[發明專利]Ripple系統

無效

• 申請號: 201310099454.4
• 申請日: 2013-03-26
• 公開（公告）號: CN103324866A
• 公開（公告）日: 2013-09-25
• 發明（設計）人: 張弘
• 申請（專利權）人: 張弘
• 主分類號: G06F19/20
• 分類號: G06F19/20
• 代理公司: 暫無信息
• 代理人: 暫無信息

技術領域

本發明（系統）屬于生物信息分析領域，Version1.0具體涉及人類基因數據的比對、分析與結果的展示。

背景技術

越來越多生物體的DNA序列被人類測定，對這些序列的分析也成為研究的主流；由于數據量巨大，依靠人工分析DNA序列早已變得不切實際，于是各種軟件應運而生。目前，在線運行比對軟件有限（Blast,blat），這些軟件的使用比較簡單：上傳需要進行比對的序列，選擇相應的參數，并開始運行，運行結束即可得到所需結果。但是由于在線比對軟件對網絡依賴較大，對于大文件的提交，以及結果的返回極為不方便，所以當需要比對的序列較大時，所花的時間會相應的加長；此外還存在在線運行網站負荷過高等其它問題。

因此科研人員對于沒有在線運行的一些比對軟件同樣有著很大需求。目前，對于生物分析一般采用大型機來處理。而大型機的配置要求較高，所以一般采用將個人電腦作為控制終端來控制同一臺大型機運行命令的方式。當利用大型機處理數據時，需要科研人員編寫命令或是程序，導致其花費大量精力和時間去掌握計算機軟硬件知識，這就使得比對、分析過程變得很復雜，從而降低了科研效率。

其次，在運用比對軟件得出結果后，還需要另外寫一大段命令或是程序，利用大型機對其進行分析，使過程變得更加繁瑣。

針對以上所說的不足而發明本系統，本發明整合當前主流比對軟件——Soap，Blast，對比對結果可進行后續的分析——SNP，Expression，通過此系統可以運行數據處理的整個流程，并且可以批量處理數據，不需要科研人員進行程序的處理。此外，在分析結束后系統可根據分析結果，得到統計圖和文本表格，無需科研人員編寫復雜的命令和程序，簡化了這一過程。該系統操作簡便，方便科研人員使用，便于自動化處理數據。

Blast在線運行鏈接：

http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch&PROG_DEF=blastn&BLAST_PROG_DEF=megaBlast&SHOW_DEFAULTS=on&SHOW_DEFAULTS=on&BLAST_SPEC=OGP__9606__9558。

發明內容

本發明的目的在于，針對現有在線比對軟件的不足，簡化分析過程，達到簡單智能化，以及便于項目管理，提高科研效率。

本發明主要包括五個模塊：Alignment，Pipeline，Figure，Table和Project。

Alignment模塊：

該模塊是對數據進行比對，可以選擇Soap或是Blast。選擇比對軟件后，下面為其所需要的參數選項，可以根據自己的需要選擇相應的數據和參數（不選即為默認參數）。右側則會顯示所選文件的相關信息，以便檢查輸入的文件是否正確，此外還會顯示軟件的運行過程日志。

Pipeline模塊：

該模塊是對數據進行分析，可以選擇SNP或是Expression。選擇分析流程后，下面為其所需要的參數選項，可以根據自己的需要選擇相應的數據和參數（不選即為默認參數）。右側則會顯示所選文件的相關信息，以便檢查輸入的文件是否正確，此外還會顯示軟件的運行過程日志。

Figure模塊：

該模塊是對SNP和Expression的結果進行圖形展示；系統會根據SNP或Expression的分析結果自動生成統計圖。

Table模塊：

該模塊以文本的形式顯示結果文件；系統會根據Soap，SNP和Expression的結果自動生成文本形式的表格。

Project模塊：

該模塊則是對不同項目進行管理，其中包括：查閱項目結果大小、所做項目類型，修改時間等；以及通過連接移動設備導入或導出數據。

本發明提供一種生物信息分析系統，該系統可與第二代測序儀連用，對測序產生的數據直接存儲在該機器中，可直接對測序數據進行處理；也可通過其它方式拷入項目數據（通過Project選項導入數據）進行比對、分析。由于數據已在機器上，就免除了在線比對軟件上傳下載的時間與速度限制。