[發明專利]在高性能集群系統中安裝生物信息學類應用程序的方法

在審

• 申請號: 201310260112.6
• 申請日: 2013-06-26
• 公開（公告）號: CN103324509A
• 公開（公告）日: 2013-09-25
• 發明（設計）人: 姜金良;馬少杰;曹振南;李斌;趙明坤;侯雪峰;何滄平;田相桂;楊亮;易成;曹征;苗春葆;胡耀國;范娟
• 申請（專利權）人: 曙光信息產業（北京）有限公司
• 主分類號: G06F9/445
• 分類號: G06F9/445
• 代理公司: 北京德恒律治知識產權代理有限公司 11409
• 代理人: 章社杲;孫征

1.一種在高性能集群系統中安裝生物信息學類應用程序的方法，其特征在于，包括：

步驟S1：載入所述生物信息學類應用程序的環境變量；

步驟S2：根據當前安裝平臺的系統類型和網絡配置選擇對應的數學庫；

步驟S3：利用所述環境變量和所述數學庫安裝所述生物信息學類應用程序。

2.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，在所述步驟S2之前，所述方法還包括：檢查所述生物信息學類應用程序的源程序是否存在和安裝目標文件夾是否能夠正常創建，如果是，則執行步驟S2。

3.根據權利要求1或2所述的方法，其特征在于，在所述步驟S2之前，所述方法還包括：獲取當前安裝平臺的所述系統類型和所述網絡配置。

4.根據權利要求3所述的方法，其特征在于，所述系統類型包括當前安裝平臺的操作系統版本。

5.根據權利要求4所述的方法，其特征在于，獲取當前安裝平臺的所述系統類型包括：通過查看當前安裝平臺的系統文件獲取當前安裝平臺的操作系統版本。

6.根據權利要求5所述的方法，其特征在于，所述網絡配置包括是否配置有Infiniband網卡。

7.根據權利要求6所述的方法，其特征在于，獲取當前安裝平臺的所述系統類型和所述網絡配置包括：

通過查看當前安裝平臺的系統文件獲取當前安裝平臺的操作系統版本；

檢查當前安裝平臺中是否配置了Infiniband網卡；以及

檢查所述Infiniband網卡是否安裝了驅動并且是否能夠正常運行。

8.根據權利要求7所述的方法，其特征在于，所述環境變量包括整體環境變量和具體環境變量，所述整體環境變量包括安裝過程子程序、所述生物信息學類應用程序源程序位置和所述生物信息學類應用程序的安裝目標路徑，并且所述具體環境變量包括編譯器和MPI。

9.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：將安裝過程中生成的輸出信息保存。

10.根據權利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法還包括：為所述生物信息學類應用程序生成在所述高性能集群系統提交作業的腳本示例，其中，所述腳本示例內容包括所述生物信息學類應用程序的資源申請方式和應用程序運行方式。