[發(fā)明專利]通過雜交進行的隨機陣列DNA分析

有效

• 申請?zhí)枺?/td>: 201310141641.4
• 申請日: 2004-02-26
• 公開（公告）號: CN103289893A
• 公開（公告）日: 2013-09-11
• 發(fā)明（設(shè)計）人: R·T·德拉曼尼克
• 申請（專利權(quán)）人: 凱利達基因組股份有限公司
• 主分類號: C12M1/34
• 分類號: C12M1/34;C12Q1/68
• 代理公司: 上海專利商標事務(wù)所有限公司 31100
• 代理人: 韋東

1.一種用于通過探針雜交來測定靶核酸的序列信息的裝置，所述裝置包含多個流通室。

2.一種用于通過探針雜交來測定靶核酸的序列信息的裝置，所述裝置包含：

設(shè)置用于混合、引入和/或去除試劑的樣品集成模塊；

設(shè)置用于使靶核酸片段的陣列與信息性探針庫（IPP）接觸的反應(yīng)盒；

設(shè)置用于照射陣列上的熒光團的子系統(tǒng)；和

設(shè)置用于檢測陣列上的熒光團的子系統(tǒng)。

3.如權(quán)利要求2所述的裝置，其特征在于，所述樣品集成模塊設(shè)置用于在基質(zhì)上排列靶核酸的片段。

4.如權(quán)利要求2所述的裝置，其特征在于，所述反應(yīng)盒是插入式反應(yīng)盒。

5.如權(quán)利要求2所述的裝置，其特征在于，所述反應(yīng)盒包含通過單微流體通道的方式與多個IPP儲器連接的混合室。

6.如權(quán)利要求2所述的裝置，其特征在于，所述照明子系統(tǒng)設(shè)置成在兩種光學(xué)特性不同的材料的界面建立100到500納米厚的漸消失區(qū)。

7.如權(quán)利要求2所述的裝置，其特征在于，所述檢測子系統(tǒng)是設(shè)置用于檢測陣列上的熒光團的靈敏的電子倍增電荷偶聯(lián)裝置（CCD）。

8.如權(quán)利要求2所述的裝置，其特征在于，所述裝置還包括設(shè)置用于將熒光標記的探針輸送到所述裝置的探針模塊。

9.一種用于測定靶核酸的序列信息的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)含有權(quán)利要求1－8中任一項所述的裝置，以及多個IPP。

10.如權(quán)利要求9所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述IPP中的探針含有標記物和核苷酸序列，該核苷酸序列含有通式N_xB_yN_z、通式N_xB_y或通式B_yN_z，其中，

（i）各N獨立是簡并堿基；

（ii）各B獨立是信息堿基；

（iii）x和z各自至少為1。

11.如權(quán)利要求10所述的系統(tǒng)，其特征在于，該系統(tǒng)還包含編程用于并行處理來自所述檢測子系統(tǒng)的數(shù)據(jù)的計算機。

12.如權(quán)利要求10所述的系統(tǒng)，其特征在于，所述系統(tǒng)還包含設(shè)置用于與IPP雜交的靶核酸的片段的陣列。

13.一種分析靶核酸的方法，所述方法包括：

（a）提供所述靶核酸的隨機陣列；

（b）將第一寡核苷酸探針庫和第二寡核苷酸探針庫雜交到所述陣列；

（c）將雜交到所述靶核酸相鄰位置上的所述第一庫和第二庫的寡核苷酸探針連接，獲得連接的探針；

（d）收集所述連接的探針產(chǎn)生的信號；

（e）分析所述信號，以鑒定所述靶核酸的至少一個核苷酸；

（f）重復(fù)步驟（b）到（e），以為所述靶核酸提供多輪序列信息，這樣在超過一輪中鑒定出所述靶核酸的至少一個核苷酸；和

（g）組裝所述多輪序列信息，提供所述靶核酸的全部或部分序列。

14.一種測定多核苷酸序列信息的方法，所述方法包括：

（a）提供DNA分子陣列，其中，各DNA分子含有所述多核苷酸的片段；

（b）使所述陣列與信息寡核苷酸探針組接觸，其中，各探針含有標記物和核苷酸序列，該核苷酸序列含有通式N_xB_yN_z、通式N_xB_y或通式B_yN_z，其中，

（i）各N獨立是簡并堿基；

（ii）各B獨立是信息堿基；

（iii）x和z各自至少為1；和

（c）在所述標記的探針雜交到陣列中的DNA分子之后隨即檢測所述標記的探針，從而獲得指示哪種標記的探針與各DNA分子雜交的數(shù)據(jù)；和

（d）處理所述數(shù)據(jù)，以獲得所述多核苷酸的序列信息。