[發(fā)明專利]一種自閉癥基因的篩查方法

無效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310257764.4
• 申請日: 2013-06-26
• 公開（公告）號: CN103290135A
• 公開（公告）日: 2013-09-11
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 伍建
• 申請（專利權(quán)）人: 北京邁基諾基因科技有限責(zé)任公司
• 主分類號: C12Q1/68
• 分類號: C12Q1/68
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術(shù)領(lǐng)域

本發(fā)明涉及一種基因篩查方法，尤其是一種自閉癥基因的篩查方法。

背景技術(shù)

自閉癥這種疾病被認為是目前世界范圍內(nèi)影響兒童最嚴(yán)重的公共健康問題之一。現(xiàn)在，全球每20分鐘就有一個孩子被診斷為自閉癥，自閉癥患者已達6700萬。中國的自閉癥患兒也已經(jīng)超過100萬，且患病率逐年上升，未被診斷發(fā)現(xiàn)和有自閉癥傾向的孩子可能更多。美國國家精神衛(wèi)生學(xué)院保守估計美國自閉癥的發(fā)病率為每一千人有五至六人。總計男性患自閉癥的比率，比女性高三至四倍，但女性發(fā)病時病征會較男性嚴(yán)重。聯(lián)合國發(fā)布的數(shù)據(jù)表明，自閉癥的發(fā)病率為1/150。病征需要在三歲前出現(xiàn)。自閉癥是一種很難及時診斷的終身疾病，如今這種病的基因缺陷已被找到。人類染色體16pl1.2區(qū)域重復(fù)發(fā)生的小片段異常，導(dǎo)致自閉癥發(fā)病風(fēng)險急劇增高。屬于外顯子組CHD8、SNC2A和KATNAL2三個基因是自閉癥的關(guān)鍵基因。并發(fā)現(xiàn)增加患風(fēng)險的不是突變基因的規(guī)模，而是突變基因的位置。

對于此類智力落后相關(guān)的復(fù)雜性疾病成因，常常需要進行多方面多因素分析，基因組拷貝數(shù)變異(copy?number?variations，CNVs)就是其中的致病原因之一。基因組拷貝數(shù)變異CNVs是指染色體某段區(qū)域發(fā)生的重復(fù)(duplication)或者缺失，它與點突變(point?mutation)的區(qū)別是前者是基因組某一段區(qū)域發(fā)生重復(fù)或缺失，而后者是基因組某一個位點發(fā)生變異。

目前研究發(fā)現(xiàn)某些疾病與點突變有關(guān)，如很多單基因疾病；而有些疾病與基因組拷貝數(shù)的變化有關(guān)，比如一些三體綜合癥、1q21微缺失綜合征以及Miller-Dieker綜合征等；更多情況下很多復(fù)雜性疾病由點突變和拷貝數(shù)變異共同組成其致病原因，如孤獨癥，先天性心臟病等。

基因檢測是早期發(fā)現(xiàn)孩子患有自閉癥的有效手段。目前第一線的遺傳診斷方法(染色體核型分析)只能診斷出2，23％的兒童孤獨癥患者，采用染色體微陣列分析，即以基因芯片技術(shù)為基礎(chǔ)的基因檢測對整個基因組序列進行的檢查，使自閉癥的基因診斷效率一下提升到7.3％。近些年來，隨著測序技術(shù)的飛躍式的發(fā)展，自閉癥的基因診斷已成為近年自閉癥研究的熱點領(lǐng)域。隨著分子生物學(xué)的發(fā)展，特別是人類基因組計劃的順利實施，人類基因組序列在不斷的在被解讀和剖析，不斷有新的相關(guān)基因功能被識別，自閉癥的發(fā)生發(fā)展有了很深入的了解。通過基因診斷，就能早期篩查出患自閉癥的嬰幼兒，并采取相應(yīng)的干預(yù)措施，這對自閉癥治療是非常有意義的。這一成果開創(chuàng)了將基因捕獲測序檢測應(yīng)用于兒童自閉癥早期診斷的先河。

發(fā)明內(nèi)容

本發(fā)明提供了一種預(yù)測性好、準(zhǔn)確度高的自閉癥基因的篩查方法。

實現(xiàn)本發(fā)明目的的一種自閉癥基因的篩查方法，包括制作自閉癥基因掃描試劑盒的方法和試劑盒篩查方法：

所述制作自閉癥基因掃描試劑盒的方法包括如下步驟：

(1)根據(jù)人類基因組HG19，調(diào)取如下基因的外顯子序列，即自閉癥掃描基因列表：

此區(qū)域包含了所有自閉癥基因的基因區(qū)域，以及已知各個transcript的啟動子區(qū)域；

(2)對每個區(qū)域中非重復(fù)區(qū)域設(shè)計60bp的探針序列，每個序列沿著基因位置挪動設(shè)計，探針之間的挪動大小3bp；

(3)采用原位合成技術(shù)，在芯片上大量合成設(shè)計的探針，并利用多聚酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)或轉(zhuǎn)錄的方法擴增出大量的帶有生物術(shù)標(biāo)記的探針，并制作自閉癥基因掃描試劑盒；

所述試劑盒篩查方法包括如下步驟：

從病人血液中提取3-5ug?DNA，并將其打斷，擴增，從而構(gòu)建病人的全基因組文庫，然后利用所述自閉癥基因掃描試劑盒將目的基因捕獲出來，再采用測序儀(IlluminaHiSeq2000)進行高通量測序，進而分析，找出這些疾病相關(guān)基因的所有突變信息，從而得到找到個體自閉癥基因的變異情況，以達到準(zhǔn)確基因診斷的目的。

采用測序儀(IlluminaHiSeq2000)進行高通量測序，分析的過程包括單核苷酸多態(tài)性分析(SNP分析)過程、插入缺失標(biāo)記分析(InDel分析)流程和大片段擴增確實分析流程；

所述單核苷酸多態(tài)性分析(SNP分析)過程包括如下步驟：

(1)測序儀(IlluminaHiSeq2000)獲取原始短序列；

(2)去除測序數(shù)據(jù)中的接頭和低質(zhì)量數(shù)據(jù)；