[發(fā)明專利]豬流行性腹瀉病毒的套式PCR擴增引物及其應用

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310168452.6
• 申請日: 2013-05-09
• 公開（公告）號: CN103243179A
• 公開（公告）日: 2013-08-14
• 發(fā)明（設計）人: 王東東;宋延華;周慶豐;潘永飛
• 申請（專利權）人: 廣東溫氏食品集團股份有限公司
• 主分類號: C12Q1/70
• 分類號: C12Q1/70;C12Q1/68;C12N15/11;C12R1/93
• 代理公司: 廣州市深研專利事務所 44229
• 代理人: 陳雅平

技術領域

????本發(fā)明涉及動物病毒學和分子生物學技術領域，具體涉及一種豬流行性腹瀉病毒的套式PCR擴增引物及其應用。

背景技術

豬流行性腹瀉（Porcine?epidemic?diarrhea,?PED）是由豬流行性腹瀉病毒（Porcine?epidemic?diarrhea?virus,?PEDV）引起的一種急性接觸性腸道傳染病，主要特征是腹瀉、嘔吐、脫水以及高死亡率（Pensaert?et?al.,?,A?new?coronavirus-like?particle?associated?with?diarrhea?in?swine.?Arch?Virol.?1978,?58(3):?243～247.；Ducatelle?et?al.,?Pathology?of?experimental?CV777?coronavirus?enteritis?in?piglets.?I.?Histological?and?histochemical?study.?Vet?Pathol.?1982,?19(1):46～56.）。PEDV?是冠狀病毒屬的一個成員，未斷奶仔豬最易感，且這段日齡豬群的致死率可以達到95%。

PEDV?屬于冠狀病毒屬?I?群，是?RNA?病毒，基因組為單股正鏈，不分節(jié)段。基因組包含?6個開放讀框(ORF)，從5′到3′順序依次為ORF1（20346?nt）；S?基因（4152?nt）；ORF3?基因（675?nt）；E?基因（231?nt）；M?基因（681?nt）和?N?基因（1326?nt）（Kocherhans?et?al.,?Completion?of?the?porcine?epidemic?diarrhoea?coronavirus?(PEDV)?genome?sequence[J].Virus?Genes.?2001,?23(2):?137～144.;?Brian?et?al.,?Coronavirus?genome?structure?and?replication.?Curr?Top?Microbiol?Immunol.?2005,?287:?1~30.）。

自2010年以來，一場大規(guī)模的PEDV流行在中國大陸發(fā)生，給養(yǎng)豬業(yè)造成了巨大的損失。有文獻對此次流行的PEDV毒株及其基因進行了細致的分析（Pan?Y?et?al.,?Isolation?and?characterization?of?a?variant?porcine?epidemic?diarrhea?virus?in?China[J].?Virol?J.?2012,Sep?12;9:195.），發(fā)現了變異毒株的與早前經典毒株相比S基因有一些不同的基因特征。

但目前還未有可以進行變異和經典豬流行性腹瀉病毒鑒別區(qū)分的快捷方法。

發(fā)明內容

本發(fā)明的目的在于針對現有技術中的上述問題，通過對豬流行性腹瀉病毒S基因的分析，設計了兩對引物，并建立了套式PCR方法，可以對變異和經典豬流行性腹瀉病毒進行快捷的鑒別區(qū)分。

本發(fā)明通過以下技術方案實現上述目的：

本發(fā)明提供了豬流行性腹瀉病毒的套式PCR擴增引物，核苷酸序列如下：

F1：CACTTAGCCTACCACAAGATGTCA（SEQ?ID?NO:1），

R1：TCATTATCCCATGTTATGCCGA（SEQ?ID?NO:2）；

F2：GGTGAAAACCAGGGTGTCAA（SEQ?ID?NO:3），

R2：TCGCGCAGTAGCATTAGTGTTA（SEQ?ID?NO:4）。

根據NCBI登陸的豬流行性腹瀉病毒基因組序列，登錄號：變異毒株（JN825712，JX088695，JX188454，JX489155，JX261936，JX112709，JX524137，JQ282909）和經典毒株（AF353511，EF185992，Z25483，JQ023161，JN547228）提供的信息，經過比對分析，設計了以上套式PCR的引物，使用上述引物進行套式PCR擴增，可以通過電泳鑒別經典株和變異株，省去測序的步驟，節(jié)省了時間和成本。