[發明專利]快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC及應用方法

無效

• 申請號: 201310488947.7
• 申請日: 2013-10-18
• 公開（公告）號: CN103725774A
• 公開（公告）日: 2014-04-16
• 發明（設計）人: 張再君;邱東峰;殷明珠;辜大川;楊金松
• 申請（專利權）人: 湖北省農業科學院糧食作物研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 武漢金堂專利事務所 42212
• 代理人: 丁齊旭

技術領域：

本發明涉及水稻直鏈淀粉基因Wx的相關分子標記方法，特別是快速檢測水稻直鏈淀粉Wx基因型的分子標記Wx-YMZC及應用方法，屬于分子遺傳學領域，可用于水稻直鏈淀粉分子標記輔助選擇育種和種質的分型鑒定。?

背景技術：

水稻是全球人類賴以生存的最重要糧食作物之一，世界上近半人口以水稻為食。隨著人們對水稻產量要求的不斷提高，越來越多的消費者開始逐漸追求優質稻米。直鏈淀粉含量是影響稻米品質最重要的因素，直鏈淀粉主要由Wx基因編碼的顆粒性結合淀粉合成酶(GBSS)催化合成，不同Wx基因類型的材料其直鏈淀粉含量存在差異。?

Wx基因(Waxy?gene，Wx)也稱為蠟質基因，位于第6號染色體的短臂上(Lwata?et?al.，1971)，是控制直鏈淀粉含量的最主要基因，由14個外顯子和13個內含子構成，包括編碼區以及3’端和5’端旁側在內的序列，全長5499bp(Wang?et?a1.，1990)。水稻Wx基因前導序列的第一內含子5’端剪切位點的上游55bp處存在一段(CT)n的重復序列，研究表明該(CT)n的重復序列與直鏈淀粉含量存在顯著關系(舒慶堯等，1998)。此外，在水稻Wx基因第一內含子5’端+1的+713bp位置處存在一個G置換為T的堿基突變，該位點的突變明顯改變了Wx基因的剪接效率，大量研究表明，該位點的剪接效率與直鏈淀粉含量是直接相關的(王宗陽等，1993)。同時對這兩個基因位點進行檢測和選擇，可為后期稻米品質的直鏈淀粉含量改良提供更好的基礎。?

傳統的常用檢測方法是使用484/485分子標記檢測Wx基因中(CT)n的重復數(下標n為重復次數)，使用PCR-Acc?I分子標記檢測Wx基因中G/T的堿基類型。使用的引物不同，且需要進行兩次獨立的不同PCR擴增反應以及一次酶切?反應，實驗程序較繁瑣。?

參考文獻?

[1]Lwata?N，Omura?T.Linkage?analysis?by?re-ciprocal?translocation?method?in?rice?plant(Oryza?sativa?L.)II：Linkage?groups?corresponding?to?the?chromosome5，6，7，8，9，10and11[J].Sci.Bull.Fac.Agr.，Kyushu?Univ.，1971，25：802-804.?

[2]Macdonald?F?D，Preiss?J.Partial?purification?and?characterization?of?granule-bound?starch?synthases?from?normal?and?waxy?maize[J].Plant?physiology，1985，78(4)：849-852.?

[3]Wang?Z?Y，Wu?Z?L，Xing?Y?Y，et?al.Nucleotide?sequence?of?rice?waxy?gene[J].NuclAcicls?Res，1990，18(19)：5898.?

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[5]王宗陽，鄭霏琴，高繼平.水稻蠟質基因中兩種類似轉座因子的順序[J].中國科學(B輯)，1993，23(6)：598-603.?

[6]Murray?M?G，Thompson?W?F.Rapid?isolation?of?high?molecular?weight?plant?DNA[J].Nucleic?Acids?Research，1980，8(19).?

發明內容：

本發明的目的是提出一種新型分子標記Wx-YMZC及其相應的檢測方法，對水稻直鏈淀粉種質進行分型鑒定，可以達到較高的準確率，提高檢測效率。?

本發明是這樣實現的。設計一對引物：其正向引物序列：Wx-YMZCF：TCACCATTCCTTCAGTTCTT，反向引物序列：Wx-YMZCR：TCTGAATAAGAGGGGAAACA，命名為Wx-YMZC分子標記。該分子標記用于鑒定水稻直鏈淀粉Wx基因的種質和分型。?

利用上述Wx-YMZC分子標記鑒定水稻直鏈淀粉Wx基因的種質和分型的方法，其步驟為：?

1.提取待查水稻基因的DNA；?

2.對待查水稻基因組DNA進行PCR擴增；?

PCR擴增總體系為10μL，具體成分如下：?