[發明專利]堿基序列重組系統及方法

在審

• 申請號: 201310369701.8
• 申請日: 2013-08-22
• 公開（公告）號: CN103793623A
• 公開（公告）日: 2014-05-14
• 發明（設計）人: 樸旻
• 申請（專利權）人: 三星SDS株式會社
• 主分類號: G06F19/18
• 分類號: G06F19/18
• 代理公司: 北京銘碩知識產權代理有限公司 11286
• 代理人: 金光軍;郭鴻禧

1.一種堿基序列重組系統，包括：

映射位置計算單元，從由短片段生成的多個種子序列中選擇一個種子序列，并計算選擇的種子序列在對象堿基序列中的映射位置；

全局比對單元，從計算出的所述映射位置計算對應于所述選擇的種子序列的重復判斷區域，并判斷在計算出的所述重復判斷區域中是否已執行全局比對，判斷結果如果沒有執行所述全局比對，則在計算出的所述映射位置上執行針對所述短片段的全局比對。

2.如權利要求1所述的堿基序列重組系統，其特征在于，所述重復判斷區域為與所述選擇的種子序列在所述對象堿基序列中的第k個映射位置之間的距離為設定基準值以內的區域，其中，1≤k≤N，N為所述選擇的種子序列的長度。

3.如權利要求2所述的堿基序列重組系統，其特征在于，所述基準值被設定為與所述短片段的長度成比例。

4.如權利要求3所述的堿基序列重組系統，其特征在于，所述基準值被設定為所述短片段的長度的100%～170%。

5.如權利要求1所述的堿基序列重組系統，其特征在于，所述重復判斷區域為根據如下數學式進行計算：

m_a-V≤重復判斷區域≤m_b+V，

其中，m_a為所述選擇的種子序列的第a個映射位置，m_b為所述選擇的種子序列的第b個映射位置，N為所述選擇的種子序列的長度，V為基準值，并且，1≤a≤N，1≤b≤N。

6.如權利要求5所述的堿基序列重組系統，其特征在于，所述基準值被設定為與所述短片段的長度成比例。

7.如權利要求6所述的堿基序列重組系統，其特征在于，所述基準值被設定為所述短片段的長度的100%～170%。

8.如權利要求1所述的堿基序列重組系統，其特征在于，當已執行全局比對的種子序列的映射位置被包含于所述重復判斷區域內時，所述全局比對單元將判斷在所述重復判斷區域內已執行全局比對。

9.一種堿基序列重組方法，包括如下步驟：

在映射位置計算單元中，從由短片段生成的多個種子序列中選擇一個種子序列，并計算選擇的種子序列在對象堿基序列中的映射位置；

在全局比對單元中，從計算出的所述映射位置計算針對所述選擇的種子序列的重復判斷區域；

在所述全局比對單元中，判斷在計算出的所述重復判斷區域中是否已執行全局比對，判斷結果如果沒有執行所述全局比對，則在計算出的所述映射位置上執行針對所述短片段的全局比對。

10.如權利要求9所述的堿基序列重組方法，其特征在于，所述重復判斷區域為與所述選擇的種子序列在所述對象堿基序列中的第k個映射位置之間的距離為設定基準值以內的區域，其中，1≤k≤N，N為所述選擇的種子序列的長度。

11.如權利要求10所述的堿基序列重組方法，其特征在于，所述基準值被設定為與所述短片段的長度成比例。

12.如權利要求11所述的堿基序列重組方法，其特征在于，所述基準值被設定為所述短片段的長度的100%～170%。

13.如權利要求9所述的堿基序列重組方法，其特征在于，所述重復判斷區域為根據如下數學式進行計算：

m_a-V≤重復判斷區域≤m_b+V，

其中，m_a為所述選擇的種子序列的第a個映射位置，m_b為所述選擇的種子序列的第b個映射位置，N為所述選擇的種子序列的長度，V為基準值，并且，1≤a≤N，1≤b≤N。

14.如權利要求13所述的堿基序列重組方法，其特征在于，所述基準值被設定為與所述短片段的長度成比例。

15.如權利要求14所述的堿基序列重組方法，其特征在于，所述基準值被設定為所述短片段的長度的100%～170%。

16.如權利要求9所述的堿基序列重組方法，其特征在于，當已執行全局比對的種子序列的映射位置被包含于所述重復判斷區域內時，所述全局比對單元將判斷在所述重復判斷區域內已執行全局比對。

17.一種裝置，包括：

一個以上的處理器；

存儲器；

一個以上的程序，

而且，構成為所述一個以上的程序被存儲于所述存儲器中，并通過所述一個以上的處理器執行，

其中，所述程序中包括用于執行如下步驟的命令：

從由短片段生成的多個種子序列中選擇一個種子序列，并計算選擇的種子序列在對象堿基序列中的映射位置；

從計算出的所述映射位置計算針對所述選擇的種子序列的重復判斷區域；

判斷在計算出的所述重復判斷區域中是否已執行全局比對，判斷結果如果沒有執行所述全局比對，則在計算出的所述映射位置上執行針對所述短片段的全局比對。