[發明專利]中華鱉小RNA病毒基因組全序列及其應用

有效

• 申請號: 201310309961.6
• 申請日: 2013-07-19
• 公開（公告）號: CN103387997A
• 公開（公告）日: 2013-11-13
• 發明（設計）人: 潘曉藝;沈錦玉;藺凌云;姚嘉赟;徐洋;尹文林
• 申請（專利權）人: 浙江省淡水水產研究所
• 主分類號: C12N15/41
• 分類號: C12N15/41;C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11;A61K39/125;A61P31/14;C07K16/10;C12R1/93
• 代理公司: 浙江杭州金通專利事務所有限公司 33100
• 代理人: 梁寅春

技術領域

本發明涉及病毒基因組學領域。更具體地，本發明涉及中華鱉小RNA病毒的基因組序列及其應用。

背景技術

中華鱉，拉丁文：Pelodiscus?sinensis?(Wiegmann,?1835)，中文俗稱甲魚、水魚、團魚和王八等，英文俗名：Chinese?softshell?turtle，屬于龜鱉目鱉科鱉屬，是一種珍貴的、經濟價值很高的水生動物。中華鱉的肉味鮮美，營養豐富，蛋白質含量高，尤以裙邊更是膾炙人口的美味佳肴。2010年中國中華鱉養殖產量26.6萬噸，其中浙江省養殖產量占全國中華鱉產量的46.6%。

小RNA病毒是單正鏈RNA病毒，能廣泛感染人、其他脊椎動物。病毒病的早期診斷與疫苗免疫對病毒病的預防起著關鍵作用，而病毒基因組的核苷酸序列可以作為檢測體內、外病毒的特異性分子標記，亦是研制抗病毒藥物的靶標及病毒疫苗的基本素材。中華鱉小RNA病毒可引起中華鱉病毒性肝壞死腸出血癥，并引起暴發性死亡。目前，對于中華鱉病毒性肝壞死腸出血癥迄今人們尚無有效的治療手段，接種疫苗是迄今人類控制該疾病最有效和最經濟的手段。因此，分離、鑒定中華鱉小RNA病毒（Pelodiscus?sinensis?Picornavirus，PSPV）及其基因組是對中華鱉肝壞死腸出血癥病毒核酸進行檢測及研制病毒疫苗的前提條件。中華鱉小RNA病毒（Pelodiscus?sinensis?Picornavirus，PSPV）是發明人首次從患病中華鱉中分離獲得的病毒，也是龜鱉科中發現的第一個小RNA病毒。此病毒的基因組序列信息及功能基因國內外還未見報道。

發明內容

針對現有技術缺乏中華鱉小RNA病毒的基因組序列信息，不利于中華鱉肝壞死腸出血癥病毒核酸的檢測及研制病毒疫苗的問題，本發明的目的在于設計提供中華鱉小RNA病毒的基因組序列及其應用的技術方案，本發明為檢測中華鱉小RNA病毒核酸、研究中華鱉小RNA病毒感染途徑等目的奠定可靠的基礎。

在本發明的第一方面，提供了一種分離的核酸分子，所述核酸分子具有或其序列為SEQ?ID?NO?：1?所示的核苷酸序列或其反義序列。

在另一類優選例中，所述的核酸分子是DNA?或RNA。

在本發明的第二方面，提供了本發明第一方面中所述的核酸分子的用途，它們被用于制備檢測中華鱉小RNA病毒核酸的引物、探針或試劑盒。

在另一類優選例中，所述的引物長度為15-100?個核苷酸。

在另一類優選例中，所述的探針的長度為25-5000?個核苷酸。

在另一類優選例中，所述的探針的長度為50-500?個核苷酸。

在本發明的第三方面，提供了一種分離的DNA分子，該DNA分子由SEQ?ID?NO?：1?所示序列或其反義序列中連續的150-8186?個核苷酸所構成。

在另一類優選例中，所述的DNA分子由SEQ?ID?NO?：1?所示序列或其反義序列中連續的300-8186?個核苷酸所構成。

在另一類優選例中，所述的DNA分子由SEQ?ID?NO?：1?所示序列或其反義序列中連續的1000-8186個核苷酸所構成。

應理解，在本發明范圍內中，本發明的上述各技術特征和在下文(?如實施例)?中具體描述的各技術特征可以互相組合，從而構成新的或優選的技術方案。限于篇幅，在此不再一一贅述。

本發明通過對中華鱉小RNA病毒純化、病毒基因組文庫構建、病毒序列篩選及病毒全基因組序列組裝，最終得到中華鱉小RNA病毒的基因組全序列，并且本發明利用該全序列用于制備檢測中華鱉小RNA病毒核酸的引物、探針或試劑盒，為檢測中華鱉小RNA病毒核酸、研究中華鱉小RNA病毒感染途徑等目的奠定可靠的基礎。

具體實施方式

本發明人經過廣泛而深入的研究，首次獲得了具有在中華鱉脾臟細胞上高效穩定增殖特性的中華鱉小RNA病毒全基因組序列。在此基礎上，完成了本發明。

本發明的多核苷酸可以是DNA?形式或RNA?形式。DNA?形式包括cDNA、基因組DNA?或人工合成的DNA。DNA?可以是單鏈的或是雙鏈的。DNA?可以是編碼鏈或非編碼鏈。