[發明專利]一種HPV DNA基因分型的方法及其試劑盒

無效

• 申請號: 201310259730.9
• 申請日: 2013-06-26
• 公開（公告）號: CN103320533A
• 公開（公告）日: 2013-09-25
• 發明（設計）人: 林金明;易伶潞;張煒飛;劉建和
• 申請（專利權）人: 清華大學;北京清科奧博儀器設備有限公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/68;C12R1/93
• 代理公司: 北京紀凱知識產權代理有限公司 11245
• 代理人: 關暢

1.一種鑒定或輔助鑒定HPV?DNA基因型的方法，包括如下步驟：

1）取待測DNA，用引物組X進行PCR擴增，若擴增產物中存在449bp-458bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有HPV?DNA的DNA；若擴增產物中不存在449bp-458bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為不含有HPV?DNA的DNA；

所述引物組X由上游引物和下游引物組成；

所述上游引物由引物PGMY11-A、PGMY11-B、PGMY11-C、PGMY11-D和PGMY11-E中的五種、任意四種、任意三種、任意兩種或任一種組成；

所述下游引物由引物PGMY09-F、PGMY09-G、PGMY09-H、PGMY09-I、PGMY09-J、PGMY09-K、PGMY09-L、PGMY09-M、PGMY09-N、PGMY09-P、PGMY09-Q、PGMY09-R和HMB01組成；

所述引物PGMY11-A、PGMY11-B、PGMY11-C、PGMY11-D和PGMY11-E分別為序列表序列1、2、3、4和5所示的單鏈DNA；

所述引物PGMY09-F、PGMY09-G、PGMY09-H、PGMY09-I、PGMY09-J、PGMY09-K、PGMY09-L、PGMY09-M、PGMY09-N、PGMY09-P、PGMY09-Q、PGMY09-R和HMB01分別為序列表序列6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18所示的單鏈DNA；

2）將步驟1）候選為含有HPV?DNA的DNA經所述PCR擴增獲得的所述449bp-458bp的DNA片段用Rsa?Ⅰ酶切，獲得酶切產物a；

A）若所述酶切產物a中存在135bp、125bp、85bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有18型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在138bp、125bp、117bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有54型HPV?DNA的DNA；

B）若所述酶切產物a中存在216bp、161bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有32型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在221bp、161bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有44型HPV?DNA的DNA；

C）若所述酶切產物a中存在365bp、72bp和18bp的DNA片段，或365bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有26、69和72型HPV?DNA中至少一種的DNA；

若所述酶切產物a中存在359bp、72bp和18bp的DNA片段，或359bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有62型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在365bp和90bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有40型HPV?DNA的DNA；

D）若所述酶切產物a中存在201bp、161bp和96bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有73型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在186bp、161bp、96bp和15bp的DNA片段，或186bp、161bp和96bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有34型HPV?DNA的DNA；

E）若所述酶切產物a中存在310bp和70bp—73bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有16、82、67和56型HPV?DNA中至少一種的DNA；若所述酶切產物a中還存在49bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有56型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在310bp和142bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有84型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在338bp、72bp和48bp的DNA片段，或338bp和72bp的DNA片段則將所述待測DNA候選為含有45型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在332bp、72bp和45bp的DNA片段，或332bp和72bp的DNA片段則將所述待測DNA候選為含有43型HPV?DNA的DNA；

F）若所述酶切產物a中存在449—455bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有52、91、53、30、66、59和81型HPV?DNA中至少一種的DNA；

G）若所述酶切產物a中存在236bp、102bp、72bp和39bp的DNA片段，或236bp、102bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有33型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在242bp、135bp、72bp和26bp的DNA片段，或242bp、135bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有42型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在216bp、135bp、72bp和26bp的DNA片段，或216bp、135bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有11型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在231bp、123bp、72bp和29bp的DNA片段，或231bp、123bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有70型HPV?DNA的DNA；

H）若所述酶切產物a中存在380—383bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有31、85、89、51、87、83、71和86型HPV?DNA中至少一種；

I）若所述酶切產物a中存在171bp、161bp、72bp和42bp的DNA片段，或171bp、161bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有35型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在181bp、161bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有64型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在165bp、161bp、72bp和57bp的DNA片段，或165bp、161bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有55型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在185bp、180bp、72bp和18bp的DNA片段，或185bp、180bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有61型HPV?DNA的DNA；

J）若所述酶切產物a中存在260bp、123bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有39型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在260bp、85bp、72bp和38bp的DNA片段，或260bp、85bp和72bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有68型HPV?DNA的DNA；

K）若所述酶切產物a中存在161bp、149bp、72bp和67bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有6型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中存在175bp、135bp和73bp的DNA片段，則將所述待測DNA候選為含有13型HPV?DNA的DNA；

L)若所述酶切產物a中存在306bp、111bp和32bp的DNA片段,或存在306bp和111bp的DNA片段,則將所述待測DNA候選為含有58型HPV?DNA的DNA；

若所述酶切產物a中的DNA片段大小不符合上述A）—L）中任一種時，則將所述待測DNA候選為不含有所述6、11、13、16、18、26、30、31、32、33、34、35、39、40、42、43、44、45、51、52、53、54、55、56、58、59、61、62、64、66、67、68、69、70、71、72、73、81、82、83、84、85、86、89、87、91型HPV?DNA中任一種的DNA；

所述方法為非疾病診斷治療方法。