[發(fā)明專利]2b?RAD混合建庫技術(shù)

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310233439.4
• 申請日: 2013-06-13
• 公開（公告）號: CN104232627B
• 公開（公告）日: 2017-05-10
• 發(fā)明（設(shè)計）人: 郭鈺;原輝;劉勇;方東明;楊巍
• 申請（專利權(quán)）人: 深圳華大基因科技有限公司
• 主分類號: C12N15/11
• 分類號: C12N15/11;C40B50/06;C40B40/06;C12Q1/68
• 代理公司: 北京北翔知識產(chǎn)權(quán)代理有限公司11285
• 代理人: 張廣育,姜建成

1.2b-RAD混合建庫的條碼物接頭，所述條碼物接頭由SEQ ID No.1-10分別與SEQ ID No.21-30配對組成，用來進行BsaXI酶切后的建庫。

2.2b-RAD混合建庫的條碼物接頭，所述條碼物接頭由SEQ ID No.11-20分別與SEQ ID No.21-30配對組成，用來進行AlfI酶切后的建庫。

3.權(quán)利要求1的2-10個條碼物接頭和通用接頭組成的試劑盒，其中所述通用接頭為SEQ ID No.31和32配對，所述條碼物接頭選自SEQ ID No.1-10分別與SEQ ID No.21-30配對組成10個條碼物接頭。

4.權(quán)利要求2的2-10個條碼物接頭和通用接頭組成的試劑盒，其中所述通用接頭為SEQ ID No.31和32配對，所述條碼物接頭選自SEQ ID No.11-20分別與SEQ ID No.21-30配對組成10個條碼物接頭。

5.一種用于2b-RAD的混合建庫方法，所述方法使用權(quán)利要求1或2的至少2個條碼物接頭，包括如下步驟：

1)首先對所述樣本的基因組DNA進行酶切，所述酶為BsaXI酶；

2)將所述樣本進行分組，每n個樣本歸為一組，樣本數(shù)如果不是n的整數(shù)倍，則最后不足n個的樣本分為一組；建庫時，為每組的每個樣品選擇一個權(quán)利要求1的條碼物接頭，同一組中每個樣品的每個條碼物接頭各不相同，每組樣本在加完相應(yīng)的條碼物接頭后和通用接頭混合為一個樣，即n樣1庫；不足n個的樣本在加完條碼物接頭和所述通用接頭后也混合為一個樣，其中n選自整數(shù)2-10；

3)對上述混合樣進行PCR擴增，擴增時對每個混合樣使用包括不同索引引物的引物對；

4)將上述擴增產(chǎn)物進行測序；

5)對于測序的下機數(shù)據(jù)，首先使用所述索引引物中的索引對每個文庫進行區(qū)分，然后根據(jù)所述條碼物接頭中條碼物對每個文庫中的每個樣本進行區(qū)分。

6.一種用于2b-RAD的混合建庫方法，所述方法使用權(quán)利要求1或2的至少2個條碼物接頭，包括如下步驟：

1)首先對所述樣本的基因組DNA進行酶切，所述酶為AlfI酶；

2)將所述樣本進行分組，每n個樣本歸為一組，樣本數(shù)如果不是n的整數(shù)倍，則最后不足n個的樣本分為一組；建庫時，為每組的每個樣品選擇一個權(quán)利要求2的條碼物接頭，同一組中每個樣品的每個條碼物接頭各不相同，每組樣本在加完相應(yīng)的條碼物接頭后和通用接頭混合為一個樣，即n樣1庫；不足n個的樣本在加完條碼物接頭和所述通用接頭后也混合為一個樣，其中n選自整數(shù)2-10；

3)對上述混合樣進行PCR擴增，擴增時對每個混合樣使用包括不同索引引物的引物對；

4)將上述擴增產(chǎn)物進行測序；

5)對于測序的下機數(shù)據(jù)，首先使用所述索引引物中的索引對每個文庫進行區(qū)分，然后根據(jù)所述條碼物接頭中條碼物對每個文庫中的每個樣本進行區(qū)分。

7.權(quán)利要求5或6的方法，其中步驟2)中的通用接頭為SEQ ID No.31和32配對。

8.權(quán)利要求5或6的方法，其中步驟4)中測序是Illumina Hiseq平臺測序。