[發明專利]包括1009C>A突變的CYP2C9基因片段、所編碼的蛋白質片段及其應用

有效

• 申請號: 201310093474.0
• 申請日: 2013-03-22
• 公開（公告）號: CN103194463A
• 公開（公告）日: 2013-07-10
• 發明（設計）人: 蔡劍平;戴大鵬;胡國新;李傳保;王雙虎;耿培武
• 申請（專利權）人: 衛生部北京醫院
• 主分類號: C12N15/53
• 分類號: C12N15/53;C12N15/11;C12Q1/68;C12N9/02
• 代理公司: 北京邦信陽專利商標代理有限公司 11012
• 代理人: 王昭林;陳悅軍

1.核酸片段，所述核酸片段包含對應于SEQ?ID?NO.1的第1001位的突變位點，且是SEQ?ID?NO.1所示的核苷酸序列中的至少10個連續核苷酸，其中第1001位的核苷酸是A；或者所述核酸片段包含對應于SEQ?ID?NO.2的第1009位的突變位點，且是SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列中的至少10個連續核苷酸，其中第1009位的核苷酸是A；或者為所述核酸片段的互補序列。

2.根據權利要求1所述的核酸片段，其特征在于，所述核酸片段的長度是10-100、100-200、200-500或500-1000個核苷酸；優選地，所述核酸片段的長度是10-20、20-30、30-40、40-50、50-60、60-100或100-300個核苷酸；進一步優選地，所述核酸片段是SEQ?ID?NO.1、2、24-31所示的序列。

3.等位基因特異性寡核苷酸，所述寡核苷酸與含有對應于SEQ?ID?NO.1的第1001位或對應于SEQ?ID?NO.2的第1009位的突變位點的等位基因片段或其互補序列全部或部分雜交，其中SEQ?ID?NO.1的第1001位或SEQ?ID?NO.2的第1009位的突變位點的核苷酸是A；所述等位基因片段是SEQ?ID?NO.1或SEQ?ID?NO.2所示的核苷酸序列中的至少10個連續核苷酸或其互補序列。

4.根據權利要求3所述的等位基因特異性寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸是探針或引物；優選地，當所述寡核苷酸是探針時，所述寡核苷酸的長度是5-100個核苷酸；當所述寡核苷酸是引物時，所述寡核苷酸的長度是15-40個核苷酸；優選地，當所述寡核苷酸是探針時，所述突變位點位于探針序列的中心或大約中心處；當所述寡核苷酸是引物時，所述突變位點位于引物的3’末端。

5.根據權利要求4所述的等位基因特異性寡核苷酸，其特征在于，所述寡核苷酸是如SEQ?ID?NO.32-38所示的序列。

6.用于檢測和/或分析單堿基突變的試劑盒，包括權利要求1或2所述的核酸片段和/或權利要求3-5任一項所述的等位基因特異性寡核苷酸；或者包含SEQ?ID?NO.12和/或SEQ?ID?NO.13和/或SEQ?ID?NO.21所示的序列片段。

7.權利要求1或2所述的核酸片段和/或權利要求3-5任一項所述的等位基因特異性寡核苷酸在檢測CYP2C9基因突變中的應用，其中所述核酸片段或寡核苷酸用作探針或引物。

8.一種用藥指導，包括檢測待測樣品中CYP2C9基因的對應于SEQ?ID?NO.1的第1001位或SEQ?ID?NO.2的第1009位的單堿基突變；根據檢測到的突變，調整經CYP2C9代謝的藥物的給藥量；優選地，所述藥物是環磷酰胺、異環磷酰胺、紫杉醇、華法林、醋硝香豆素、美芬妥英、甲苯磺丁脲、那格列奈、吡格列酮、羅格列酮、苯妥英、唑尼沙胺、阿莫地喹、鹽酸氯胍、奎寧、阿米替林、西酞普蘭、丙咪嗪、哌羅匹隆、舍曲林、硫利達嗪、文拉法辛、氯沙坦、厄貝沙坦、纈沙坦、雙氯芬酸、氨基比林、安替比林、塞來昔布、氟比洛芬、布洛芬、吲哚美辛、氯諾昔康、甲芬那酸、萘普生、吡羅昔康、替諾昔康、洛哌丁胺、美沙酮、嗎啡、蘭索拉唑、奧美拉唑、氯巴占、甲苯比妥或佐匹克隆。

9.一種分析核酸的方法，包括分析待測樣品中的包含對應于SEQ?ID?NO.1的序列的核酸中對應于第1001位的核苷酸或分析待測樣品中的包含對應于SEQ?ID?NO.2的序列的核酸中對應于第1009位的核苷酸；優選地，所述方法是測序法、限制性片段長度多態性分析或探針雜交法。

10.CYP2C9蛋白或其片段或變異體，所述蛋白序列為SEQ?ID?NO.3所示的序列；所述片段或變異體包含對應于SEQ?ID?NO.3的第337位的蘇氨酸，并且為SEQ?ID?NO.3所示的氨基酸序列的至少10個連續氨基酸。