[發明專利]一種雞基因的單核苷酸多態性、檢測方法及其應用

有效

• 申請號: 201310450040.1
• 申請日: 2013-09-27
• 公開（公告）號: CN103710427A
• 公開（公告）日: 2014-04-09
• 發明（設計）人: 孫桂榮;王順紅;康相濤;李紅;劉小軍;蔣瑞瑞;田亞東;李國喜;韓瑞麗;閆峰賓;王彥彬;李轉見
• 申請（專利權）人: 河南農業大學
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 鄭州睿信知識產權代理有限公司 41119
• 代理人: 牛愛周

技術領域

本發明涉及一種雞miRNA-1704基因的單核苷酸多態性，同時還涉及該單核苷酸多態性的檢測方法及其應用，屬于分子遺傳學領域。?

背景技術

中國是世界上家禽飼養量最大的國家，同時養雞歷史悠久，是世界上馴化家禽最早、品種資源最豐富的國家之一。隨著社會經濟的迅速發展，人們生活水平的提高，市場對肉質的需求整體上從以前的數量要求轉向了對質量風味的追求。生長性狀、肉質性狀和屠體性狀是當今家禽工業最關注的經濟性狀。大多數的經濟性狀屬于數量性狀，主要是由為數眾多的微效基因決定的，這些基因同時具有加性效應、顯性效應和上位效應，復雜性狀的遺傳基礎是由影響該表型的遺傳因素和環境因素以及它們之間的相互作用共同決定的。國內優質地方雞普遍存在生長速度緩慢的問題，從而影響了經濟效益。因此，多年來，研究人員試圖通過大量的試驗尋找與雞的相關經濟性狀相關的候選基因，為家禽分子選種育種方面提供輔助標記選擇。?

應用分子標記的現代育種技術是加快良種選育和提高種群遺傳品質，應用分子標記育種首先是在DNA水平上篩查和檢測與雞經濟性狀密切相關的遺傳標記；其次是建立其基因多態性的快速檢測方法；然后實現遺傳標記輔助選擇和實現早期診斷選擇。?

單核苷酸多態（Single?nucleotide?polymorphism，SNP）是指在基因組水平上由于單個核苷酸的變異所引起的DNA序列多態性。SNP可以在DNA，RNA和蛋白質水平影響基因的功能，是人類可遺傳變異最常見的一種，占已知多態性的90%以上。對基因產物有影響的SNP的功能進行分析，意義十分重大。SNP多樣性與經濟性狀的關聯分析一直是畜禽遺傳學研究的熱點。隨著miRNA的發現及其研究的深入，研究者發現miRNA不僅參與了動物復雜性狀表型形成的分子調控過程，而且其SNP變化還可能導致miRNA功能異常，進而引起生物表型性狀的變異。miRNA相關多態的形成機制包括插入、缺失、易位、擴增以及堿基替換。miRNA的多態性是影響miRNA調節功能的重要因素。單個miRNA表達異常時，可能影響數百種靶基因的表達，當其中某些關鍵蛋白表達量降低時，會導致機體生理功能異常和疾病發生。研究發現，發生在miRNA初級產物、前體及成熟體上的多態性會潛在的影響數以百計基因的表達和通路，從而廣泛影響miRNA的功能。?

SNP多態性的檢測方法，最常見的有單鏈構象多態技術（SSCP）、PCR-RFLP和直接測序技術等。但SSCP操作繁瑣、耗時長，影響因素較多，且實驗過程中存在假陰性問題，所以，并非理想的SNP檢測手段；直接測序技術成本較高。許多研究運用了PCR-RFLP方法或PCR與聚丙烯酰胺電泳檢測相結合的方法，需要探索一種快速檢測基因組DNA序列中幾十個核苷酸插入/缺失多態的檢測方法。?

發明內容

本發明的目的是提供一種雞miRNA-1704基因的單核苷酸多態性。?

本發明的目的還在于提供一種雞miRNA-1704基因的單核苷酸多態性的檢測方法。?

本發明的目的還在于提供一種雞miRNA-1704基因的單核苷酸多態性的檢測方法的應用。?

為了實現以上目的，本發明所采用的技術方案是提供一種雞miRNA-1704基因的單核苷酸多態性，所述單核苷酸多態性為在如SEQ?ID?NO.3所示的雞miRNA-1704基因序列中，其序列第148位為C或G。?

本發明所采用的技術方案還在于提供一種雞miRNA-1704基因的單核苷酸多態性的檢測方法，包括以下步驟：?

（1）以包含miRNA-1704基因的雞全基因組DNA為模板，設計一對引物；?

（2）以引物對P為引物，PCR擴增雞miRNA-1704基因；?

（3）用限制性內切酶EcoRⅠ消化PCR擴增產物，再對酶切后的片段進行瓊脂糖凝膠電泳，根據瓊脂糖凝膠電泳結果鑒定雞miRNA-1704基因序列中第148位的單核苷酸多態性：當雞miRNA-1704基因的第148位點為G時，酶切后電泳圖譜為兩條帶，條帶大小為184bp和148bp，命名為GG基因型；當雞miRNA-1704基因的第148位點為C時，酶切后電泳圖譜為一條帶，條帶大小為332bp，命名為CC基因型；當雞miRNA-1704基因的第148位點為雜合的個體時，酶切后電泳圖譜為三條帶，條帶大小為332bp,184bp和148bp，命名為GC基因型。所述的引物對P為：?

正向引物：5’-AGCTCTGTTGGGTTGAAGGAGTAG-3’；?