shù)上的分子標(biāo)記。SSR標(biāo)記呈現(xiàn)出以下優(yōu)點^[18]：（1）SSR在真核生物基因組中分布廣、多態(tài)性豐富；（2）其產(chǎn)物進行測序膠電泳分離時單堿基分辨率高、共顯性標(biāo)記遺傳信息量大；（3）呈孟德爾式遺傳，具有很好的穩(wěn)定性，DNA用量少，技術(shù)要求低，成本低廉，PCR擴增的可重復(fù)性高。因此，利用SSR標(biāo)記構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)可彌補田間農(nóng)藝性狀多態(tài)性低和易受環(huán)境影響的不足。?

目前，尚未有利用SSR分子標(biāo)記構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)的方法。?

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明目的旨在創(chuàng)立一種利用EST-SSR分子標(biāo)記構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)的方法，該方法能夠高效、可靠的建立108個苧麻品種的核心種質(zhì)，對苧麻種質(zhì)的保存、評價、利用均具有重要意義。?

一種利用EST-SSR分子標(biāo)記構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)的方法，包括以下步驟：?

（1）提取各樣品苧麻種質(zhì)DNA；?

（2）設(shè)計苧麻EST-SSR引物，進行苧麻的基因組PCR擴增；?

（3）記錄每個樣品每對引物的DNA擴增帶型；?

（4）根據(jù)DNA擴增帶型構(gòu)建苧麻核心種質(zhì)；?

所述的21對苧麻EST-SSR引物序列如下：?

PCR反應(yīng)體系:20μL，?