[發(fā)明專利]一個基于高分辨率溶解曲線鑒定梨果皮紅/綠色澤的SNP 標(biāo)記及其應(yīng)用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310343634.2
• 申請日: 2013-08-08
• 公開（公告）號: CN103397027A
• 公開（公告）日: 2013-11-20
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 吳俊;張紹鈴;陳慧;李秀根;李夢;齊開杰;李雷廷
• 申請（專利權(quán)）人: 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C12Q1/68
• 代理公司: 南京天華專利代理有限責(zé)任公司 32218
• 代理人: 徐冬濤;傅婷婷

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明屬于分子遺傳育種領(lǐng)域，涉及一個基于高分辨率溶解曲線鑒定梨果皮紅/綠色澤的SNP標(biāo)記及其應(yīng)用。

背景技術(shù)

果皮的色澤是果實外觀品質(zhì)的核心指標(biāo)，也是影響其商品價值的重要因素。目前世界上主要梨栽培種中只有西洋梨具有較多的紅皮品種，而我國栽培的梨品種主要歸屬于白梨、砂梨、秋子梨和新疆梨四大栽培種，這些品種果皮多為綠色、黃色和褐色，而外觀品質(zhì)佳的紅梨品種較少。為了滿足消費市場的需求，我國引進(jìn)了部分紅色西洋梨品種，由于氣候和西洋梨自身的生態(tài)適應(yīng)性等原因，其栽培范圍受到極大的限制，目前尚不能解決國內(nèi)市場對紅皮梨需求旺盛的矛盾。因此，開展適合我國種植、品質(zhì)優(yōu)良的紅梨品種成為我國育種工作者的重要目標(biāo)之一。

隨著模式植物全基因組測序的完成，特別是大量SNP(單堿基擴(kuò)增多態(tài)性)標(biāo)記的開發(fā)以及生物信息學(xué)的迅猛發(fā)展，應(yīng)用關(guān)聯(lián)分析方法發(fā)掘植物數(shù)量性狀基因已成為植物基因組學(xué)研究的熱點之一。特別是梨全基因組測序的完成，以及大量SNP標(biāo)記的開發(fā)，通過全基因組范圍的關(guān)聯(lián)分析法，發(fā)掘梨數(shù)量性狀基因成為基因組學(xué)研究的必然趨勢，通過對目標(biāo)性狀QTL范圍內(nèi)的SNP標(biāo)記研究成為定位目標(biāo)性狀基因的重要手段。近年來興起的一種檢測基因SNP的新技術(shù)——高分辨率溶解曲線（HRM）技術(shù)，是在PCR反應(yīng)的基礎(chǔ)上，通過檢測DNA雙鏈熔解過程中與其結(jié)合的飽和熒光染料的熒光信號值的變化所生成的不同形狀的熔解曲線來揭示核酸片段中的單堿基突變。利用HRM技術(shù)方法，開發(fā)可對目標(biāo)基因進(jìn)行快速分型的SNP標(biāo)記，為該基因的遺傳和定位研究提供有效工具。

目前有關(guān)梨果實品質(zhì)數(shù)量性狀的定位研究仍屬起步階段，已有的研究主要是針對抗病性，對梨果實紅皮性狀的SNP標(biāo)記研究尚沒有開展。因此，進(jìn)行梨果皮紅色性狀的QTL定位，篩選緊密連鎖的分子標(biāo)記，建立早期輔助選擇技術(shù)體系，對于梨果皮色澤的遺傳改良，縮短育種進(jìn)程、節(jié)約生產(chǎn)成本具有重要意義。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明的目的是針對現(xiàn)有技術(shù)的上述不足，提供一個基于高分辨率溶解曲線（HRM）鑒定梨果皮紅/綠色澤的SNP標(biāo)記。

本發(fā)明的另一目的是提供該SNP標(biāo)記的引物對。

本發(fā)明的又一目的是提供該SNP標(biāo)記及其引物對的應(yīng)用。

本發(fā)明的目的通過如下技術(shù)方案實現(xiàn)：

一個基于高分辨率溶解曲線（HRM）鑒定梨果皮紅/綠色澤的SNP標(biāo)記p2_he_5060，該SNP標(biāo)記的正向引物序列F1如SEQ?ID?NO.1所示，反向引物R1如SEQ?ID?NO.2所示。

本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記p2_he_5060在鑒定梨果皮紅/綠色澤性狀中的應(yīng)用。

本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記p2_he_5060在梨分子育種中的應(yīng)用。

本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記p2_he_5060的引物對，該SNP標(biāo)記的正向引物序列F1如SEQ?ID?NO.1所示，反向引物R1如SEQ?ID?NO.2所示。

本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記p2_he_5060的引物對在鑒定梨果皮紅/綠色澤性狀中的應(yīng)用。

本發(fā)明所述的SNP標(biāo)記p2_he_5060的引物對在梨分子育種中的應(yīng)用。

一種基于高分辨率溶解曲線鑒定梨品種果皮紅/綠色澤的方法，采用SNP標(biāo)記p2_he_5060的正向引物F1及反向引物R1對紅皮和綠皮對照梨品種以及待鑒定梨品種進(jìn)行高分辨率溶解曲線分析，通過對待鑒定梨品種的高分辨率溶解曲線與紅皮和綠皮對照梨品種的高分辨率溶解曲線的比較，鑒定該梨品種含有紅皮基因型還是綠皮基因型。

其中，所述的紅皮對照梨品種為‘八月紅’，所述的綠皮對照梨品種為‘碭山酥梨’。

梨果皮紅/綠色性狀鑒定的SNP分子標(biāo)記的獲得方法，包含下列步驟：

a）以果皮為紅色的‘八月紅’×果皮為綠色的‘碭山酥梨’F1代果皮色澤表現(xiàn)分離的群體為試材，通過檢測親本及后代的SNP標(biāo)記，利用Joinmap3.0作圖軟件構(gòu)建SNP標(biāo)記遺傳圖譜，在此基礎(chǔ)上利用色澤性狀表型數(shù)據(jù)的關(guān)聯(lián)分析，將控制梨果皮紅/綠色性狀的主效位點定位到第5連鎖群上；

b）在第5連鎖群上選取與紅色性狀位點緊密連鎖的1個SNP標(biāo)記，利用primer5.0軟件，設(shè)計1對SNP標(biāo)記引物，并進(jìn)行驗證；