[發明專利]一種用于檢測谷梅4號抗稻瘟病基因Pigm(t)的分子標記InDel587

有效

• 申請號: 201310428162.0
• 申請日: 2013-09-22
• 公開（公告）號: CN103497996A
• 公開（公告）日: 2014-01-08
• 發明（設計）人: 潘存紅;李愛宏;戴正元;朱俊凱;余玲;肖寧;李育紅;張小祥;劉廣青;趙步洪;王寶和;黃年生;周長海;譚長樂;季紅娟;劉曉靜
• 申請（專利權）人: 江蘇里下河地區農業科學研究所
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68;C12N15/11
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明涉及生物技術領域，尤其涉及的是一種用于檢測谷梅4號抗稻瘟病基因Pigm(t)的分子標記InDel587。

背景技術

抗稻瘟病基因Pigm(t)文獻(TheorAppl?Genet，2006，113：705-713)中公布的分子標記大多為CAPS標記，不適合分子標記輔助選擇，還有SSR和InDel標記主要是用于遺傳定位的，在育種中存在多態率較低，差異較小的缺點。傳統的水稻抗病育種是通過抗性鑒定對植株進行表型選擇，耗費時間長，且易受環境條件的限制，鑒定結果容易造成誤差，選擇效率較低。

稻瘟病是危害我國水稻生產的三大主要病害之一，通過分子標記輔助選擇抗病基因是培育抗病品種的有效途徑之一。谷梅4號具有廣譜稻瘟病抗性，Pigm(t)定位于第6染色體分子標記C5483和C0428之間約70kb的范圍內，文獻中公布的用于遺傳定位的分子標記，不太適用于標記輔助育種。

發明內容

本發明所要解決的技術問題是針對現有技術的不足提供一種用于檢測谷梅4號抗稻瘟病基因Pigm(t)的分子標記InDel587。

本發明的技術方案如下：

一種用于檢測谷梅4號抗稻瘟病基因Pigm(t)的分子標記InDel587，上游引物為5’-AACTTGCTGGGAGAAGGATTG-3’，下游引物為5’-GAGTTCGTACTTTTCAGGCTT-3’。

本發明提供的分子標記InDel587位于第6染色體10484756-10484985bp處，與抗稻瘟病基因Pigm(t)的的定位區間10367733-1042226bp相距65.2kb，緊密連鎖，而且標記InDel587多態率高，87.2％的受體親本與供體親本谷梅4號之間存在多態；InDel587的PCR產物差異大，能快速檢測出材料的標記基因型。通過用分子標記檢測待檢材料，可以判斷其是否攜帶抗病基因Pigm(t)。

附圖說明

圖1為標記InDel587檢測谷梅4號和46個水稻親本的電泳圖。

圖2為標記InDel587檢測揚稻6號//揚稻6號/谷梅4號雜交后代的電泳圖；

圖3為標記InDel587檢測徐稻3號//徐稻3號/谷梅4號雜交后代的電泳圖；

具體實施方式

以下結合具體實施例，對本發明進行詳細說明。

在基因Pigm(t)定位區間附近找到日本晴BAC?AP005659，在NCBI網站(http：//www.ncbi.nlm.nih.gov/)用BLAST程序將AP005659與秈稻品種93-11的序列進行比對，結果發現在AP005659在133714-133742bp與93-11存在差異，以AP005659在133714-133742bp為中心，向上下游各取500bp的序列，用軟件Primer5.0進行引物設計，得到了一對引物序列，上游引物為5’-AACTTGCTGGGAGAAGGATTG-3’，下游引物為5’-GAGTTCGTACTTTTCAGGCTT-3’，將這對引物進行標記多態性檢測，發現大多數品種在此位點與谷梅4號存在多態性，將此引物命名為InDel587。

InDel587：上游引物為5’-AACTTGCTGGGAGAAGGATTG-3’，下游引物為5’-GAGTTCGTACTTTTCAGGCTT-3’。

擴增日本晴的PCR產物大小為230bp，擴增序列為：

5’-AACTTGCTGGGAGAAGGATTGCCGTACATACCACGTGACAGAAACATGACAAATCGCCTTGAAAGAGGAAAAAAACAATTGGGGGGGGGGGGGGGGTTCTAGATCTTTTGAGATAGAGATTGGTACATTACTGTGATGTAAGGTCTGATTGTCATATGCTGATCACATGTATAAACATCTTTTTCTTGCTATTGTGATTTATTTGGTATAAGCCTGAAAAGTACGAACTC-3’。

DNA的提取采用常規的CTAB法(Murray&Thompson，1980Rapid?isolation?of?high-molecular-weight?plant?DNA.Nucleic?Acids?Res8：4321-4325)。