[發明專利]一種檢測雞胡須性狀的方法有效
申請號: | 201310367724.5 | 申請日: | 2013-08-21 |
公開(公告)號: | CN104342490A | 公開(公告)日: | 2015-02-11 |
發明(設計)人: | 胡曉湘;顧曉榮;郭影;盛哲雅;王彥強;舒鼎銘;瞿浩;李寧 | 申請(專利權)人: | 中國農業大學 |
主分類號: | C12Q1/68 | 分類號: | C12Q1/68;C12N15/11 |
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搜索關鍵詞: | 一種 檢測 胡須 性狀 方法 | ||
技術領域
本發明涉及分子生物學技術領域,具體涉及用于雞胡須性狀的分子標記、以及檢測胡須性狀的方法。
背景技術
長期的進化和馴化選擇,豐富了農業動物遺傳資源的多樣性。近年來的研究發現,基因組結構變異是畜禽馴化過程中多個重要性狀的遺傳基礎,如雞20號染色體上發生的復雜結構重排,會使EDN3基因的表達產生變化,最終導致黑色素在真皮內的沉積;位于雞1號染色體的SOX5基因內含子1內3.2kb區域的復制,使得在發育的6-12天內SOX5基因表達發生改變,導致豆冠表型的產生。基因組結構變異可以通過多種機制影響基因表達,對結構變異進行研究,有助于我們解析相關性狀形成的機制。
基因組結構變異包括缺失、重復、倒位、易位四種類型。目前針對基因組結構變異的檢測技術主要有基于高密度SNP的基因分型芯片、比較基因組雜交芯片,以及高通量測序技術等。隨著高通量測序技術的不斷發展,成本的不斷降低,測序已經成為目前生物學研究的重要手段。通過對結構變異靶區域的重測序分析,分離出結構變異造成的斷點和重排情況,進而利用PCR等常規分子生物學技術對結構變異進行檢測。檢測只需在結構變異產生的斷點兩側設計擴增引物,利用簡單的PCR反應,通過瓊脂糖凝膠檢測就可以檢測結構變異的存在。
雞的胡須性狀是家畜中最早進行研究的表型性狀之一,經歷了上百年的歷史,至今仍未見報道影響胡須性狀的確定染色體位置和檢測方法。如果利用傳統方法對雞的胡須形狀進行選育,將耗費大量的人力、物力、財力。利用分子生物學的手段建立一種快速檢測胡須性狀的方法,進行標記輔助選擇,將有助于提高育種效率。
發明內容
本發明的目的是提供一種鑒別雞胡須性狀性狀的方法。
本發明以中國農業大學與廣東省農業科學院畜牧研究所合作建立的以惠陽胡須雞與嶺南黃雞A03系為親本的F2雜交資源群體為研究對象,記錄了F0、F1和F2代個體的胡須性狀,利用全基因組SNP進行連鎖分析,將影響雞胡須性狀的基因座定位于雞27號染色體;對F0樣本的進行重測序分析,分離得到了影響雞胡須性狀的結構變異。本發明發現,胡須雞27號染色體存在三個DNA片段的重復(拷貝數變異,CNV),在雞ICGSC?Gallus_gallus-4.0版本基因組中的物理位置分別為1702269-1721521bp(CNV1)、4470331-4503417bp(CNV2)、3578409-3592890bp(CNV3),三個片段順利連接并插入到CNV1原座位,其位置關系如圖1所示。本發明鑒別雞胡須性狀的方法,是針對不同CNV片段間的連接設計引物進行PCR檢測,根據檢測結果判定雞是否存在胡須基因。
本發明首先提供一種用于檢測雞胡須性狀的分子標記組合,其為CNV1、CNV2和CNV3,這三個分子標記物理位置位于雞27號染色體1702269-1721521bp、4470331-4503417bp、3578409-3592890bp處,CNV1和CNV2連接的基因序列如SEQ?ID?No.7所示,CNV2和CNV3連接的基因序列如SEQ?ID?No.8所示,CNV3和CNV1連接的基因序列如SEQ?ID?No.9所示。
本發明提供了用于檢測上述分子標記組合的引物組合,是針對上述不同CNV片段間的連接設計引物,其核苷酸序列為:
CNV1-2F?TTTGTTGTCTCCTTGCATCATT
CNV1-2R?CCATGTCAGCACAGTAACGATT
CNV2-3F?ATGTTGGTTGTGTGCCAAGTAG
CNV2-3R?TTTCCCCTCGTCTGCTTTATTA
CNV3-1F?ACAAGTCAGAGAGGCAATCGAC
CNV3-1R?CCATACAGCCTCAGGTAAGGAC。
本發明提供了一種檢測雞胡須性狀的試劑盒,含有針對上述三個分子標記分別設計的3對引物。
本發明方法包括以下步驟:
(1)以待測雞的基因組DNA為模板,用三對引物分別進行PCR反應;所述三對引物分別是:
CNV1-2F?TTTGTTGTCTCCTTGCATCATT
CNV1-2R?CCATGTCAGCACAGTAACGATT
CNV2-3F?ATGTTGGTTGTGTGCCAAGTAG
CNV2-3R?TTTCCCCTCGTCTGCTTTATTA
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