[發明專利]一種問號賴型鉤端螺旋體復制基因損失率分析方法

有效

• 申請號: 201310062664.6
• 申請日: 2013-02-28
• 公開（公告）號: CN103106351B
• 公開（公告）日: 2017-08-04
• 發明（設計）人: 王曉峰;王參軍;王洪柯;蘇盈盈;孫寶光
• 申請（專利權）人: 重慶科技學院
• 主分類號: G06F19/10
• 分類號: G06F19/10
• 代理公司: 重慶蘊博君晟知識產權代理事務所(普通合伙)50223
• 代理人: 王玉芝

1.一種問號賴型鉤端螺旋體復制基因損失率分析方法，其特征在于，包括以下步驟：

1)獲得問號賴型鉤端螺旋體的復制基因

問號賴型鉤端螺旋體在NCBI下載，通過BLAST、Matlab和VC軟件進行比對挑出復制基因，再用Kestim61軟件分別計算出每對復制基因的每個同義位點和非同義替代位點的替代數目，總共獲得519對復制基因；

2)建立微分方程

在復制基因的每個同義位點的替代數目為(0，0.25)的范圍進行討論,在這個范圍內,每個位點產生重復替代的可能性最小,并且在這個相對短的時間范圍內,可以預測在同義位點的進化率近似常數，基因的產生和損失被認為實質上是一個穩定的過程，故基因復制的損失率可以用生存函數來估計；

用一個R隨著S衰退的簡單模型,來觀察復制基因隨著時間變化的選擇約束力的變化情況；其中，R表示復制基因的每個非同義位點的替代數目；

其中，d為微分符號，λ為損失系數，N₀代表在分歧時間0時刻的復制基因的數目，N_s是在分歧時間S時刻觀察到的復制基因的數目，N_s簡記為N；

N(0)＝N₀

3)求解微分方程

對微分方程求解，獲得微分方程解析解為：

N_s＝N₀e^-λS

4)利用最小二乘法擬合參數，獲得初值和損失系數

通過最小二乘法擬合，獲得λ和N₀的數據值，λ為7.77683，N₀為38.01778；

5)獲得損失率和半衰期

獲得所述損失系數，所述損失系數為：7.78，以分歧時間S為損失系數的測度，得到基因復制的半衰期為0.089倍,當基因復制95％損失時，此時的損失系數的測度S是半衰期時損失系數的測度S的4.32倍。